甘肃东乡及裕固族牙周炎微生物群落结构研究

发布时间：2017-03-17 18:01

  本文关键词：甘肃东乡及裕固族牙周炎微生物群落结构研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的：以甘肃东乡及裕固族慢性牙周炎患者为研究对象,通过构建16S rRNA克隆文库,从不同的分类学水平,对比两组人群唾液微生物群落结构差异。探寻两个民族的主要牙周炎致病菌,为进一步研究微生物的致病机制提供理论支持。并从病因学角度入手,积极采取相应措施进行早期预防,降低牙周炎发病率,促进牙周组织健康。方法：按照WHO的采样标准,采集两个民族牙周炎患者唾液样本各20例,标记为：DP(东乡族牙周炎样本),YP(裕固族牙周炎样本)。提取细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得目的片段,并转化至E.coli DH5a,构建16SrRNA克隆文库。进行16S rRNA测序,剔除不合格序列后,应用MOTHUR、RDP、NCBI、MEGA等软件和数据库进行相关分析,并获得微生物分类学信息。结果：(1)两组唾液样本共检测到129个OTU,归属于7个门及37个属；(2)7个细菌门：厚壁菌门(Firmicute)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、互养菌门(Synergistetes)以及TM7菌门,对菌门丰度进行秩和检验,发现7个菌门在两组之间的差异均无统计学意义(P0.05)。(3)两组样本中优势菌的检出情况存在差异：DP组中为链球菌属(Streptococcus,36.81%)、奈瑟菌属(Neisseria,10.44%)、普氏菌属(Prevotella,4.95%)、韦荣氏球菌属(Veillonella,3.85%)、伴放线放线杆菌属(Actinobacillus,3.30%)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas,2.75%)、梭杆菌属(Fusobacterium,2.20%)、嗜血杆菌属(Haemophilus,2.20%)、颗粒链菌属(Granulicatella,1.10%)、纤毛菌属(Leptotrichial,10%)、消化链球菌属(Peptostreptococcus,1.10%)及TM7菌属(TM7,1.10%)。YP组中的优势属为：链球菌属(Streptococcus,43.70%)、 Methyloversatilis(7.10%)及假单胞菌属(Pseudomonas,5.20%)、不动杆菌属(Acinetobacter,4.40%)、 Schlegelella菌属(Schlegelella,4.00%)、奈瑟菌属(Neisseria,3.60%)、孪生球菌属(Gemella,3.60%)、普氏菌属(Prevotella,3.20%)、嗜血杆菌属(Haemophilus,1.60%)、真细菌属(Eubacterium,1.60%)及梭杆菌属(Fusobacterium,1.20%);(4)链球菌属存在于所有20例样本中,为两组人群牙周炎患者唾液中的核心微生物。除目前已能分类的菌属之外,还有11个菌属不能准确分类,这些菌属在牙周炎的发生、发展中的作用需进一步探索研究；(5) Aggregatibacter菌属(DP组：0.00%,YP组：3.30%)、奈瑟菌属(Neisseria)(DP组：10.40%,YP组：3.60%)及韦永球菌属(Veillonella,DP组：0.40%,YP组：3.85%)在两组样本中的分布具有明显的差异(P0.05)。结论：构建16S rRNA基因克隆文库法可用于牙周炎患者的口腔微生物群落结构研究,甘肃东乡及裕固族牙周炎口腔微生物群落结构存在一定的差异性。Aggregatibacter菌属、奈瑟菌属及韦永球菌属在两个民族牙周炎患者之间的差异性需要深入研究,并且链球菌属、普氏菌属、梭杆菌属及嗜血杆菌属等常见的牙周致病菌在牙周炎患者口腔中的作用值得进一步研究。
【关键词】：牙周炎 唾液 口腔微生物 优势菌属 16s rRNA克隆文库
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R781.4
【目录】：

• 中文摘要3-5
• Abstract5-7
• 英文缩略词7-10
• 第一章 前言10-13
• 第二章 实验材料和方法13-24
• 2.1 实验材料13-14
• 2.1.1 主要试剂13-14
• 2.1.2 主要材料和仪器14
• 2.2 实验方法14-24
• 2.2.1 研究对象14-15
• 2.2.2 样本的收集15
• 2.2.3 总DNA的提取和含量测定15-16
• 2.2.4 总DNA的检测16
• 2.2.5 PCR扩增16-17
• 2.2.6 PCR扩增产物的纯化17-18
• 2.2.7 PCR产物的连接18-20
• 2.2.8 CaCl2法Ecoli DH5α感受态细胞的制备及转化20-21
• 2.2.9 阳性克隆的筛选及克隆文库的构建21-22
• 2.2.10 生物信息学分析22-24
• 2.2.10.1 序列的处理22
• 2.2.10.2 样本多样性评估22-23
• 2.2.10.3 物种丰度分析23
• 2.2.10.4 系统发育树分析23
• 2.2.10.5 细菌群落主成分分析23
• 2.2.10.6 统计分析23-24
• 第三章 实验结果与分析24-36
• 3.1 样本采集情况24
• 3.2 唾液总DNA提取24-25
• 3.3 唾液微生物多样性25-33
• 3.3.1 稀释曲线评估25-26
• 3.3.2 多样性指数分析26
• 3.3.3 唾液微生物丰度分析26-27
• 3.3.4 唾液微生物检出率27-28
• 3.3.5 菌门水平上物种丰度28-31
• 3.3.6 菌属水平上物种丰度31-33
• 3.4 唾液微生物群落主成分分析33-34
• 3.5 系统发育树分析34-36
• 第四章 讨论36-40
• 第五章 结论40-41
• 参考文献41-46
• 在学期间的研究成果46-47
• 致谢47

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本文编号：253218