UNC5D的系统生物信息学分析及其在肾癌生物学行为预测中的应用

发布时间：2020-11-05 08:29

　　 目的:对UNC5D基因进行基因结构分析,保守性分析,转录调控分析,表观遗传分析,临床相关数据计算及其在肾癌中的共表达基因信号通路富集分析,为研究UNC5D在癌症中检测及治疗提供参考。方法:通过UCSC基因组浏览器、ECR browser、MethPrimer、JASPAR、TCGA、starbase、cBioPortal、DAVID及KEGG等公共数据库和在线工具分析软件对UNC5D序列,转录调控,表观遗传,临床表达进行整体分析,并通过TCGA数据库利用SPSS软件具体分析了肾透明细胞癌患者中UNC5D对临床患者生存及分期分级,通过Cbioportal寻找UNC5D在肾透明细胞癌中的共表达基因,对预测的基因集进行信号通路富集分析,预测UNC5D可能存在的下游信号通路。结果:研究表明,人UNC5D基因定位于8p12,其上下游邻近多个肿瘤抑制相关基因。UNC5D基因序列在哺乳动物中高度保守,其多个转录本可能翻译出不同蛋白。UNC5D基因主要表达于成人神经系统和泌尿生殖系统,且在多种肿瘤中表达呈明显下降趋势,其表达量的下降可能与启动子区的高甲基化水平有关。UNC5D的表达量差异对肾癌患者生存存在显著影响,同时在临床相关参数中存在显著差异。肾癌中UNC5D共表达基因集的信号通路主要富集在代谢及炎症相关通路上。结论:UNC5D可能在多种癌症中尤其是肾癌中作为肿瘤抑制因子行使其生物学功能。
【学位单位】：中国医科大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：R737.11
【部分图文】：

图 1 UNC5D 上下游相邻基因示意图及对肿瘤相关基因标注3.2 基因保守性分析ECR browser 的在线分析显示，UNC5D 基因在哺乳动物中包括小鼠，狗及恒河猴中的全基因保守性较高，均高于百分之五十,而在低等动物中全基因保守性大部分低于百分之五十。（见图 2）

图 1 UNC5D 上下游相邻基因示意图及对肿瘤相关基因标注3.2 基因保守性分析ECR browser 的在线分析显示，UNC5D 基因在哺乳动物中包括小鼠，狗及恒河猴中的全基因保守性较高，均高于百分之五十,而在低等动物中全基因保守性大部分低于百分之五十。（见图 2）

6图 3 纵向对比 UNC5D 核心转录区甲基化水平，正负表观遗传信号水平，转录因子结合位点信号及预测，保守性分析3.4 基因变构体分析根据转录本结构与蛋白结构及检测分析显示，UNC5D 基因的 7 个转录本有 6个经检测可以翻译出蛋白。其中转录本 1 和转录本 2 翻译的蛋白结构域和长度基本相似，长度分别为 953 个氨基酸和 948 个氨基酸，有完整的免疫球蛋白结构域、两个血小板反应蛋白类结构域重复、ZU5 结构域和死亡结构域。转录本 3（H7BXJ2）、转录本 4（C9J2B6）、转录本 5（C9J1I0）翻译的蛋白，均缺少血小板反应蛋白类结构域，长度分别为 884 个氨基酸、958 个氨基酸和 886 个氨基酸。转录本 7
【参考文献】

相关期刊论文 前1条

1 马伟杰;张君;;肾癌相关抑癌基因[J];中国肿瘤生物治疗杂志;2014年03期

本文编号：2871386