2002～2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发疫情病原CA24v的全基因组分析

发布时间：2016-12-01 07:25

  本文关键词：2002～2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发疫情病原CA24v的全基因组分析，由笔耕文化传播整理发布。

《宁波大学》 2014年

2002～2010年浙江省急性出血性结膜炎暴发疫情病原CA24v的全基因组分析

李焕  

【摘要】：目的： 1、研究2002-2010年浙江省CA24v病毒流行株在各基因及全序列层面的核苷酸、氨基酸、糖基化位点等的变异情况与进化速率，并探讨近十年来浙江省CA24v病毒株与国内外不同时期流行株间的差异。 2、分析国内外CA24流行株中各基因及全序列上的重组状况，推算柯萨奇A组24型变异病毒流行株VP1基因和3C基因的进化速率与进化分歧时间，从而探讨CA24v病毒的进化特征。 方法： 选择浙江省在2002-2010年之间分离的13株CA24v病毒流行株，在Hep-2细胞上增殖CA24v病毒，并采用实时荧光定量RT-PCR鉴定，用RT-PCR法扩增病毒核酸的相应片段，进行全序列测定，对获得的序列用生物软件进行拼接与分析，并与国内外分离的流行株进行比较，同时检测CA24v病毒各基因及全序列中发生的重组事件，最后用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子钟方法对国内外不同年代分离的CA24v病毒流行株的VP1和3C基因进行系统发育学分析，计算CA24v型流行株的起源与分化时间。 结果： 1、3株浙江省CA24v病毒流行株的全基因序列长度为7456-7458个核苷酸。2010年流行株与2002年流行株相比，在5′非编码区的核糖体结合位点存在两个T碱基插入。 2、浙江省CA24v流行株VP1、VP2和VP3三个基因的细胞表位区分别存在16、7、3个氨基酸位点的变异，其他基因也存在一定数量的氨基酸变异。CA24v全序列中存在若干熵值较高的位点，但是各氨基酸位点的Ka/Ks均小于1。1970-2011年国内外CA24v型病毒流行株共有4个糖基化位点发生改变。在CA24v的个别流行株序列中发现有重组事件的发生。 3、近十年来浙江省急性出血性结膜炎暴发疫情病原均为CA24v型，2002年、2007～2008年以及2010年浙江省分离的CA24v流行株，在系统进化树上分别聚集在CA24v GⅣ分支的C2、C3和C4小分支上。 4、CA24型病毒VP1基因的核苷酸碱基替代率为4.86×10-3(3.522×10-3-6.167×10-3)替代/位点/年，推算CA24型原型与变异型的最近共同祖先出现在1909(1885-1930)年，变异型(CA24v)的分化时间点为1942(1927-1958)年；3C基因的核苷酸平均碱基替代率为4.737×10-3(3.237×10-3-6.434×10-3)替代/替代/年，推算CA24型原型与变异型(CA24v)的最近共同祖先出现在1926(1879-1942)年，变异型的分化时间点为1961(1954-1969)年。 结论： CA24v是引起我国及急性出血性结膜炎暴发疫情的最主要病原，该病毒的氨基酸序列较为稳定。CA24型原型病毒并非是引起急性出血性结膜炎的病原，而只是和引起急性出血性结膜炎暴发的CA24v型病毒有接近亲缘关系的一种肠道病毒。CA24型原型与变异型的最近共同祖先出现在19世纪末到20世纪40年代初，，变异型病毒1950年开始分化。为加强对CA24v的预防与控制，我国应开展CA24型病毒的分子流行病学、重组及进化的研究。

【关键词】：
【学位授予单位】：宁波大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R777.31;R181.3
【目录】：

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本文编号：200156