中国非综合征型唇腭裂GWAS初筛的29个SNP在宁夏人群中的验证

发布时间：2017-04-29 03:06

  本文关键词：中国非综合征型唇腭裂GWAS初筛的29个SNP在宁夏人群中的验证，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的非综合症型唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)是最常见的先天畸形,出生率为1‰-2‰,在中国发病率高达1.82‰,已跃居我国出生缺陷的第一位或是第二位。其发病机制是遗传、环境及二者间的相互作用的结果[2]。针对NSCL/P的遗传病因学的研究,迄今为止,全世界范围内,在已完成的四个GWAS的基础上,又完成了一个与NSCL/P相关Met分析,根据所有的这些研究数据,发现了13个与NSCL/P发病相关的候选基因及位点,1p22,1p36,1q32,2p21,3p11.1,8q21.3,8q24,9q22,10q25,15q22,17p13,17q22和20q1,但是这些结果主要是基于白种人和少部分亚洲人群,尚未在亚洲人群得到大规模的证实;非综合征型唇腭裂具有遗传异质性,存在人种和地域的差异,不同地区及不同表型的患者,候选基因均可能存在差异。我们的课题组近期完成了一项关于中国人群的NSCL/P的GWAS研究,但对其发现的全部有意义的SNP尚未在亚洲人群中得进一步精细验证。一项关于亚洲人群NSCL/P GWAS研究结果的验证实验迫在眉睫。方法本研究采用sequenom平台,选取了在中国人群第一阶段GWAS研究达到统计学意义但并未参与一期验证的29个SNP位点(筛选标准为:P10-6,任何两位点间没有高连锁关系。此外,若两位点间LD0.8,只选P值小的位点,若LD0.8,则两点都选),在宁夏地区NSCL/P人群进行进一步精确验证,以期发现与NSCL/P相关的有意义的SNP。本次研究收集宁夏地区NSCL/P患者505例(回族262例,汉族243例),正常对照751例(回族333,汉族418),通过sequenom平台,对选取的29个SNP位点基因分型;结果进行H-W平衡检验,在PLINK1.0.7软件下,采用条件logistic回归方法进行结果分析。结果6号染色体位点rs12193964的等位基因频率、基因型分布在回汉总样本中与相应对照组比较有统计学意义(P=0.05,P=0.03814),在回族样本、汉族样本中与相应对照组比较没有统计学意义(P0.05);10号然染色体位点rs117819323等位基因频率、基因型分布在回族样本中与相应对照组比较有统计学意义(P=0.03,P=0.01361),在回汉总样本、汉族样本中与相应对照组比较没有统计学意义(P0.05)。其余27个SNP位点的等位基因频率及基因型分布在相应组别中与对照组比较没有统计学差异(P0.05)。结论rs12193964与宁夏地区回汉族人群非综合征性唇腭裂发病相关;rs117819323与宁夏回族人群非综合症型唇腭裂的发病相关;其余27个SNP位点与宁夏地区非综合征型唇腭裂的发病不相关。
【关键词】：非综合征型唇腭裂 全基因组关联研究 单核苷酸多态位点
【学位授予单位】：宁夏医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R782.2
【目录】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-8
• 中英文缩略词表8-10
• 前言10-20
• 材料与方法20-32
• 结果32-44
• 讨论44-52
• 结论52-53
• 参考文献53-57
• 综述57-69
• 综述参考文献65-69
• 致谢69-70
• 攻读学位期间发表的学术论文70

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 司鑫鑫;孙玉洁;;DNA甲基化异常与肿瘤耐药[J];遗传;2014年05期

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 张莹;抑癌蛋白p53重要调控分子的蛋白质相互作用网络研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2008年

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本文编号：334083