基于高通量测序技术分析浙江省余姚市蜱中携带细菌菌群多样性

发布时间：2023-03-19 02:00

　　目的了解浙江省余姚市蜱中携带的病原体构成。方法对采集的蜱进行形态学分类,再用高通量测序技术测定蜱所携带细菌16S rDNA基因的V3～V4高变异区段序列,进行生物学信息分析。结果共监测到蜱481只,均为硬蜱科,分别为血蜱属的长角血蜱、扇头蜱属的血红扇头蜱和硬蜱属的中华硬蜱,优势种群为长角血蜱,占94.18%。21组蜱的平均有效序列reads为55 753条,序列平均长度457.82 bp,(G+C)平均含量为52.07%。共产生2 104个分类操作单元,其稀释曲线趋于平缓,样本文库的覆盖率>99%。在蜱携带的微生物中共检出9个门77个属,居前3位的门依次是厚壁菌门、变形菌门、蓝藻门。其中厚壁菌门的丰度最高,为蜱的优势菌群。还发现了5种人兽共患病原菌,分别是葡萄球菌属、不动杆菌属、立克次体属、假单胞菌属、链球菌属,以葡萄球菌属为主,最高丰度达98.76%。结论通过高通量测序技术可以全面准确地分析蜱所携带的微生物群落信息,为蜱媒传染病、新发动物疫病的防控和综合监测技术平台的建立提供依据。

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 标本采集
    1.2 形态学分类
    1.3 蜱基因组DNA提取
    1.4 PCR扩增和高通量测序
    1.5 生物信息学分析
2 结果
    2.1 形态学结果
    2.2 16S rDNA基因测序结果
    2.3 Alpha多样性分析结果
    2.4 各样本菌落组成分析
3 讨论



本文编号：3764317