基于外周血表达谱数据探索精神分裂症诊疗性生物标志物

发布时间：2021-04-24 18:34

　　[目的]（1）RNA-seq获取精神分裂症患者及健康对照者外周血mRNA及miRNA表达谱数据,评估特定差异表达基因对精神分裂症的分类效果,并探讨差异表达基因与临床维度之间的关联。（2）探索外周血差异miRNA是否可以作为精神分裂症诊治的潜在生物标志物,寻找差异miRNA表达谱与差异mRNA表达谱之间的关联。（3）基于外周血表达谱数据发现精神分裂症患者IL-1β高表达,我们构建IL-1β基因过表达细胞模型,探索其促进精神分裂症发病的潜在机制。（4）从蛋白层面,我们观察精神分裂症患者外周血表达谱数据发现的潜在生物标志物如IL-1β等在外周血清中表达是否仍存在异常,并评估血清IL-1β表达与抗精神病药物治疗应答的相关性。[方法]（1）采用Illumina HiSeqTM 4000测序技术对50例精神分裂症患者和50例健康对照组的外周血白细胞进行RNA测序以获取其mRNA表达谱信息,并采用DSM-V（临床医生评定的精神分裂症症状严重程度量表）中的评分法对精神分裂症核心症状的严重度进行了评估,差异表达转录本（DETs）筛选采用R软件的edgeR包,GO/KEGG pathway分析探索差异基因... 

【文章来源】：昆明医科大学云南省

【文章页数】：177 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
缩略词表
中文摘要
Abstract
前言
    1. 精神分裂症概述
    2. 精神分裂症可能的病因、发病机制
    3. 本研究的目的与意义
    参考文献
第一章 精神分裂症患者外周血mRNAs表达谱的变化
    引言
    材料与方法
        1. 研究对象
        2. 伦理审查与知情同意
        3. 主要实验试剂与仪器
        4. 外周血白细胞采集与贮存
        5. 文库构建及测序
        6. 编码RNA的差异表达转录产物（DEGS）分析
        7. RNA-seq差异基因与GWAS和GSE数据集鉴定基因的比较
        8. 基于树的分类模型
        9. WGCNA分析
        10. 蛋白质蛋白质相互作用（PPI网络分析）
        11. RT-qPCR验证
    结果
        1. 精神分裂症与健康对照者的社会人口学资料比较
        2. 精神分裂症组与健康对照组mRNA表达谱差异分析
        3. 差异基因GO/KEGG富集分析
        4. 表达模式的聚类热图分析
        5. 基于树的分类模型
        6. WGCNA模块分类
        7. 蓝绿色模块基因PPI网络构建及高枢纽基因分析
        8. 基因验证
    本章讨论
    本章结论
    参考文献
第二章 精神分裂症患者外周血miRNAs表达谱的变化
    引言
    材料与方法
        1. 研究对象
        2. 小RNA文库构建及测序
        3. 数据过滤
        4. 差异miRNA的比对与差异表达的miRNAs的鉴定
        5. 基于树的分类模型
        6. 差异miRNAs靶向表达基因预测及靶基因功能富集分析
        7. 差异miRNAs靶向调节基因PPI网络分析
        8. 差异miRNAs与免疫相关靶基因mRNA表达谱spearman相关分析
        9 靶基因全基因组关联分析
        10. 差异miRNAs的RT-qPCR验证
    结果
        1. 精神分裂症患者外周血中差异表达的miRNAs
        2. 差异miRNAs与临床表型的关联
        3. 基于树的分类模型
        4. 差异miRNAs的靶基因预测及miRNA-mRNA调控网络
        5. 差异miRNAs靶基因功能富集分析
        6. 差异miRNAs靶基因PPI分析
        7. 差异miRNAs与差异免疫相关靶基因mRNA表达量Spearman相关分析
        8. 靶基因全基因组关联分析
        9. RT-qPCR验证
    本章讨论
    本章结论
    参考文献
第三章 IL-1β基因过表达可影响SH-SY5Y细胞模型精神分裂症相关基因
    引言
    材料与方法
        1. 主要实验仪器与实验试剂
        2. 细胞培养
        3. Homo IL-1β载体构建和慢病毒包装
        4. 慢病毒感染与药物筛选
        5. CCK-8实验
        6. RT-PCR及qPCR检测IL-1β基因mRNA水平
        7. Western-blot检测IL-1β蛋白表达水平
        8. IF检测过表达IL-1β蛋白定位情况
        9. RNA-seq分析
    结果
        1. SH-SY5Y细胞慢病毒感染情况
        2. 稳定慢病毒感染SH-SY5Y细胞中IL-1β表达情况
        3. CCK-8实验结果
        4. SH-SY5Y过表达IL-1β基因的RNA-seq分析
    本章讨论
    本章结论
    参考文献
第四章 精神分裂症患者外周血清炎性细胞因子表达的变化
    引言
    材料与方法
        1. 伦理与知情同意
        2. 研究对象
        3. 研究方法
    结果
        1. 人口统计学与临床特征
        2. 首发或未服药精神分裂症组与健康对照组血清炎性细胞因子的比较
        3. PANSS评分与IL-1β Spearman相关分析
        4. 利培酮治疗后应答情况亚组分析
        5. ROC曲线评估血清IL-1β的分类效果
        6. 基于GTEx数据的IL-1β在不同人体组织中的表达量分析
    本章讨论
    本章结论
    参考文献
全文总结
附录
综述 精神分裂症患者外周血转录组异常及其与疾病临床特征的相关性研究进展
    参考文献
攻读学位期间获得的成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]Virus-Mediated Overexpression of ETS-1 in the Ventral Hippocampus Counteracts Depression-Like Behaviors in Rats[J]. Hanjiang Luo,Zijin Liu,Bo Liu,Hui Li,Yutao Yang,Zhi-Qing David Xu.  Neuroscience Bulletin. 2019(06)
[2]转录组学主要研究技术及其应用概述[J]. 刘伟,郭光艳,秘彩莉.  生物学教学. 2019(10)
[3]首发精神分裂症患者血浆神经肽Y和催产素的表达变化[J]. 杨修登,刘勇,唐亚梅,张旺,张向晖,唐爱国,陈芳.  中华行为医学与脑科学杂志. 2017 (09)
[4]中国十省市第一代及第二代抗精神病药使用现况调查[J]. 张云淑,司天梅,栗克清.  中国心理卫生杂志. 2012(10)



本文编号：3157859