急性胃肠炎病毒多重qRT-PCR方法的建立及其在镇江部分地区的流行病学研究
发布时间：2021-11-13 02:42
研究目的:建立可以同时、快速检测急性胃肠炎患者粪便中诺如病毒（Norovirus,NOV）、A组轮状病毒（Rotavirus,RV）、札如病毒（Sapovirus,SaV）、人腺病毒（Huma n Adenovirus,HAdV）、人星状病毒（Human Astrovirus,HAstV）的多重 qRT-PC R的技术。探讨2018年11至2019年11月镇江部分地区主要急性胃肠炎病毒的流行情况,急性病毒性胃肠炎患者临床特征以及当地NOV GⅡ基因型别分布特征,探讨流行的优势毒株及进化。研究方法:1、利用NOV GⅠ和GⅡ、A组RV的RNA片段构建重组质粒pACYC184-NOV-GⅠ、pACYC184-NOV-GⅡ 和 pACYC184-RV。合成质粒 pBluescript Ⅱ SK-SaV、pBluescr i-pt Ⅱ SK-HAstV 和 pBluescriptⅡ SK-HAdV。制备上述病毒的标准品。2、以制备的标准品为模板建立二步法qRT-PCR标准曲线,评价其各体系的灵敏度、特异性及重复性。3、在qRT-PCR的基础上将上述病毒引物和探针分成三组,每组含两种病毒引物和探...
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：103 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
NOV的电镜观察图和模式图：A.用扫描电镜观察到的粪便中NOV;B.NOV的模式图
江苏大学硕士学位论文3条，故名轮状病毒（RV）（图1.3B）[6]。RV基因組由11个分节段的dsRNA组成，核酸长约为18.5kb。现在的研究表明：A组轮状病毒基因组的每一个节段包含一个ORF第1～4、第6和第9基因节段分别拷贝RV结构蛋白VPl～VP4、VP6和VP7，第5、第7～8和第10～11基因节段分别拷贝非结构蛋白NSPl-NSP6[7]。图1.3RV的电镜观察图和模式图：A.用扫描电镜观察到的粪便中RV；B.RV的模式图Fig1.3ElectronMicroscopicObservationandIdeographofRV:A.RVinfaecesobservedb-yElectronMicroscopic;B.IdeographofRV根据VP6区序列的不同，RV可分为A-G共7个组，仅A、B和C组可感染人类。A组RV是引起婴幼儿腹泻的主要病原体，年长儿童及成人隐性感染。而B组RV主要引起成人腹泻。C组轮状病毒感染多为散发[6]。RV的中和抗原主要存在在VP4和VP7两个外壳结构蛋白上。由于编码VP7及VP4基因片段存在很大变异性。目前根据A组RV的G糖蛋白VP7区序列不同将其分为14个G血清型和27个G基因型，其中G1，G2，G3，G4和G9血清型是比较常见的流行株[8]。依据A组RV的P蛋白酶敏感蛋白VP4区序列不同，可进一步分为15个P血清型和37个P基因型，常见的基因型为P4、P6、P8、P9和P10，引起婴儿腹泻的多为P8和P4型[8]。1.1.3AstV病原学特征1975年，Appleton和Higgins首次在急性胃肠炎的儿童粪便中发现了AstV。同年，Madeley和Cosgrove在电镜下观察到上述病毒颗粒表面有5或6个星尖状的突起，由此命名为星状病毒（AstV）（图1.4）[9]。AstV是+ssRNA，直径
急性胃肠炎病毒多重qRT-PCR方法的建立及其在镇江部分地区的流行病学研究4约为28～41nm，基因组因长约6.2～7.8kb，主要包含：3个ORF1a、ORF1b和ORF2和一个多聚腺苷酸尾。其中，ORF1a和ORF1b区基因主要编码非结构蛋白。编码RdRp的ORF1b是最保守的区域。主要编码衣壳蛋白ORF2区域变异最大[10]，可分为四个亚区：I-IV区。I区（1～415个氨基酸）在各血清型之间是高度保守的；II～III区（416～771个氨基酸）是变异性较高的。此外，ORF1b和ORF2的重叠区是核苷酸置换和片段重组的高发区[11]。图1.4AstV的模式图Fig1.4IdeographofRV1.1.4SaV病原学特征SaV最早发现于日本扎幌市的一次暴发性腹泻，电镜表现具有典型的杯状结构，与NOV同属于人杯状病毒科（humancalicivirus，HuCV），命名为札幌病毒（SapporoVirus，SV）[12]。2002年国际病毒分类委员会将这一类病毒重命名为札如病毒（Sapovirus，SaV）。SaV在电镜下有典型的杯状结构[13]，为+ssRNA，基因组大小为7.1-7.7kb，主要包含：ORF1和ORF2。其中，ORF1编码RdRp、主要衣壳蛋白（VP1）等7个非结构蛋白；ORF2编码小分子衣壳蛋白VP2（图1.5）[13]。某些SaV基因序列还存在ORF3，该区域与ORF1重叠，编码未知的功能蛋白。根据VP1区序列不同，将SaV分为5个GI-GV基因组，仅GI、GII、GIV和GV可感染人类。GI、GIV和GV有三个ORF，而GII和GIII只有两个主要的ORF[14]。
本文编号：3492151
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：103 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
NOV的电镜观察图和模式图：A.用扫描电镜观察到的粪便中NOV;B.NOV的模式图
江苏大学硕士学位论文3条，故名轮状病毒（RV）（图1.3B）[6]。RV基因組由11个分节段的dsRNA组成，核酸长约为18.5kb。现在的研究表明：A组轮状病毒基因组的每一个节段包含一个ORF第1～4、第6和第9基因节段分别拷贝RV结构蛋白VPl～VP4、VP6和VP7，第5、第7～8和第10～11基因节段分别拷贝非结构蛋白NSPl-NSP6[7]。图1.3RV的电镜观察图和模式图：A.用扫描电镜观察到的粪便中RV；B.RV的模式图Fig1.3ElectronMicroscopicObservationandIdeographofRV:A.RVinfaecesobservedb-yElectronMicroscopic;B.IdeographofRV根据VP6区序列的不同，RV可分为A-G共7个组，仅A、B和C组可感染人类。A组RV是引起婴幼儿腹泻的主要病原体，年长儿童及成人隐性感染。而B组RV主要引起成人腹泻。C组轮状病毒感染多为散发[6]。RV的中和抗原主要存在在VP4和VP7两个外壳结构蛋白上。由于编码VP7及VP4基因片段存在很大变异性。目前根据A组RV的G糖蛋白VP7区序列不同将其分为14个G血清型和27个G基因型，其中G1，G2，G3，G4和G9血清型是比较常见的流行株[8]。依据A组RV的P蛋白酶敏感蛋白VP4区序列不同，可进一步分为15个P血清型和37个P基因型，常见的基因型为P4、P6、P8、P9和P10，引起婴儿腹泻的多为P8和P4型[8]。1.1.3AstV病原学特征1975年，Appleton和Higgins首次在急性胃肠炎的儿童粪便中发现了AstV。同年，Madeley和Cosgrove在电镜下观察到上述病毒颗粒表面有5或6个星尖状的突起，由此命名为星状病毒（AstV）（图1.4）[9]。AstV是+ssRNA，直径
急性胃肠炎病毒多重qRT-PCR方法的建立及其在镇江部分地区的流行病学研究4约为28～41nm，基因组因长约6.2～7.8kb，主要包含：3个ORF1a、ORF1b和ORF2和一个多聚腺苷酸尾。其中，ORF1a和ORF1b区基因主要编码非结构蛋白。编码RdRp的ORF1b是最保守的区域。主要编码衣壳蛋白ORF2区域变异最大[10]，可分为四个亚区：I-IV区。I区（1～415个氨基酸）在各血清型之间是高度保守的；II～III区（416～771个氨基酸）是变异性较高的。此外，ORF1b和ORF2的重叠区是核苷酸置换和片段重组的高发区[11]。图1.4AstV的模式图Fig1.4IdeographofRV1.1.4SaV病原学特征SaV最早发现于日本扎幌市的一次暴发性腹泻，电镜表现具有典型的杯状结构，与NOV同属于人杯状病毒科（humancalicivirus，HuCV），命名为札幌病毒（SapporoVirus，SV）[12]。2002年国际病毒分类委员会将这一类病毒重命名为札如病毒（Sapovirus，SaV）。SaV在电镜下有典型的杯状结构[13]，为+ssRNA，基因组大小为7.1-7.7kb，主要包含：ORF1和ORF2。其中，ORF1编码RdRp、主要衣壳蛋白（VP1）等7个非结构蛋白；ORF2编码小分子衣壳蛋白VP2（图1.5）[13]。某些SaV基因序列还存在ORF3，该区域与ORF1重叠，编码未知的功能蛋白。根据VP1区序列不同，将SaV分为5个GI-GV基因组，仅GI、GII、GIV和GV可感染人类。GI、GIV和GV有三个ORF，而GII和GIII只有两个主要的ORF[14]。
本文编号：3492151
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