基于全转录组与外显子高通量测序探讨肉瘤样肾细胞癌肉瘤样成分发生机制的研究

发布时间：2020-07-08 11:38

【摘要】：目的通过全转录组测序和外显子测序分析肉瘤样肾细胞癌(sarcomatoid renal cell carcinoma,SRCC)组织中癌和肉瘤样成分的基因改变特点;扩大样本量验证SRCC和透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,CCRCC)组织中钙黏蛋白23(CDH23)基因rs3802711位点序列信息,并检测CDH23蛋白在SRCC和CCRCC组织中的表达差异及与临床病理特征的关系。方法1、收集5例肉瘤样肾细胞癌组织,每例分为癌组织和肉瘤组织2组,对5例SRCC的癌和肉瘤样成分进行全转录组与外显子高通量测序。2、根据全外显子测序结果筛选出SRCC高突变频率SNP位点,选择CDH23 rs3802711突变基因型进行验证,选取40例SRCC和50例CCRCC组织进行Sanger测序,同时进行免疫组织化学检测CDH23蛋白表达。统计分析CDH23rs3802711突变基因型和CDH23蛋白在SRCC与CCRCC中的差异及与肾癌临床病理特征和预后的关系。结果1、全转录组测序结果:发掘新基因582个,其中283个基因得到功能注释。通过筛选差异表达基因发现,同时在4组及以上的肉瘤组织中下调的表达的基因有15个。2、全外显子测序结果:筛选5组SRCC中的体细胞突变,其中存在于1个样本以上的肉瘤样组织、癌组织的体细胞突变分别为455个和346个,同时在癌和肉瘤中存在的体细胞突变为1198个;两种成分拥有37.1%-61.6%的相同体细胞突变。同时在3组以上癌组织外显子区域错义突变位点13个;同时在3组以上肉瘤样组织外显子区域错义突变位点8个。在5组SRCC标本中,CDH23 rs3802711突变基因型同时存在于3组肉瘤样组织和2组癌组织中。3、Sanger测序结果:40例SRCC中22例存在CDH23 rs3802711突变基因型,其中正常肾组织、癌和肉瘤组织具有相同突变基因型,50例CCRCC中仅有10例存在CDH23 rs3802711突变基因型,其中正常肾组织和癌组织具有相同突变基因型,40例SRCC和50例CCRCC组织之间具有显著统计学差异(χ2=11.88,P=0.001);在SRCC组织中,rs3802711突变基因型与患者性别、年龄、肿瘤大小、远处转移、TNM分期及预后均无明显相关性。Kaplan-Meier生存分析结果表明,40例SRCC和50例CCRCC组织中,突变基因型、组织学类型、远处转移、TNM分期与患者术后总体生存期显著相关(P0.001);Cox多因素回归分析表明,突变基因型、肿瘤直径是影响肾癌患者术后总体生存期的独立预后因素(P0.001)。4、免疫组织化学结果:CDH23蛋白在40例SRCC中多呈阴性或低表达,癌组织和肉瘤样组织表达一致,其阳性表达率为42.5%(17/40);在50例CCRCC中多呈强阳性表达,其阳性表达率为76%(38/50)(χ2=10.494,P0.001)。在SRCC组织中,CDH23蛋白表达与患者性别、年龄、肿瘤直径、远处转移、TNM分期等临床病理特征均无显著相关性。40例SRCC和50例CCRCC组织中,CDH23 rs3802711突变基因型与CDH23蛋白表达具有相关性(r=0.59,P=0.000)。结论SRCC中癌和肉瘤样组织在转录组水平及外显子水平均存在基因差异,但是癌和肉瘤样组织拥有大部分相同的体细胞突变,表明肉瘤组织与癌组织可能起源于共同的前体细胞;多数SRCC组织中存在CDH23 rs3802711突变基因型,CDH23基因突变导致CDH23蛋白异常表达,可能进一步导致肾细胞癌发生上皮间质转化,癌细胞向肉瘤样细胞分化,CDH23 rs3802711突变基因型可能是肾细胞癌发生肉瘤样分化的关键基因。
【学位授予单位】：青岛大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R737.11

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本文编号：2746487