基于精神疾病共病与多特征融合贝叶斯模型探索精神疾病潜在分子机制

发布时间：2020-12-22 04:45

　　精神疾病在全球范围是主要的公共卫生问题之一,其涉及人群之广,年龄层次之多,经济损失之大,都使得研究人员不得不重视其致病机制与治疗方法。精神疾病存在大量的伴发症,为了充分利用精神疾病的伴发症信息,本文充分利用电子病历数据对精神疾病的共病疾病进行了提取,找到了临床上与精神疾病存在显著共病关系的疾病。共病现象对于疾病分子机制分析、遗传因研究及疾病的治理与预防有非常关键的作用,但目前利用大规模临床疾病共病信息去发现疾病潜在的分子机制研究很少,这对于精神疾病大量的伴发症信息无疑是一种浪费。本文通过收集临床上的共病数据,最终得到了825对“精神疾病-伴发症”共病对,并仔细整合了涉及疾病的基因、蛋白质复合物、生物通路等多层次的疾病分子机制信息。基于上述数据,本文根据蛋白质-蛋白质相互作用网络在局部最优的原则下利用网络分解算法对基因关系进行了评估,并开发了基于多特征融合的贝叶斯模型方法对精神疾病的基因进行重新打分。该方法可以综合利用疾病-基因关系、疾病的共病信息、基因相互作用信息与疾病通路信息对疾病基因关系进行评估,并对精神疾病相关基因与基因型信息进行了种族差异分析与性别差异分析。 

【文章来源】：华东师范大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1-1分子网络中的扰动扰乱了生物学途径并导致人类疾病[12]

2.2.2 疾病与基因关系数据(1) OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)OMIM 由专业科研团队根据已发表的生物类、医学类文献对遗传性疾病的分子机制相关信息或者表型与基因相关信息进行人工核查与校正整理出的综合性数据库。该数据库每日更新，其中有着大量表型-基因、疾病-基因信息，侧重遗传疾病基因信息的收集，是人类基因和遗传疾病的在线目录[23]。我们下载到其截止 2018-12-14 的记录，通过 UMLS（一体化医学语言系统）整合，共提取到了 19,321 种疾病-基因信息，其中涉及到 84 种精神疾病与 271 对精神疾病-基因对。图 2-1 MIMIC II 临床信息处理流程图

本文下载了 gnomAD（version2.0.2）基因组 VCF 文件，并对每个 SNP 在同性别与种族中的等位基因发生频率（Allele frequency）信息进行了收集。2.2.5 精神疾病生物通路信息收集1） WikiPathwaysWikiPathways（http://www.wikipathways.org）是一个开放的协作平台，用生物通路数据可视化以及分析生物途径模型。WikiPathways 通过流行的独立工图 2-2 gnomAD 数据库与其他 SNP 相关数据库中关于种族信息量的对比[27]

【参考文献】：
期刊论文
[1]基因预测方法的研究进展[J]. 张恩民,海荣,俞东征.  中国媒介生物学及控制杂志. 2009(03)



本文编号：2931155