吉林省水痘—带状疱疹病毒基因型别鉴定及疫苗株全基因组测定分析

发布时间：2017-09-19 04:38

  本文关键词：吉林省水痘—带状疱疹病毒基因型别鉴定及疫苗株全基因组测定分析

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【摘要】：目的分析吉林省水痘-带状疱疹病毒(VZV)流行株的基因型别,区分疫苗株与野毒株以及对VZV疫苗株进行全基因测序分析。方法选择2014年1—12月在吉林省收集的13份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本。提取样本DNA,采用DNA聚合酶链反应(PCR)扩增病毒基因组的15个开放阅读框(ORFs),结合单核苷酸多态性(SNP)方法确定病毒株的基因型别；用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法区分野毒株与Oka-V疫苗株。整理序列资料,从GenBank数据库下载VZV各基因型参考株的序列资料,采用MEGA5软件进行基因序列对比分析。水痘减毒活疫苗Oka-BK的全基因测序采用PCR分段扩增片段,进行测序及序列分析,并与野毒株进行比较,绘制种系发育树,分析其与其他株VZV的同源性。结果13份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本中,男性5份,女性8份,年龄11～27岁,平均为(16.69±5.48)岁,出疹后采样日期为0～3 d。13份疑似样本中,8份为VZV阳性。SNP分析显示,8份阳性样本均为Clade 2遗传支：与Oka-V疫苗株相比,8份样本在SNP18082位点上均发生了T→C的同义突变。PCR-RFLP方法区分野毒株与疫苗株结果显示,8份临床样本均为野毒株(PstI+BglI+SmaI-),无疫苗相关病例。VZV疫苗Oka-BK基因组全长125095 bp, G+ C含量为46.1%。基因组各区段长度分别为：TRL长88bp；UL长104826bp; IRL长89 bp; IRS长7435bp; US长5232 bp; TRS长7422bp。Oka-BK株共有74个开放阅读框,位于IRS的ORF 69、70、71与位于TRS的ORF 62、63、64的序列完全一致。与Dumas株相比,共有327个核苷酸位置存在差异,其中226处为5株Oka株共有的差异,101处为5株Oka株(Oka-P、Oka-V/Oka-VGSK/Oka-VMerck/Oka-BK)各自分别与Dumas的差异。有19处为插入或缺失性突变(19%),其它大部分突变为单个核苷酸替换,其中碱基转换比碱基颠换更常见,发生率分别为75%和6%。Oka-BK与Oka-P/Oka-V/Oka-VGSK/Oka-VMerck分别存在67、44、62、69处差异。分析Oka-BK与其它VZV的转录激活因子以及糖蛋白的氨基酸,共发现13个位点的氨基酸疫苗株与野毒株存在差异。种系发育分析结果显示,Oka-BK株与Oka-VGSK最为接近。结论吉林省流行的水痘-带状疱疹病毒均属Clade 2遗传支,且均为野毒株。Oka-BK株与VZV疫苗株具有高度同源性。
【关键词】：水痘-带状疱疹病毒 基因型 单核苷酸多态性 Oka疫苗株 野毒株 基因组
【学位授予单位】：中国疾病预防控制中心
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R373
【目录】：

• 缩略词6-7
• 摘要7-8
• Abstract8-9
• 前言9-15
• 第一部分 吉林省水痘-带状疱疹病毒基因型鉴定15-29
• 材料与方法15-23
• 1 材料15-18
• 1.1 样本本来源15-17
• 1.2 主要试剂与仪器17-18
• 2 引物18-20
• 3 方法20-23
• 3.1 VZV核酸的提取20
• 3.2 PCR产物切胶回收纯化20-21
• 3.3 VZV阳性样本鉴定21
• 3.4 VZV基因分型的方法21
• 3.5 PCR-RFLP鉴别VZV野毒株/疫苗株21-22
• 3.6 序列测定22-23
• 3.7 序列整理和分子生物学信息分析23
• 结果23-27
• 1. 序列测定结果23
• 2. VZV基因分型结果23-24
• 3. ORF38(PstI)的PCR-RFLP结果24-25
• 4. ORF54(BglI)的PCR-RFLP结果25
• 5. ORF62(SmaI)的PCR-RFLP结果25-26
• 6. 核苷酸序列系统进化树分析26-27
• 讨论27-28
• 结论28-29
• 第二部分 疫苗株全基因组测定分析29-62
• 材料与方法29-37
• 1 材料29-33
• 1.1 样本本来源29-31
• 1.2 主要试剂与仪器31-33
• 2 引物33-34
• 3 方法34-37
• 3.1 核酸的提取34-35
• 3.2 PCR产物切胶回收纯化35
• 3.3 目的片段的扩增35-36
• 3.4 PCR产物的检测和鉴定36-37
• 3.5 序列整理和分子生物学信息分析37
• 结果37-58
• 1. 序列测定结果37
• 2. VZV-BK全基因组序列信息37-41
• 3. Oka-BK与其它VZV全基因序列的比较41-57
• 3.1 Oka-BK与Dumas的比较41-53
• 3.2 Oka-BK与Oka-P/Oka-V/Oka-V_(GSK)/Oka-V_(Merck)的比较53-56
• 3.3 Oka-BK与其它VZV的反式激活因子、糖蛋白氨基酸的比较56-57
• 4. Oka-BK与其它VZV种系发育分析57-58
• 4.1 Oka-BK与其它VZV核苷酸亲缘关系树分析57-58
• 4.2 Oka-BK与其它VZV核苷酸遗传距离分析58
• 讨论58-61
• 结论61-62
• 参考文献62-67
• 攻读学位期间发表论文情况67-68
• 致谢68

【二级参考文献】

中国硕士学位论文全文数据库 前2条

1 陈利梅;万寿菊黄色素的提取及性质研究[D];华南热带农业大学;2004年

2 石嘉怿;天然红心鸭蛋的营养价值及对血脂水平影响的研究[D];华中农业大学;2004年

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本文编号：879544