激素敏感与去势抵抗性前列腺癌的生物信息学分析

发布时间：2020-12-26 15:05

　　研究背景:随着二代测序技术的兴起及各项基因组计划的制定与完成,基因组数据呈现迅速增长的趋势。生物信息挖掘将统计学与基因组学及临床信息联系起来,从海量的信息中筛选出最有意义的基因及通路,从而成为学者们的一大利器。而前列腺癌作为男性排名第二位的恶性肿瘤,极大的危害着男性患者的健康。除了手术外,内分泌治疗及化疗也是前列腺癌治疗的重要手段。但是在临床工作中,我们发现有部分患者的内分泌治疗效果不佳,疾病进展较快,对于这类患者,及时的鉴别诊断至关重要。但是就目前的检验方法而言,仍无法对这类患者进行辨别。所以我们使用生物信息挖掘技术来分析基因组数据,探索有效的生物标记物来辨别这类上述患者,并对其深入挖掘,包括其下游通路及靶基因,调控差异基因的miRNA等,为基础研究提供一条切实可行的研究方向。研究方法:我们从TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载所有前列腺癌患者的临床信息及RNA测序数据。然后使用Perl语言和R 3.4.3语言对数据进行处理找出差异基因(Fold change>2且P<0.05)。最后运用cBioPortal(http://w... 

【文章来源】：南方医科大学广东省

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

差异基因火山图

HOXDS基因的生存分析曲线

?颂士学位论文???４．５差异基因的基本信息??为了了解ＳＣＵＢＥ３和Ｈ０ＸＤ８这两个基因在各个组织中的基本信息，我们??在ＵＣＳＣ?（ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／）对其进行检索，得知ＳＣＵＢＥ３位于６号染色体，??长３６４２０个碱基对，其编码产物是一种转录因子，通过作用于ＴＧＦＢ通路来发??挥作用。而ＨＯＸＤ８位于２号染色体，长２９５６个碱基对，其编码的产物也是一??种转录因子，调控细胞的生长、发育。另外，我们还得知这２个基因在各个组织??中的表达情况，如图４－５和４－６：??ＳＣＵＢＥ３?Ｇｅｎｅ?Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｆｒｏｍ?ＧＴＥｘ?（Ｒｅｌｅａｓｅ?Ｖ６?）??

【参考文献】：
期刊论文
[1]HOX基因的受体信号改变在肿瘤中作用的研究进展[J]. 刘梦玲,查运红.  广东医学. 2014(21)
[2]HOX基因在肿瘤发生发展过程中的作用[J]. 牛苗苗,战军,张宏权.  解剖学报. 2014(03)
[3]Immunocytochemical detection of HoxD9 and Pbx1 homeodomain protein expression in Chinese esophageal squamous cell carcinomas[J]. De-Bin Liu, Zhen-Dong Gu, Hong Liu, Department of Thoracic Surgery, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital, Beijing Institute for Cancer Research, Beijing 100036, China Xiao-Zhe Cao, Department of Pathology, Lanzhou General Hospital of PLA, Lanzhou 730030, Gansu Province, China Ji-You Li, Department of Pathology, Peking University School of Oncology, Beijing Cancer Hospital, Beijing Institute for Cancer Research, Beijing 100036, China.  World Journal of Gastroenterology. 2005(10)



本文编号：2939932