影响广西防城港地区汉族成年男性癌胚抗原水平的遗传变异分析及其临床意义探讨

发布时间：2017-09-02 19:03

  本文关键词：影响广西防城港地区汉族成年男性癌胚抗原水平的遗传变异分析及其临床意义探讨

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【摘要】：[研究内容]本研究内容分三部分：(1)对广西特定地区的相同种族、成年男性健康人群的血清CEA(Carcinoembryonic Antigen)水平及其影响因素进行流行病学调查。(2)在该人群中进行血清CEA水平与单核苷酸多态性(SNP)位点的定量全基因组关联分析。(3)分析影响该地区散发性结直肠癌患者血清CEA水平的遗传变异及探讨其临床意义。 第一部分 [目的]了解广西防城港地区的汉族成年男性健康人群的血清CEA水平分布及其相关影响因素。 [材料与方法]我们对来自广西防城港地区汉族人群的2,022名男性健康成人进行外周静脉血血清CEA水平的检测。对该研究人群进行身体健康检查以排除患病人群；相关问卷调查以了解个体生活环境的差异并将其作为相关影响因素进行分析。研究人群的血清CEA水平值进行正态性转换。单因素分析比较各影响因素对血清CEA水平的影响；利用多元线性回归模型分析血清CEA水平与这些影响因素之间的关系；并对各个因素作出评价。统计学软件为SPSS17.0。 [结果]广西防城港地区汉族成年健康男性(17-68岁)的血清CEA水平均数为2.505±1.682(ng/mL)；CEA水平分布范围为(0.239～26.69ng/mL)；其分布呈偏态分布。单因素分析的结果提示：年龄,吸烟及吸烟量,饮酒,肥胖(BMI28)均为影响该人群血清CEA水平的相关因素。各年龄组间血清CEA水平差异有统计学意义(p0.001)；年龄大于60岁组中CEA水平最高1.45±0.26ng/ml。吸烟组与非吸烟组间的差异有统计学意义p0.001；在吸烟者中按总吸烟量(年包数)进行分组后比较血清CEA水平的差异；重度吸烟组的CEA水平最高1.44±0.25ng/ml,其差异有统计学意义p0.001。 BMI各组的CEA水平差异有统计学意义(p=0.034)。乙型病毒性肝炎的感染不是影响血清CEA水平的因素(p=0.175)。通过多元线性回归模型分析,进入模型的自变量包括吸烟(吸烟总量)、肥胖(BMI)、饮酒；其中吸烟量对血清CEA水平的影响在上述影响因素中最大,其相关系数(校正后)为0.175,p0.001。肥胖与正常人群的血清CEA水平呈负相关(B=-0.05；p=0.006)。上述影响因素的R2(调整后)为0.07。 [结论]通过大规模流行病学调查取得防城港地区男性汉族健康人群的血清CEA水平分布数据。其单因素分析的结果提示：年龄,吸烟及吸烟量,饮酒,肥胖(BMI)均为影响该人群血清CEA水平的相关因素；多因素分析提示总吸烟量及年龄是影响CEA水平的重要因素。相关影响因素对正常人群CEA水平差异的影响较小。 第二部分 [目的]对广西防城港地区男性汉族健康人群进行血清CEA水平与单核苷酸多态性(SNP)位点的定量全基因组关联分析(GWAS);了解影响该人群血清CEA水平的遗传变异因素。 [材料与方法]采集研究人群的外周静脉血检测血清CEA水平及提取DNA样本。利用高通量的基因分型技术The Illumina Omini1全基因组SNP分型芯片对上述研究人群的DNA样本(n=2,018)进行SNP分型。满足分型质量控制标准的入组人群(n=1,999)进行血清CEA水平与SNP分型成功位点(n=709,211)在多元线性回归模型中进行关联分析；样本血清CEA值在关联分析中按校正年龄,BMI及吸烟量进行校正。全基因组关联分析统计学检验显著性水平经Boferroni校正后统计检验标准为1E-7。基因分型的质量控制标准：Hardy-Weinberg Equilibrium(HWE)test p0.001；最小等位基因频率0.01；基因分型成功率0.95。相关位点及其所在基因进行生物信息学功能分析及预测,所用分析软件为DAVID6.7.通过与ABO血型各等位基因(A1,A2,B,O)相关SNP(rs507666,rs8176704, rs687289.与rs8176746)对研究人群进行ABO血型进行等位基因分型并比较各组血清CEA水平。关联分析所用软件为PLINK v1.06. [结果]通过GWAS发现25个SNP位点达到全基因组关联分析统计学检验显著性(1E-7)。这些位点主要位于ABO基因(rs8176741；rs8176746； rs8176722； rs8176743； rs8176749； rs507666Ts7873522;176720；rs8176725)；FUT2_基因(rs1047781)；FUT6基因(rs3760775,rs778805,rs778809)；CA11基因(rs11880333)；RPL18基因(rs2292324)；SULT2B1基因(rs3786749)；FAM3B基因(rs441810)；FAM83E基因(rs433852)。基因集功能富集分析结果提示相关基因(ABO基因与在FUT1,2基因)位于鞘糖脂合成通路。ABO各等位基因型携带者间的血清CEA水平存在差异(BBBO; AAAO; BOAB)。 [结论]我们发现影响血清CEA水平的相关SNP位点及其所在基因。与ABO血型的等位基因相关位点的多态性影响血清CEA水平；提示ABO血型的等位基因型与血清CEA水平可能存在相关性。 第三部分 [目的]分析影响广西地区散发性结直肠癌患者血清CEA水平的遗传变异因素；探讨该遗传变异与广西地区散发性结直肠患者临床表现的关系。 [材料与方法]收集194例在广西医科大学第一附属医院住院并手术的散发性结肠癌患者进行血清CEA水平检测及DNA标本采集。相关临床数据通过完整住院记录及复诊、随访资料提供。切除组织病理经该院病理科经两名资深病理科医生共同诊断。根据全基因组关联分析的统计学显著性水平及ABO血型相关基因位点原则挑选候选SNP。 DNA标本的相关SNP等位基因分型采用实时荧光定量PCR法；分型探针采用TaqMan-MGB双等位基因分型探针。单因素分析影响术前CEA水平的因素采用非参数法；比较各因素对淋巴结转移及术后肿瘤复发的影响采用Logistic回归分析。Kaplan-Meier法用于比较各影响因素组之间的无瘤生存时间。统计学软件为SPSS17.0。 [结果]194例散发性结直肠癌患者术后病理诊断为腺癌。淋巴结转移与远处转移是术前CEA水平差异的影响因素(5.36vs3.41ng/ml, p=0.011;11.87vs3.60ng/ml,p=0.033).淋巴结转移组术后无瘤生存时间的差异有统计学意义(p=0.021).Logistic回归分析提示淋巴结转移是影响术后肿瘤复发的风险因素(OR:3.517；95%C.I:1.437-8.607；p=0.006).在排除肿瘤转移的影响后,对各候选SNP的等位基因型术前CEA水平的差异分析结果提示rs107781(A/T)位点的等位基因型与术前CEA水平相关(AA:1.725,AT:3.49,TT:4.1lng/ml；p=0.009)。在不同淋巴结转移状态下,rs1047781各等位基因型组的术后无瘤生存时间差异无统计学意义：在伴有淋巴结转移病人中,AAvs AT:p=0.146；AA vs TT:p=0.173；AT vs TT:p:0.956；无淋巴结转移病人中,AA vs AT:p:0.823；AA vs TT:p=0.389；AT vs TT:p=0.254).分别以rs1047781的3个等位基因型作为遗传背景下,分析病人的不同淋巴结转移状态对术后无瘤生存时间的影响；结果提示AA基因型中两组差异无统计学意义(p=0.981)；AT及TT基因型组中两组差异有统计学意义(p=0.037；p=0.029).rs3760775(G/T)各等位基因组的发病部位的差异有统计学意义(X2=18.584,p=0.017). rs2071699(A/G),各等位基因组(AA,AG,GG)的发病部位(升结肠)的差异有统计学意义(X2=16.254,p=0.039).rs441810(A/G)各等位基因组的发病部位差异有统计学意义(χ2=144.123,p0.001);其大体病理表现的差异有统计学意义(X2=9.304,p=0.050).rs8176746的等位基因型组间(AA,AG,GG)的区域淋巴结转移发生率的差异有统计学意义(AA vs GG:27.4%vs1.1%；X2=7.609,p=0.022). [结论]rs1047781位点的等位基因多态性与广西地区散发性结直肠癌患者术前CEA水平差异相关；该结果与正常人群的GWAS结果一致。该位点的等位基因多态性是影响人群CEA水平的遗传变异因素之一。通过与无淋巴结转移的病人比较,结果提示rs1047781等位基因T可能与该地区伴有淋巴结转移的散发性结直肠癌术后早期复发有关。rs441810多态性与散发性结直肠癌大体病理分型相关,等位基因A基因型是溃疡型肿瘤风险因素；其等位基因A与升结肠癌发病相关。rs8176746多态性与CRC术前淋巴结转移发生率相关,等位基因A是淋巴结转移的风险因素。
【关键词】：癌胚抗原 多因素分析 遗传变异 全基因组关联分析
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R181.3
【目录】：

• 中英文缩略词表4-5
• 中文摘要5-11
• ABSTRACT11-17
• 第一部分 广西防城港地区健康成年男性的血清CEA水平及其影响因素的流行病学调查17-34
• 前言17-19
• 材料与方法19-20
• 结果20-26
• 讨论26-28
• 第一部分总结28-29
• References29-34
• 第二部分：广西防城港地区汉族成年男性人群血清CEA水平与SNP的全基因组关联分析34-59
• 前言34-36
• 材料与方法36-39
• 结果39-46
• 讨论46-52
• 第二部分总结52-53
• References53-59
• 第三部分 广西地区人群中影响血清CEA水平的相关遗传变异及其临床意义59-99
• 前言59-61
• 材料与方法61-67
• 结果67-84
• 讨论84-90
• 第三部分总结90-92
• References92-99
• 综述99-125
• References115-125
• 致谢125-126
• 附录126-132

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