伪基因和LncRNA在肾透明细胞癌中作为非侵入性生物标记物的初步探讨

发布时间：2020-05-19 13:26

【摘要】：目的:初步探讨伪基因和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)作为肾透明细胞癌非侵入性生物标记物的可行性。方法:结合本课题组前期研究,并在查阅相关文献后,我们选取了8个LncRNA和10个伪基因,使用肾透明细胞癌患者和健康成年人血浆对其表达差异进行了初步检验,这些具体步骤包括提取血浆总RNA、反转录为cDNA、以及使用5sRNA为内参,进行实时荧光定量PCR检验等。经过初步检验后,我们进一步获得了在肾透明细胞癌患者和健康成年人之间血浆中表达差异较为显著的1个LncRNA和4个伪基因。随后,我们采用了较大的样本量并使用类似方法进行验证和筛选,其中包括了55个肾透明细胞癌患者以及26位健康成年人的血浆样本,以初步判断其作为肾透明细胞癌诊断性非侵入性生物标记物的潜能。最后,对筛选出的LncRNA和伪基因进行了在线样本分析,以判断其与预后的显著相关性,探究其作为肾癌预后非侵入性生物标记物的潜能及其影响肾癌发生、发展的可能机制。结果:对于被选出的部分LncRNA和伪基因,我们采集了肾透明细胞癌患者和健康成年人的血样对其表达水平进行了初步检测。结果发现样本中伪基因PLEKHA8P1、CXCR2P1、KLRAP1、PDXDC2P、FER1L4和LncRNA TLX1NB、LINC00482、DIO3OS表达水平改变较为一致且较为显著。随后,在使用更大的样本容量进行实时荧光定量PCR验证后,我们发现伪基因CXCR2P1(RQ=2.017,p=0.016)、KLRAP1(RQ=3.152,p=0.010)、PLEKHA8P1(RQ=2.782,p=0.014)、PDXDC2P(RQ=2.625,p=0.029)以及LncRNA TLX1NB(RQ=1.904,p=0.013)在肾透明细胞癌患者血浆中的表达水平上升均较为显著,且差异具有统计学意义。最后,经生物信息学分析,我们发现伪基因CXCR2P1、KLRAP1、PLEKHA8P1以及LncRNA TLX1NB与肾透明细胞癌患者预后相关。结论:1.成功创建并验证了在血浆中提取LncRNA和伪基因,直至进行实时荧光定量PCR检测其表达水平的体系。2.血浆伪基因CXCR2P1、KLRAP1、PLEKHA8P、PDXDC2P以及LncRNA TLX1NB可能成为肾透明细胞癌的诊断性非侵入性生物标记物。3.血浆伪基因CXCR2P1、KLRAP1、PLEKHA8P以及LncRNA TLX1NB可能成为肾透明细胞癌预后的非侵入性生物标记物。
【图文】：

扩增曲线,实时荧光定量PCR,伪基,肾透明细胞癌

图 1.1 实时荧光定量 PCR 扩增曲线Fig1.1 Real-time Quantitative PCR amplification curve3.3 血浆中 LncRNA 和伪基因差异表达分析我们已通过前期研究筛选出一些在肾透明细胞癌癌组织中与预后显著相关的 LncRNA 和伪基因。而本章节研究中，我们试图探寻肾透明细胞癌患者血浆中这些 LncRNA 和伪基因的表达与健康成年人相比是否会出现异常。本章节研究中，我们使用 5sRNA 为内参，初步分析了 2 位健康成年人和 2 位肾透明细胞癌血浆中部分 LncRNA 和伪基因的表达水平差异。这 10 个伪基因包括：PLEKHA8P1、OR2A9P、CXCR2P1、KLRAP1、PDXDC2P、SPACA6P、RNF216P、CFL1P1、FER1L4、PIPSL，，而 8 个 LncRNA 为 TLX1NB、LINC00482、DIO3OS、HAR1A、LINC00623、LINC001565、FAM225B、CDKN2A-AS1。在经实时荧光

肾透明细胞癌,血浆,患者

22图 1.3 肾透明细胞癌患者与健康成年人血浆中的 LncRNA 表达情况差异Fig1.3 Differences in the expression level of LncRNAs in plasma between ccRCC patientsand healthy adults（注：图 a：DIO3OS;图 b：LINC00482;图 c：TLX1NB；Normal：健康成年人组；ccRCC：肾透明细胞癌患者组）
【学位授予单位】：江苏大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R737.11

【参考文献】