甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测

发布时间：2017-09-07 00:06

  本文关键词：甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测

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【摘要】：目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。
【作者单位】： 南京医科大学数学与计算机教研室;南京医科大学生物医学工程系;
【关键词】： 时间序列 ARIMA模型 简单重复序列 甲型HN流感病毒 预测
【基金】：南京医科大学基础医学院优势学科教师培养基金项目(JX10131801099)
【分类号】：R373
【正文快照】： 流感是一种反复出现的传染病,在全球有高发病率和高病死率。每年造成全球约5亿人患病,25～50万人死亡。流感病毒(influenza virus)属正黏液病毒科,流感病毒属,包括甲、乙、丙3型,其中甲型抗原变异性最强,能感染人类和其他动物,侵袭所有年龄组人群,经常引起世界性大流行。甲型

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本文编号：806231