肺炎支原体多位点SNP基因分型方法的建立与应用

发布时间：2023-03-05 20:16

　　目的基因分型技术是研究肺炎支原体(MP)抗原变异和流行暴发的重要手段,本研究拟建立一种适用于我国MP菌株的新型多位点SNP基因分型技术(以下称新SNP分型法)。方法对69株MP全基因组序列使用SNP stats软件获取全部SNP位点。使用连续体外传代10代的18株MP菌株对初筛的34个SNP位点进行稳定性验证,使用40株MP临床株进行SNP位点区分能力验证,建立多位点SNP分型方法。选取160株MP国内菌株进行SNP分型、传统两种基因分型、MLVA分型以及现有4种SNP分型方法的比较。结果最终选取的6个SNP位点组合可将MP分成SNP-00～SNP-64共65种基因型,其中SNP奇数型对应传统type1基因型MP,SNP偶数型对应传统type2基因型MP。160株国内MP菌株经本研究建立的SNP分型方法分为14个基因型,其分型结果与type1和type 2两种基因型一致性为100%(160/160)。MLVA方法分为4种基因型,传统SNP分型方法(以下称SNP分型法)分为3种基因型。其中35例聚集性病例分离株经新SNP分型法分为SNP-03和SNP-15两种基因型,其余3种方法无法区分...

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【文章目录】：
材料与方法
    1 主要试剂和仪器
    2 方法
        2.1 MP基因组序列比对及扩增引物设计与合成
        2.2 SNP位点稳定性验证
        2.3 SNP位点区分能力筛选
        2.4 SNP位点检测及结果判读
        2.5 160株临床MP菌株多种分型结果比较
结果
    1 SNP位点稳定性验证
    2 SNP位点区分能力筛选
    3 SNP位点结果判读
    4 160株MP菌株新SNP分型、p1基因分型、MLVA分型和SNP分型结果比较
讨论



本文编号：3756847