核酸测序法检测HCV基因型及分子流行病学研究

发布时间：2017-03-29 16:20

  本文关键词：核酸测序法检测HCV基因型及分子流行病学研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的： 丙型肝炎病毒(HCV)感染所致丙型肝炎为全球传染性疾病,是导致慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌的主要原因之一。HCV基因型在HCV感染、传播、预后及抗病毒治疗效果等方面有重要意义,同时能够给流行病学研究提供重要依据。HCV基因组具有高度的变异性,根据基因组核苷酸序列的差异,HCV被分为6种基因型。近年来,虽然国内关于HCV基因型分布的报道逐渐增多,但存在地域性差异及选用分型方法不同等问题。因此,为了更好的了解中国HCV的分子流行病学特征,我们使用核酸测序法对国内11个省份的307例HCV标本进行基因型检测,通过分析本研究结果,深入地探讨我国HCV基因型及亚型的地域分布以及分子流行病学特征,为中国的HCV感染的相关研究提供有价值的资料。 方法： 收集307份来自我国不同地区的HCV感染者血清标本,使用HCV核酸定量检测试剂提取HCV RNA,实时PCR定量检测HCV RNA载量；同时使用RNA提取试剂提取HCV RNA,反转录PCR法扩增HCV Core/E1区基因片段,对扩增产物进行测序,然后使用NCBI基因分型工具确定基因亚型,分析我国基因型与基因亚型的地域分布特征,以及基因型与宿主性别、年龄和病毒载量的关系。 结果： 1.在307例HCV标本中,共检测出6个基因亚型,1b型占50.8%(156/307),2a型占19.9%(61/307),3a型占10.7%(33/307),3b和6a型各占8.1%(25/307)；1a型占2.3%(7/307),3a、3b、6a和1a型合计占29.3%(90/307)。 2.296例可测得载量的HCV标本,80.7%(239/296)的标本属于高HCV RNA载量组(106IU/mL)。在高、中、低载量组中,1b型均有较高检出率,但中载量组(500-106IU/mL)中以2a型检出为主,占58.5%(24/41)。 3.HCV基因型与地域分布、性别、年龄 (1)地域分布：HCV基因亚型分布表现出地域性差异,各省份HCV基因型检出率有所差别。南方以1b型为主,占50.0%(97/194),其次为3a型,占16.0%(31/194)；北方以1b型为主要基因型,占52%(59/113),其次为2a型,占42.5%(48/113)；南北方之间,HCV基因型分布存在差异(p0.01) (2)性别分布：性别资料明确的286例标本,男女基因型分布总体上无显著差异(x2=7.102,p0.05),6a型在男女间分布存在显著差异(χ2=8.741,p0.01),男女间其他基因型分布没有差异(p0.01) (3)年龄分布：年龄资料明确的274例HCV标本,基因型在各年龄分布存在显著差异(x2=62.322,p0.05)。1b、2a型在各年龄组检出率均较高,主要分布在≥31岁以上患者中；21-30岁和31-40岁年龄组中,基因型分布趋于均衡,1b和2a两型分别占44%和50%,非1b、2a型感染总和≥50%。 结论： 本研究结果表明,在我国,HCV感染分布主要以基因1b型为主,其次为2a型。南方以1b、3a型为主,北方则以1b、2a型为主,基因型的地域性分布特征较为明显。非1b、2a型的检出率之和明显升高,提示我国HCV基因型感染的地域性分布特征有所变化。HCV基因亚型分布与性别、年龄和病毒载量间也存在一定的关系。本研究获得国内具有代表性的HCV感染分子流行病学资料,同时提示推广HCV基因分型检测十分必要。
【关键词】：丙型肝炎病毒 基因分型 核酸测序 抗病毒治疗 分子流行病学
【学位授予单位】：天津医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2012
【分类号】：R181.3
【目录】：

• 中文摘要4-6
• Abstract6-10
• 缩略语/符号说明10-11
• 前言11-17
• 研究现状、成果11-16
• 研究目的、方法16-17
• 一、分析HCV Core/El区基因序列确定HCV基因型并检测HCV RNA病毒载量17-29
• 1.1 对象和方法17-19
• 1.1.1 标本来源17
• 1.1.2 实验试剂17-18
• 1.1.3 实验仪器和设备18-19
• 1.2 HCV RNA定量检测19-20
• 1.2.1 HCV RNA的提取19
• 1.2.2 HCV RNA扩增及定量前准备19-20
• 1.2.3 RT-PCR荧光定量20
• 1.2.4 结果判读20
• 1.3 HCV基因分型检测20-23
• 1.3.1 HCV RNA提取20-21
• 1.3.2 HCV Core/E1区扩增21-22
• 1.3.3 扩增结果验证22-23
• 1.4 核酸测序23
• 1.5 统计学处理23
• 1.6 结果23-26
• 1.6.1 HCV核心(C)区的PCR产物电泳结果鉴定23-24
• 1.6.2 PCR产物测序结果24-25
• 1.6.3 HCV基因型与病毒载量的关系25-26
• 1.7 讨论26-29
• 二、中国HCV基因分型的流行病学分析29-38
• 2.1 对象和方法29-31
• 2.1.1 标本来源29
• 2.1.2 实验试剂29-30
• 2.1.3 实验仪器和设备30-31
• 2.2 HCV基因分型检测方法31
• 2.3 数据统计分析31
• 2.4 结果31-35
• 2.4.1 HCV基因型地域分布特征31-32
• 2.4.2 HCV基因型与感染宿主性别的关系32-34
• 2.4.3 HCV基因型与感染宿主年龄的关系34-35
• 2.5 讨论35-38
• 结论38-39
• 参考文献39-46
• 发表论文和参加科研情况说明46-47
• 综述47-58
• 参考文献53-58
• 致谢58

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本文编号：274903