2019年深圳市坪山区手足口病病原谱及柯萨奇病毒A6型基因特征分析

发布时间：2023-02-26 14:00

　　目的了解深圳市坪山区手足口病的病原谱和柯萨奇病毒A组6型(CVA6)基因特征。方法收集坪山区2019年疑似手足口病的病例粪便或肛拭子样本,采用Real-time RT-PCR法进行肠道病毒核酸检测分型,选取其中的优势型别CVA6阳性样本进行VP1片段全长序列扩增、序列测定和系统进化分析。结果 2019年共检测手足口病病例样本184份,检出肠道病毒通用型阳性165份,总阳性率为89.67%;其次为CVA6阳性120份(72.73%)、CVA16阳性40份(24.24%)、CVA10阳性8份(4.85%),其他肠道病毒阳性3份(1.82%),未检出肠道病毒71型(EV71)。同源性及系统进化分析显示,2019年深圳市坪山区24株CVA6 VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为93.4%～99.9%和98.4%～100.0%,基因型为D3亚型,24株病毒VP1序列均分布于D3a.2分支上。结论 2019年坪山区手足口病病原体以CVA6为主,D3a.2为其优势流行株。

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 样本来源
    1.2 病原学检测
    1.3 VP1全基因组扩增
    1.4 进化分析和构建进化树
    1.5 统计方法
2 结果
    2.1 病原学检测结果
    2.2 流行特征
        2.2.1 人群分布
        2.2.2 时间分布
    2.3 VP1基因扩增和序列测定
    2.4 VP1基因序列同源性分析
    2.5 系统进化分析
3 讨论



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