全基因组表达谱芯片在筛选慢性牙周炎相关基因中的作用

发布时间：2022-01-04 17:17

　　背景:全基因组表达谱芯片是一种用于基因表达研究的技术手段,具有高度敏感性以及特异性,它可以在全基因组范围内检测与慢性牙周炎相关的差异基因,从而高效快速地发现与慢性牙周炎密切相关的因子。目的:应用全基因组表达谱芯片筛选慢性牙周炎相关基因。方法:选取15例正畸拔牙患者正常牙周膜组织作为对照组,21例慢性牙周炎患者牙周组织。比对4例慢性牙周炎组织和4例正常组织的全基因组表达谱芯片,筛选出上调基因及下调基因。通过Real-TimePCR（7例正常及13例患者）和Western Blot（4例正常及4例患者）对2组牙周膜组织中差异基因PI3K-Akt信号通路的表达进行验证。实验方案由海南医学院第一附属医院伦理委员会批准（批准号:HNM20180034）并获得所有患者的知情同意。结果与结论:①全基因组表达谱芯片结果分析发现慢性牙周炎样本中均存在显著差异表达的上调基因1 565个,下调基因1 849个;②富集分析发现其中在慢性牙周炎中PI3K-Akt信号通路表达有显著差异（P <0.001）;③Real-Time PCR及Western Blot检测发现PI3K及Akt的m RNA和蛋白在慢性... 

【文章来源】：中国组织工程研究. 2020,24(23)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

图1 两组全基因组表达谱芯片实验差异倍数柱状图

对照组对比慢性牙周炎临床样本火山图

聚类分析的相关数据包含基因名称的聚类图。聚类分析是通过数据建模简化数据的一种方法，目的在于获得数据的分布状况，观察每一簇数据的特征。并以距离指标描述样本簇之间的关联性，见图3。分析中以差异表达基因探针讯号差异(该探针在所有芯片间的讯号值差异大于31 000)筛选出的294基因探针进入分析。2.1.3 功能富集分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]The cytokine network involved in the host immune response to periodontitis[J]. Weiyi Pan,Qingxuan Wang,Qianming Chen.  International Journal of Oral Science. 2019(04)
[2]Differential gene expression profiling of gastric intraepithelial neoplasia and early-stage adenocarcinoma[J]. Xue Xu,Lin Feng,Yu Liu,Wei-Xun Zhou,Ying-Cai Ma,Gui-Jun Fei,Ning An,Yuan Li,Xi Wu,Fang Yao,Shu-Jun Cheng,Xing-Hua Lu.  World Journal of Gastroenterology. 2014(47)



本文编号：3568745