通过加权基因共表达网络分析寻找阿尔兹海默病的生物标志物

发布时间：2022-02-15 12:00

　　目的:阿尔兹海默病（Alzheimer disease,AD）是最常见的神经系统退行性疾病,是全世界老年痴呆的主要病因。本研究意在使用加权基因共表达网络分析的方法获得与AD临床特征有显著关系的基因模块,并对模块基因进行进一步挖掘发现AD中特异表达的生物标记物。方法:利用基因表达数据库GEO（Gene Expression Omnibus）的101个脑组织的芯片数据为对象,用加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,WGCNA）的方法进行网络构建寻找与AD相关的模块,利用R语言的limma包进行正常组和AD组两组间差异基因表达分析,将差异基因和应用WGCNA得到的与AD相关的模块内基因取交集得到的非编码RNA作为研究对象,用SPSS绘制受试者工作特性（ROC）曲线评价其诊断价值,用DAVID功能注释工具进行基因功能注释。结果:1、共表达网络构建结果:用GSE84422全基因组表达数据利用WGCNA分析结果显示与确诊的AD显著相关的有两个基因模块,计算模块内连通性和基因重要性的相关性,其P值均<0.05,表明模块... 

【文章来源】：南昌大学江西省211工程院校

【文章页数】：42 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

样本聚类树

图 2 样本中软阈值确定3.3 基因模块识别按照 WGCNA 构建共表达网络的相应步骤，构建分层聚类树后识别基因共表达网络，在该实验中我们利用动态剪切树法识别基因模块，设定模块内最低基因的个数是 30 个，最终得到 17 个相应的模块。详见图 3.

图 1 初始模块划分及剪枝合并3.4 检测与 AD 疾病状态相关的模块用 GSE84422 全基因组表达数据利用 WGCNA 分析结果显示与确诊的 AD显著相关的有两个基因模块（模块 brown，模块 green）。模块与性状相关性热图（图 4A）所示，每一个模块用一种颜色来表示。图 4B、4C 表示模块 brown及 green 模块内连通性和基因重要性的相关性，其 P 值均＜0.05，表明模块与确诊的 AD 是显著相关的。

【参考文献】：
期刊论文
[1]阿尔茨海默病患者血浆长链非编码RNA51A水平及其与认知功能的相关性[J]. 吕峥,贝玉章,卜桂文,邓亮,肖乐,邓炎尧.  中华临床医师杂志(电子版). 2018(02)
[2]权重基因共表达网络分析在生物医学中的应用[J]. 刘伟,李立,叶桦,屠伟.  生物工程学报. 2017(11)



本文编号：3626594