Soat1基因的e-QTL定位和遗传调控网络分析

发布时间：2018-04-23 22:13

  本文选题：甾醇氧-酰基转移酶 + 基因表达数量性状基因座　； 参考：《江苏医药》2014年02期

【摘要】：目的从全基因组水平研究甾醇氧-酰基转移酶1(Soat1)介导的阿尔兹海默病(AD)发病的分子机制。方法运用基因表达数量性状基因座(eQTL)定位方法对Soat1基因的表达变异及表达调控进行研究,采用区间作图在全基因组水平定位控制Soat1基因表达变化的eQTL。分析B6小鼠和D2小鼠两品系间的单核苷酸多态性对eQTL定位的影响。采用聚类分析筛选BXD重组近交系小鼠海马组织基因组中受Soat1基因反式调节的候选基因,通过Pearson相关系数法构建Soat1基因的表达遗传调控网络。结果Soat1基因为顺式作用的eQTL,Rab2、Taz、copg、whsc1l1、Atrnl1、1200008A14Rik和Epdr1为该基因的下游候选调控基因。与Soat1基因高度相关的前17个基因构建遗传相关基因网络。结论 Soat1基因为顺式调控基因;遗传相关基因网络中的基因与Soat1基因存在相互作用,直接或间接参与了AD的发病。
[Abstract]:Objective to study the molecular mechanism of the pathogenesis of Alzheimer's disease (AD) mediated by sterol oxygen-acyltransferase 1 (Soat 1) at the whole genome level. Methods the variation and regulation of Soat1 gene expression were studied by using quantitative trait locus (QTL) mapping method. The eQTLs of Soat1 gene expression were controlled by interval mapping at the whole genome level. The effect of single nucleotide polymorphism (SNP) on eQTL localization in B 6 and D 2 mice was analyzed. The candidate genes transregulated by Soat1 gene were screened by cluster analysis in the hippocampus of BXD recombinant inbred strain mice. The genetic regulatory network of Soat1 gene expression was constructed by Pearson correlation coefficient method. Results the Soat1 gene was identified as the candidate downstream regulatory gene for eQTL- Rab2Tazcopgus whsc1l1, Atrnl1A14Rik and Epdr1 from the cis-acting eQTLX gene. The results showed that Atrnl1A14Rik and Atrnl1A14Rik were the candidate regulatory genes for this gene. The first 17 genes with high correlation with Soat1 gene were used to construct the genetic network. Conclusion the Soat1 gene is a cis-regulatory gene, and the genes in the genetic related gene network interact with the Soat1 gene and participate directly or indirectly in the pathogenesis of AD.
【作者单位】： 南通大学组织学与胚胎学系;
【基金】：国家自然科学基金(81200828) 南通大学自然科学资助项目(03041170) 南通市科技项目(BK2011050)
【分类号】：R749.16

【参考文献】

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【共引文献】

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【二级参考文献】

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本文编号：1793862