甘肃省结核分枝杆菌临床分离株基因分型初步研究

发布时间：2020-08-03 06:25

【摘要】： 目的评价间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在甘肃省结核病分子流行病学中的应用,初步探索甘肃省结核分枝杆菌的基因型及其分布,为防治结核病提供科学依据。方法利用MLVA和Spoligotyping基因分型方法,对确诊的结核病患者分离的结核分枝杆菌进行基因分型研究。MLVA方法选择了15个VNTR位点,设计引物,采用PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳检测,并利用BioNumerics4.5软件进行DNA指纹图谱多态性分析。Spoligotyping方法通过杂交技术对杂交结果进行聚类分析。最后用Spss11.0统计软件对相关资料进行统计分析。结果采用Spoligotyping分型方法,215株结核分枝杆菌可分为3个基因群22种基因型,该地区主要流行株为北京家族基因型。也发现了在国内较少报道的H、T、MANU家族基因型菌株。北京家族菌株构成比在不同年龄组、性别、地区、发病情况、治疗情况和治疗史比较,除了兰州市病人菌株北京家族构成比明显大于非兰州市病人菌株外(p＜0.05),其他不同分组显示北京家族构成比差别没有统计学意义。发现北京家族与非北京家族基因型菌株的耐药率之间差异无统计学意义。采用MLVA分型方法,根据被检菌株15个VNTR位点的重复次数,对215株结核分枝杆菌临床分离株进行聚类分析,215株结核分枝杆菌呈现7个基因群127种基因型,其中e群74.88%(161/215)为主要流行型(Spoligotyping鉴定为北京家族基因型)。不同人群结核分枝杆菌成簇率的差别,除了有抗结核治疗史患者菌株成簇率高于无抗结核治疗由患者外,性别、年龄、是否规则治疗、耐药性之间的成簇率差异都无统计学意义。对甘肃地区结核分枝杆菌进行MLVA分型的位点中,MIRU21、MIRU26位点等位基因多态性最好,ETR-A、ETR-E、MIRU16、MIRU40位点呈中等多态性。两种新型的基因分型技术相比较,Spoligotyping分型方法把215株结核分枝杆菌分为22种基因型,而MLVA分型方法把215株结核分枝杆菌临床分离株分为127种基因型。对同一基因型的结核分枝杆菌分型的符合率为94.41%。结论初步结果证实甘肃省结核病患者结核分枝杆菌分离株基因型具有多态性。北京基因型结核分枝杆菌为该地区主要流行株、也发现了中国较为少见的基因型菌株H、T、MANU等基因型。目前的结果尚不能证明北京家族基因型结核分枝杆菌与耐药性之间存在相关性。MIRU21、MIRU26、ETR-A、ETR-E、MIRU16、MIRU40等位点是分析甘肃省结核分枝杆菌基因型的首选位点。Spoligotyping在对结核分枝杆菌进行株水平鉴定时,其辨别能力略低于MAVA,它可以用于有效的鉴定北京家族菌株,有较为完善的国际数据库,可以进行地区间的对比分析。MLVA省时、省力、准确、易于比较或共享的基因分型对含有IS6110拷贝数小于6的菌株有较好的鉴别能力。两种新型的基因分型技术相比较,MLVA分型方法比Spoligotyping分型方法的分辨力较好,但是两种方法相互补充可大大提高对结核分枝杆菌进行株水平基因分型的能力。两种分型技术重复性好,灵敏度、特异度高,操作简便快速,尤其是两种分型方法不需要大量高质量的DNA,并且试验结果可以进行数字化编码,便于各个实验室之间结果的比较,为探讨疾病的感染源、病原流行株的分子进化、建立全球化数据库开辟了新的途径。
【学位授予单位】：兰州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2008
【分类号】：R181.3
【图文】：

3.结核分枝杆菌菌株Ml为A指纹图谱本试验共选取15个VNTR基因位点对甘肃215株结核分枝杆菌进行基因分型，结果显示不同菌株不同位点的DNA图谱呈现多态性，图1为标准株H37Rv和GS07044号菌株在巧个vNTR基因位点的多态性;图2一16为部分菌株在10个VNTR基因位点的检测结果。班 12345m678910M1112131415孤 1000七P，Dob刀300b刀 700bP‘ 0obpSO0bP400七p300bp200bp 100bD10臼幻bp9〔obp8〔obD7〔obP6〔obD5臼幻b刃4(obD3〔obP2.幻b刃1.幻bp图1同一菌株在15个不同VNTR位点中多态性检测FIGI.玫 nthPolymorPhismatdifferentloeiinthesameiselatesofM.tuberculosis AH37Rv， BGS07044ETR一 C;4ETR一D;5METR 100bPDNAMarker;1ETR一A:2一 E;6MIRUIO;7MIRU16;8ETR一B;3MIRU23;9

点对甘肃215株结核分枝杆菌进行基因分型，结果显示不同菌株不同位点的DNA图谱呈现多态性，图1为标准株H37Rv和GS07044号菌株在巧个vNTR基因位点的多态性;图2一16为部分菌株在10个VNTR基因位点的检测结果。班 12345m678910M1112131415孤 1000七P，Dob刀300b刀 700bP‘ 0obpSO0bP400七p300bp200bp 100bD10臼幻bp9〔obp8〔obD7〔obP6〔obD5臼幻b刃4(obD3〔obP2.幻b刃1.幻bp图1同一菌株在15个不同VNTR位点中多态性检测FIGI.玫 nthPolymorPhismatdifferentloeiinthesameiselatesofM.tuberculosis AH37Rv， BGS07044ETR一 C;4ETR一D;5METR 100bPDNAMarker;1ETR一A:2一 E;6MIRUIO;7MIRU16;8ETR一B;3MIRU23;9

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【引证文献】

相关博士学位论文 前1条

1 王春雨;结核杆菌Taqman PCR检测方法建立及吉林省鹿结核杆菌MLVA分型研究[D];吉林农业大学;2011年

本文编号：2779242