染色体10q11区域与中国人群前列腺癌易感性的“精细定位”研究和功能分析

发布时间：2018-03-20 18:59

  本文选题：前列腺癌　切入点：染色体　出处：《复旦大学》2014年博士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：第一部分：染色体10q11区域与中国人群前列腺癌易感性的“精细定位”研究[背景]：目前已有20多个GWAS (Genome-wide association studies,全基因组相关联研究)在16条染色体上发现了70多个与前列腺癌遗传易感性相关的SNPs (Single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性),这其中包括由三项GWAS在10q11区域发现的rs10993994位点。由于目前大多数GWAS发现的易感SNPs与前列腺癌发病的真正机制尚不清楚,导致GWAS的研究成果向临床获益转化时遇到诸多困难。一般而言,要研究GWAS发现的某一SNP在前列腺癌发生发展中的机制需要两步,第一步是对该SNP所在区域进行“精细定位(fine mapping)"研究,目的是为了排除连锁不平衡的干扰,找出目标区域真正影响前列腺癌发病风险的SNP；第二步是依据SNPs所在基因组的位置信息和前后背景进行功能分析。[目的]：本部分在中国人群中对染色体10q11区域进行“精细定位”研究,找出该区域中真正影响到前列腺癌发病风险的位点。[方法]：我们利用ChinaPCa (Chinese Consortium for Prostate Cancer Genetics,中国前列腺癌遗传学协作组)从多个中心收集到的1755例前列腺癌患者和1523例健康对照个体的血液样本进行此项研究。从HapMap II期中国人群的数据库中,在chr10:51194000-51259000的65kb范围内,按照r2≥0.8,最小等位基因频率≥0.05的标准进行SNPs筛选,共选取12个SNPs位点：在dbSNPs数据库中进行补充,通过对MSMB (Microseminoprotein beta,微精液蛋白p)基因和NCOA4 (Nuclear receptor coactivator 4,细胞核受体辅激活物4)基因(10q11区域的两个基因)潜在功能区域的SNPs分析后,再选出3个SNPs(其中2个与上述12个重复,总共13个)。利用Sequenom基因分型技术平台对样本的DNA中的13个SNPs进行基因分型。最后用卡方检验统计分析各位点与前列腺癌遗传易感性的关系。[结果]13个SNPs中有一个位点(rs4630240)在基因分型中应答失败,其余的12个SNPs的应答率在98.3%-99.5%之间,应答反应良好。在P0.01的水平上,健康对照组所有的12个SNPs的基因型频率都符合哈代-温伯格平衡。12个SNPs中有3个与前列腺癌的发病风险相关(P0.05),分别是rs10993994(风险等位基因为T,P=0.012,OR=1.14)、rs10821609(风险等位基因为T,P=0.030,OR=1.15)、rs10821610(风险等位基因为G, P=0.008, OR=1.16);经过年龄校正后仍是上述三个SNPs与前列腺癌发病风险相关(P值分别为0.011、0.028、0.009)。计算三者之间的r2值分别为：0.18 (rs10993994 vs rs10821609)、0.05 (rs10993994 vs rs10821610)和0.44 (rs10821609 vs rs10821610)。通过条件logistic回归模型,调整去除其中一个SNP对另外两个SNPs的影响后发现,在P0.05的水平上,只有rs10821610在去除rs10993994的影响后仍然与前列腺癌的发病风险相关(P=O.03)。[结论]染色体10q11区域中的rs10993994、rs10821609和rs10821610与中国人群前列腺癌的发病风险相关,其中rs10821610最为显著；rs10993994和rs10821610之间不存在连锁不平衡,而rs10993994和rs10821609以及rs10821609和rs10821610之间存在着连锁不平衡,但连锁的程度较轻；这三个SNPs可能并非独立参与到前列腺癌的发病,而是相互影响共同参与到前列腺癌的发病,相互影响的原因可能是连锁不平衡,也可能是其他原因。第二部分 rs10993994对前列腺癌细胞MSMB基因启动子活性的影响[背景]：染色体10q11区域的SNP:rs10993994能影响中国及欧美人群前列腺癌的发病风险,该位点位于MSMB (microseminoprotein beta,微精液蛋白β)基因的启动子区域,而MSMB基因及其编码表达的PSP94 (Prostatic secretary protein 94,前列腺分泌蛋白94)异常与前列腺癌的发生发展相关。[目的]：本部分将探讨rs10993994对前列腺癌细胞MSMB基因启动子活性的影响。[方法]：化学合成MSMB基因的启动子序列(MSMB转录起始点上游299bp至下游36bp),根据位于序列中间的SNP rs10993994有两种等位基因(T/C)可能,合成两条启动子MSMB promoter-T和MSMB promoter-Co将两条启动子通过酶切的方法导入荧光素酶报告基因载体(pGL3-basic vectors)中,筛选阳性克隆后,将携带启动子的质粒转染入前列腺癌细胞PC-3和LNCaP中,培养48小时后通过荧光检测仪来检测重组质粒中启动子启动转录的活性。[结果]：成功合成两条启动子MSMB promoter-T和MSMB promoter-C,并分别将其与荧光素酶报告基因载体重组,形成重组质粒pGL3-MSMB promoter-T和pGL3-MSMB promoter-C。在前列腺癌细胞PC-3中,重组质粒MSMB promoter-C组的相对荧光度为2.27±0.39,显著高于重组质粒MSMB promoter-T组(0.57±0.13)(P0.05)；在前列腺癌细胞LNCaP中,重组质粒MSMB promoter-C组的相对荧光度为1.70±0.32,显著高于重组质粒MSMB promoter-T组(0.37±0.09)(P0.05)。[结论]：在前列腺细胞中重组质粒pGL3-MSMB promoter-C的转录活性要强于重组质粒pGL3-MSMB promoter-T的转录活性。Rs10993994可以影响到MSMB启动子启动转录的活性,rs10993994位点上的等位基因胞嘧啶(C)较胸腺嘧啶(T)更能促使MSMB基因转录。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：复旦大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R737.25

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本文编号：1640387