2013～2015年浙江人感染H7N9禽流感病毒流行病学特征及基因组序列分析

发布时间：2017-07-05 17:01

  本文关键词：2013～2015年浙江人感染H7N9禽流感病毒流行病学特征及基因组序列分析

  更多相关文章： H7N9禽流感病毒 流行病学特征 基因组 序列分析 进化树

【摘要】：研究目的:分析2013～2015年浙江人感染H7N9禽流感疫情及基因组序列,探讨该病毒的流行病学及遗传变异特征。研究方法:对2013年1月至2015年12月浙江8家哨点医院纳入的符合急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection,ARI)定义的病例进行流行病学和临床信息调查,采集呼吸道标本进行流感病毒核酸检测。按检测结果将病例分为人感染H7N9阳性组和流感阴性组,分析两组病例流行病学和临床特征。应用RT-PCR的方法扩增15个代表株,测序并拼接出基因组序列,从GenBank或GISAID数据库中下载中国各地区H 7N9流感病毒的代表序列,采用Me g a6.0软件对其进行系统进化树构建和氨基酸比对分析。同时应用DNAStar软件中的Protean模块预测HA、NA蛋白的B淋巴细胞优势抗原表位。并利用Phymol软件对病毒HA和NA编码的氨基酸序列变异情况进行蛋白质空间结构模拟。研究结果:1.2013～2015年浙江8家哨点医院共纳入7602例严重急性呼吸道感染,其中实验室确诊人感染H7N9禽流感病例106例(占1.4%),2013年4月及2014年1～2月分别为2个发病高峰,其余月份多散发为主。病例年龄中位数M为59(QR:50～67)岁,男性占66%,死亡30例,其中男性20例,女性10例。慢性基础性疾病(包括慢性心脏、肾脏、肝脏、神经系统疾病)在H7N9阳性病例的比例高于流感阴性病例,差异均有统计学意义(P0.05)。2.H7N9阳性病例较流感阴性病例更易出现黄痰、咯血、中枢神经系统症状、X线/CT表现异常和肺部听诊异常,而实验室检查中较阴性组更易出现白细胞总数,淋巴细胞及血小板的下降,差异均有统计学意义(P0.05)。3.2013～2015年浙江人H7N9流感病毒与同时期国内的参考毒株(包括禽源性参考株)具有高度同源性,HA和NA氨基酸系统进化树大致可分成3个组,同一年份分离的病毒株同源关系较近,而不同年份的病毒株的基因序列存在一定的差异,表明该病毒在不断的变异中。氨基酸变异情况显示15株代表株的HA蛋白均发生了226位(Q226L/I)和186位(G186V)受体结合位点的突变,且2015年分离株出现A134V突变;有2株在NA蛋白出现了 R294K耐药位点的变异;9株在PB2蛋白发生了 E627K突变,1株发生D701N突变;M2蛋白均发生了 S31N突变;PB1蛋白均发生了 I368V。HA的裂解位点均为PEIPKGR↓GLF,仍为低致病性毒株,同时未发现HA和NA蛋白糖基化位点的变异。4.应用DNAStar软件中的Protean模块预测HA蛋白的B淋巴细胞优势抗原表位区段为:172-183,214-220,313-322,374-381,393-399,466-473,492-505。NA蛋白的B细胞优势抗原表位区段为:46-52,206-210,220-225,323-328,332-345,366-373,380-387。研究结论:1.冬春季是浙江地区H7N9禽流感疫情的高发期,老人尤其是慢性基础疾病患者是H7N9禽流感病毒感染的高危人群。2.H7N9患者易出现重症及白细胞总数,淋巴细胞及血小板的下降。3.浙江地区人感染H7N9禽流感病毒与同时期国内的参考毒株具有高度同源性,病毒氨基酸随着时间推移存在一定的差异,表明该病毒在不断的变异中。4.本实验应用DNAStar软件初步预测了人感染H7N9禽流感病毒的抗原表位,在接下来的研究工作中,我们将联合多种生物信息学工具进一步分析,并验证预测表位的抗原性及特异性等。
【关键词】：H7N9禽流感病毒 流行病学特征 基因组 序列分析 进化树
【学位授予单位】：浙江大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R511.7;R181.3
【目录】：

• 致谢4-5
• 中文摘要5-8
• 英文摘要8-11
• 中英文缩写11-14
• 1 引言14-17
• 2 材料与方法17-26
• 2.1 实验材料17-19
• 2.2 实验方法与步骤19-26
• 3 结果26-49
• 3.1 流行病学分析26-30
• 3.2 测序结果及进化树构建30-38
• 3.3 病毒蛋白关键位点变异分析38-46
• 3.4 病毒疫苗表位预测46-47
• 3.5 同源建模47-49
• 4 讨论49-54
• 5 结论54-55
• 参考文献55-62
• 综述62-80
• 参考文献71-80
• 作者简历及在学期间所取得的科研成果80

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 谢健屏;禽流感病毒[J];中国临床医生;2000年04期

2 郭志儒;香港再次发生禽流感病毒感染人[J];中国兽医学报;2003年02期

3 周鸿飞;禽流感病毒真面目[J];光明中医;2004年01期

4 ;禽流感对我们威胁有多大[J];肉品卫生;2004年01期

5 ;禽流感究竟是什么?[J];天津中医药;2004年01期

6 周祖华;加强禽流感的监测与防制[J];中国人兽共患病杂志;2004年02期

7 方松,张宝萍;禽流感的流行病学分析[J];中国国境卫生检疫杂志;2004年01期

8 本刊编辑部;禽流感病毒[J];广西预防医学;2004年01期

9 刘云凯,吕智军,关淳,张玮,陈卫军,姚玉明;禽流感流行现状与防治措施[J];口岸卫生控制;2004年01期

10 ;哪些动物可能感染禽流感?[J];中国社区医师;2004年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 孙晓林;;禽流感和公共卫生[A];中国畜牧兽医学会兽医病理学分第12次暨中国动物病理生理学专业委员会第11次学术讨论会论文集[C];2003年

2 何义林;叶冬青;;禽流感病毒对人类感染机制的研究进展[A];第二届全国人畜共患病学术研讨会论文集[C];2008年

3 春阳;李东;;再论“以科学发展观应对禽流感事件”——评禽流感病毒变种两次恐慌论[A];首届中国黄羽肉鸡行业发展大会会刊[C];2008年

4 邓洁丽;段明星;俞初一;江龙;;聚联乙炔有序组装体在识别禽流感病毒方面的应用研究[A];中国化学会第十二届胶体与界面化学会议论文摘要集[C];2009年

5 孙恩泽;谢敏;赵海粟;黄碧海;刘书琳;张万坡;张志凌;王汉中;庞代文;;量子点标记禽流感病毒[A];第六届全国化学生物学学术会议论文摘要集[C];2009年

6 黄志坚;陈强;李清禄;王寿昆;江和基;;不同消毒剂对禽流感病毒的杀灭试验[A];福建省科协第八届学术年会分会场“转变饲养方式，促进海西畜牧业和谐发展”学术年会论文集[C];2008年

7 周祖华;张敏;程礼明;徐彬;沈彩信;;禽流感流行趋势分析[A];全国人畜共患病学术研讨会论文集[C];2006年

8 王志宇;张议文;刘桂林;;禽流感病毒的分子生物学研究进展[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年

9 刘迎芳;饶子和;;禽流感病毒(H5N1)RNA聚合酶PA亚基相关三维晶体结构与功能分析[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年

10 韦婷;胡杰;兰彬;陆文俊;苏凯;覃芳芸;;广西暴发中低毒力禽流感情况报告[A];中国畜牧兽医学会禽病学会分会第十次学术研讨会论文集[C];2000年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 农业部动物疫病诊断与流行病学中心主任 崔尚金 博士;候鸟发生禽流感给我们的警示[N];中国畜牧兽医报;2005年

2 莫书莹;世卫警告：禽流感或大流行全球经济应警惕[N];第一财经日报;2005年

3 本报记者 魏红欣;禽流感“啄”痛全球经济[N];国际金融报;2005年

4 本报记者　许凯;狙击禽流感：一场鸟与人的战争[N];国际金融报;2005年

5 新华社记者　杨爱国;防控禽流感需要加强国际合作[N];光明日报;2005年

6 李杨;禽流感疫情不会长期影响农产品期价[N];金融时报;2005年

7 罗政、夏文辉;香港强化防止禽流感措施[N];人民日报海外版;2004年

8 本报记者　张向永　赵秀芹;禽流感让全世界手牵手[N];市场报;2005年

9 ;禽流感病毒能否绝迹？[N];中国石油报;2004年

10 何源;严防禽流感从境外传入我国[N];中国食品质量报;2005年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 邹镇;H5N1型禽流感病毒和甲型H1N1流感病毒致急性呼吸损伤的机理研究[D];北京协和医学院;2012年

2 赵蔚;基于磁分离和荧光量子点标记的高灵敏禽流感病毒检测[D];武汉大学;2012年

3 区嘉贤;H7N9禽流感患者的临床特征及预后分析[D];复旦大学;2014年

4 刘三红;禽流感的数学建模及数值模拟[D];华中师范大学;2015年

5 樊兆斌;野鸟源禽流感病毒(AIV)分离株的遗传进化及其致病性研究[D];东北林业大学;2014年

6 桑晓宇;H9N2亚型禽流感病毒在豚鼠模型中水平传播的分子机制研究[D];中国农业科学院;2015年

7 杨文涛;靶向树突状细胞通用型禽流感病毒重组乳酸菌的研究[D];吉林农业大学;2015年

8 石霖;北方某省主要亚型禽流感现地调查分析及RT-LAMP检测方法研究[D];东北农业大学;2015年

9 张晓剑;HA蛋白糖基化修饰对H5N1亚型禽流感病毒复制、致病性和抗原性的影响[D];扬州大学;2014年

10 朱闻斐;H7N9禽流感病毒致病与传播机制研究[D];中国疾病预防控制中心;2015年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 高晓龙;2014年度中国东部候鸟禽流感病毒分离与鉴定[D];中国农业科学院;2015年

2 徐晓龙;H5和H7亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立[D];中国农业科学院;2015年

3 韩苗苗;一类人畜共患的禽流感传染病传播模型[D];大连理工大学;2015年

4 王秋珍;H9N2禽流感病毒NS1蛋白诱导的氧化应激促进DF-1细胞凋亡[D];西北农林科技大学;2015年

5 梁威;5株H9N2亚型AIV血凝素结构分析及感染A549细胞的蛋白质组学研究[D];山东农业大学;2015年

6 刘媛媛;MDCK细胞表达鸡ST3GAL I基因对H9亚型禽流感病毒增殖情况的影响[D];河南农业大学;2013年

7 孟芳;H9N2亚型禽流感HA基因演化及其内部基因在H5N2亚型流感病毒演化中的作用[D];山东农业大学;2015年

8 韩雯;山东地区H9N2禽流感流行病学调查及流行毒株分子生物学检测[D];山东农业大学;2014年

9 查国飞;昆虫细胞表达重组H5亚型禽流感HA蛋白及其免疫原性研究[D];安徽农业大学;2014年

10 侯群;新疆青格达湖湿地鸟类中H5、H7亚型AIV和NDV流行病学监测[D];石河子大学;2015年

，

本文编号：522782