SNV与选择性剪接及疾病的关联分析方法研究

发布时间：2017-08-16 07:13

  本文关键词：SNV与选择性剪接及疾病的关联分析方法研究

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【摘要】：单核苷酸变异(Single nucleotide variants,SNV)是DNA序列中单一核苷酸的变异。单核苷酸变异在人类基因组中广泛存在,其在RNA转录、蛋白质表达等生物过程中起调控作用,并与人类疾病密切相关。现有方法在分析SNV与选择性剪接的关联上,或是多次遍历BAM文件导致高时间复杂度,或是没有识别多类选择性剪接模式。此外,现有方法在分析rs3851179这一SNV与阿兹海默疾病在中国人群中是否存在易感性时没有得出一致结论。针对现有方法在SNV与选择性剪接及疾病的关联分析中所存在的问题,本文进行了深入的讨论与研究。本文的主要工作包括:(1)提出了识别调控内含子保留和选择性3’、5’端的SNV的方法该部分完成的主要工作是:遍历一次BAM文件,同时找到调控内含子保留和选择性3’、5’端的SNV的现象,使用Fisher假设检验验证SNV与选择性剪接的关系。使用真实数据验证时,在人类前列腺癌细胞RNA-Seq数据中共找到了多个SNV调控选择性剪接的实例。(2)验证了阿兹海默症在中国人群中易感性受rs3851179影响该部分进行的分析和结论是:收集并筛选已有数据,对其进行Meta分析,得出了阿兹海默症在中国人群中易感性受rs3851179影响的结论。
【关键词】：单核苷酸变异 选择性剪接 疾病易感性
【学位授予单位】：哈尔滨工业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R3416
【目录】：

• 摘要4-5
• ABSTRACT5-8
• 第1章 绪论8-14
• 1.1 课题背景及研究的目的和意义8-10
• 1.2 国内外发展现状10-12
• 1.3 本文的主要研究内容12-14
• 第2章 多类SNV关联分析研究方法14-28
• 2.1 研究相关概念介绍14-16
• 2.1.1 SNV与选择性剪接14-15
• 2.1.2 PICALM rs3851179与阿兹海默症易感性15-16
• 2.2 研究SNV与选择性剪接关系的方法16-23
• 2.2.1 RNA-Seq数据映射结果处理工具包Bio::DB::SAM介绍16-18
• 2.2.2 RNA-Seq数据映射结果存储信息介绍18-21
• 2.2.3 PVAAS工具及其缺陷21-22
• 2.2.4 SNPlice工具及其缺陷22-23
• 2.3 研究SNV与疾病关系的方法23-27
• 2.3.1 Meta分析23-25
• 2.3.2 分析数据的效应尺度指标25-27
• 2.4 本章小结27-28
• 第3章 调控选择性剪接的SNV识别28-44
• 3.1 引言28
• 3.2 基于统计学检验的调控选择性剪接的SNV识别方法28-38
• 3.2.1 实验目的29
• 3.2.2 方法设计29-37
• 3.2.3 费舍尔检验37-38
• 3.3 基于前列腺癌数据的方法测试38-42
• 3.3.1 数据处理38-39
• 3.3.2 数据分析39-42
• 3.4 本章小结42-44
• 第4章 基于疾病易感性分析的SNV调控作用研究44-53
• 4.1 引言44-45
• 4.2 基于META ANALYSIS的SNV与疾病易感性关系分析45-47
• 4.2.1 数据获取45
• 4.2.2 数据分析45-47
• 4.3 SNV调控疾病易感性实验的结果与分析47-51
• 4.3.1 SNV调控的疾病易感性实验数据描述47-49
• 4.3.2 SNV调控疾病易感性的实验结果49-51
• 4.4 本章小结51-53
• 结论53-54
• 参考文献54-57
• 攻读硕士学位期间发表的论文57-59
• 致谢59

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1 周助人;孙开来;;肿瘤细胞中基因选择性剪接的研究进展[J];中华医学遗传学杂志;2006年02期

2 万敬员,张力,叶笃筠;选择性剪接调控机制的研究进展[J];国外医学(分子生物学分册);2003年06期

3 黄波;王小中;;选择性剪接与肿瘤的发生发展[J];国际检验医学杂志;2009年04期

4 刘薇;钟警;文格波;;肿瘤相关基因的选择性剪接[J];社区医学杂志;2010年01期

5 傅亚;张徭尧;孙姣霞;向燕;王远亮;;与应力调控相关的基因选择性剪接[J];中国组织工程研究与临床康复;2011年15期

6 吴U，

本文编号：681980