全基因组关联研究中基于主效应的加权分析方法的探讨

发布时间：2017-12-19 18:02

本文关键词：全基因组关联研究中基于主效应的加权分析方法的探讨　出处：《南京医科大学》2013年硕士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)已经成为人类复杂性疾病(complex disease)/可测性状(observable trait)遗传易感性的主要研究策略之一。目前,多位点关联研究的方法应用较多,基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)集合的分析方法比较常见,比如：核函数法、主成分法、偏最小二乘法以及有监督的主成分法等等。这几种降维方法有其相应的优势和局限,在致病位点的最小等位基因频率(minor allele frequency, MAF)较低的情况下,这些方法的检验效能相对较低,本文在主成分分析的基础上应用加权主成分法(weighted principal component analysis, wPCA),旨在探讨加权方法在低频致病位点时的优势。本研究利用模拟试验,针对病例-对照研究中的高维数据,探讨这四种方法在主效应分析中的统计学性质,以及相应的分析策略,并指导肺癌遗传易感性的关联研究及主效应分析。研究内容包括虚拟数据结构模拟试验、实际数据结构模拟试验和实例分析三个方面：(1)运用自编程序产生不同连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)结构和不同MAF结构的模拟数据,运用基于SNP集合(SNP set)的加权分析方法进行主效应检验,验证这种方法在主效应检测中的作用。(2)基于HapMap网站上的中国北京人群信息,产生模拟数据,再次运用加权分析方法对主效应进行检验,以比较这种方法在主效应检测中的作用。(3)利用高维肺癌病例-对照资料,再次比较加权分析方法检测主效应的能力。本研究的主要结果是：(1)模拟研究分析结果提示：当致病位点的MAF较低、不同LD结构和不同致病位点个数的情况下,加权主成分法和加权核函数(weighted IBS kernel machine, wIBS)法的检验效能高于主成分法和IBS核函数(identical-by-state)法,并且加权主成分法检验效能最高。(2)实例分析结果显示：将IBS核函数方法、wIBS核函数法、主成分法和加权主成分法应用到全基因组关联研究中,结果显示：加权法优于非加权法,而加权主成分法优于加权IBS核函数法。
【学位授予单位】：南京医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R181

【相似文献】

中国期刊全文数据库前1条

1 钟晓妮,周燕荣,易静;主成分法在优先解决卫生问题次序中的应用研究[J];中国卫生经济;2003年07期

中国重要会议论文全文数据库前1条

1 钟晓妮;周燕荣;易静;;主成分法在优先解决卫生问题次序研究中应用研究[A];重庆市预防医学会2004年学术交流会论文集[C];2004年

中国硕士学位论文全文数据库前6条

1 戴卉;全基因组关联研究中基于主效应的加权分析方法的探讨[D];南京医科大学;2013年

2 蔡敏;综合SNPs位点信息的四种统计方法的比较与应用研究[D];南京医科大学;2013年

3 谷伟伟;分组主成分和核主成分的研究与应用[D];中国矿业大学;2014年

4 洪素珍;如何有效利用主成分分析中的主成分[D];华中师范大学;2008年

5 张叶伟;基于主成分法的建设工程项目风险管理研究[D];北京化工大学;2012年

6 王艳艳;改进的主成分综合评价法及其在居民消费水平评价中的应用[D];重庆师范大学;2015年