肾综合征出血热病毒基因序列分析与分子流行病学研究

发布时间：2018-05-03 22:10

  本文选题：汉坦病毒 + 肾综合征出血热　； 参考：《山东大学》2005年硕士论文

【摘要】：目的 从山东省啮齿类等动物中鉴定汉坦病毒(HV),阳性标本进行RT-PCR扩增,测定序列,与以往山东省HV病毒株一起进行序列分析和分子流行病学研究。了解它们的同源性和遗传距离,掌握山东省不同地区肾综合征出血热(HFRS)的分布特征,遗传规律,进化关系;找出山东省的代表株,克隆其M基因。为从根本上预防和控制HFRS在山东省的流行打下坚实基础并为研制HFRS特异诊断试剂和新型疫苗提供科学依据。 方法 采集山东省不同地区的鼠肺标本,应用间接免疫荧光法(IFA)鉴定出HV感染的阳性标本。根据GenBank HV M基因保守序列及相关参考文献应用Primer5软件设计HTN与SEO型通用引物及将HTN型(Ⅰ型)和SEO型(Ⅱ型)分型的型特异性引物。通过RT-PCR法扩增阳性标本中HV M片段部分基因,测序并用DNASTAR软件进行同源序列比较并构建系统发生树。观察山东省HV碱基变异情况,找出山东省的代表株,进行全M片段扩增并构建克隆载体。测序并用BLAST软件进行同源序列比较,观察核苷酸以及所推导的氨基酸变异情况:利用SignalP、DNASTAR和TmPred软件预测其信号肽序列、疏水区、抗原区及跨膜区,分析氨基酸变异对HV包膜糖蛋白生物活性的影响。 结果 1.捕获2073只啮齿目和食虫目动物,鉴定出103份HV感染阳性标本,阳性率为4.97%。 2.阳性标本经RT-PCR扩增,得到26份HV相应M片段(2003～2302nt)。 3.测序结果经核苷酸序列分析表明26份HV同源性较高在97.3～100.0%,
[Abstract]:Objective to identify Hantavirus (HVV) from rodents and other animals in Shandong Province. The positive samples were amplified by RT-PCR and sequenced. To understand the homology and genetic distance of HFRSs in different regions of Shandong Province, to understand the distribution, genetic law and evolutionary relationship of HFRSs in different regions of Shandong Province, and to find out the representative strains of Shandong Province and clone the M gene of HFRSs. It will lay a solid foundation for the prevention and control of HFRS epidemic in Shandong Province and provide scientific basis for the development of HFRS specific diagnostic reagents and new vaccines. Methods the positive specimens of HV infection were identified by indirect immunofluorescence assay (IFA). According to the conserved sequence of GenBank HV M gene and related references, Primer5 software was used to design HTN and SEO universal primers and type-specific primers to type HTN (type 鈪，

本文编号：1840293