对基因芯片中与淫羊藿苷促进牙周膜干细胞成骨分化相关长链非编码RNA的初步验证

发布时间：2017-03-19 19:08

  本文关键词：对基因芯片中与淫羊藿苷促进牙周膜干细胞成骨分化相关长链非编码RNA的初步验证，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:淫羊藿苷是中国传统中药淫羊藿的有效提取成分,其化学结构和临床效用已明确。中药单体淫羊藿苷已被证实是有效的牙周膜干细胞成骨分化刺激因子。长链非编码RNA(longnon-coding RNA,lnc RNA)是非编码RNA(non-coding RNA,nc RNA)中长度大于200个核苷酸的调节性非编码RNA。相关研究表明,由转录因子,染色体调控子和非编码RNA组成的复杂网络存在于多能干细胞中并参与调节再生与多向分化之间的平衡关系,lnc RNA在干细胞的增殖和分化过程中起到关键调节作用。通过分析人牙周膜干细胞在淫羊藿苷诱导前后的m RNA及lnc RNA表达谱,筛选出成骨分化相关的lnc RNA,并探讨其可能的作用机制。材料和方法:利用流式细胞术鉴定原代人牙周膜干细胞;在此基础上,采用茜素红染色法验证牙周膜干细胞的成骨分化能力;并运用茜素红染色法,验证h PDLSCs在最佳浓度的ICA诱导下的成骨效果;最后,通过基因芯片检测获取人牙周膜干细胞在最佳浓度淫羊藿苷诱导前后的基因表达谱和lnc RNA表达谱,筛选表达上调或下调超过2倍的lnc RNAs。分析差异性表达lnc RNAs的结构、功能及机制,结合芯片结果及文献筛选出有研究价值的2条lnc RNAs,生物信息学预测上述lnc RNA的靶基因。通过q RT-PCR验证芯片结果。结果:光学显微镜下可见茜素红染色呈现橘红色钙结节;将10-7mol/L淫羊藿苷诱导组合非诱导组的h PDLSC芯片结果比对,选取差异表达倍数2倍以上m RNA和lnc RNA构建差异表达谱,发现有117个m RNA和48个lnc RNA发生大于2倍的表达变化,m RNA中有78条上调,39条下调,lnc RNA中有39条上调,9条下调。利用生物信息学技术筛选出两条怀疑与成骨相关的lnc RNA(lnc-COL14A1-1,lnc-USP25-2)并预测其靶基因。q RT-PCR结果验证了差异表达m RNA和lnc RNA的表达水平与基因芯片结果一致。结论:经过分析芯片结果及q RT-PCR验证,初步筛选出2个成骨相关lnc RNA:lnc-COL14A1-1,lnc-USP25-2,通过构建基因共表达网络,检索以上2个lnc RNA所在的子网络所包含的m RNA,预测这2个lnc RNA可能参与淫羊藿苷促进牙周膜干细胞成骨分化的过程。
【关键词】：牙周膜干细胞 长链非编码RNA 基因芯片 成骨分化 淫羊藿苷
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R781.4
【目录】：

• 缩略词表3-4
• 摘要4-6
• ABSTRACT6-10
• 第一章 前言10-17
• 第二章 人牙周膜干细胞与淫羊藿苷诱导成骨分化细胞的培养及鉴定17-25
• 2.1 材料和方法17-22
• 2.1.1 细胞来源17-18
• 2.1.2 材料和仪器18-19
• 2.1.3 方法19-22
• 2.2 统计方法22
• 2.3 结果22-24
• 2.4 讨论24
• 2.5 小结24-25
• 第三章 淫羊藿苷诱导人牙周膜干细胞成骨分化前后差异表达LNCRNA的筛选及验证25-33
• 3.1 材料和方法25-27
• 3.1.1 细胞来源25
• 3.1.2 主要试剂25
• 3.1.3 实验仪器设备25-26
• 3.1.4 方法26-27
• 3.2 统计方法27
• 3.3 结果27-31
• 3.3.1 样品RNA质量检测27
• 3.3.2 lnc RNA芯片结果27-30
• 3.3.3 RT-PCR验证芯片结果及对uc001gla.2 和lnc-USP25-2 多时间点表达水平的检测30-31
• 3.4 讨论31-32
• 3.5 小结32-33
• 第四章 淫羊藿苷诱导人牙周膜干细胞成骨分化前后差异表达LNCRNA和MRNA的生物信息学分析33-40
• 4.1 引言33
• 4.2 材料和方法33-34
• 4.2.1 材料33
• 4.2.2 方法33-34
• 4.3 结果34-37
• 4.3.1 基因本体论分析结果34-35
• 4.3.2 靶基因Pathway分析35-36
• 4.3.3 Lnc RNA-m RNA共表达网络分析36-37
• 4.4 讨论37-39
• 4.5 小结39-40
• 第五章 全文总结40-41
• 参考文献41-46
• 在学期间研究成果46-47
• 致谢47

【参考文献】

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1 秦子顺;殷丽华;王开娟;刘琪;程文晓;高鹏;孙可墨;钟梅;余占海;;淫羊藿苷促进人牙周膜干细胞增殖及骨向分化的作用[J];华西口腔医学杂志;2015年04期

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本文编号：256442