含有前列腺癌风险性SNPrs1741708的潜在增强子座位在前列腺癌中功能与机制的研究

发布时间：2021-07-22 02:14

　　前列腺癌（Prostate Cancer,PCa）是老年男性最常见的恶性肿瘤之一.全基因组关联研究（Genome wide Association Studies,GWAS）发现SNP（Single Nucleotide Polymorphism）位点rs1741708与前列腺癌高风险性相关.表观遗传学标志物和荧光素酶报告子研究证实含有该风险性位点的染色体区段是等位基因特异性的增强子元件.敲除风险性增强子会导致细胞迁移能力减弱.利用Capture-C揭示该增强子在全基因组范围内的互作基因座位,结合风险性增强子敲除后基因表达的改变,鉴定出一些该增强子的直接靶基因.初步的Rescue研究发现,在敲除细胞中过表达靶基因IKZF3后,细胞迁移能力得到部分恢复,提示IKZF3是含有SNP rs1741708的风险性增强子影响肿瘤恶性进展的下游靶基因之一. 

【文章来源】：南开大学学报(自然科学版). 2020,53(01)北大核心CSCD

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【部分图文】：

在22rv1细胞系中,含有SNP rs11741708的染色体座位是一个风险性的增强子

在22RV1细胞中进行的Capture-C实验发现,在全基因组范围内有711个染色体座位与含有风险性SNPrs1741708的增强子相互作用,其中688个位点与该风险性增强子位于同一条染色体——20号染色体,另外有23个位点位于其它染色体上(图3A).通过生物信息学方法对这些与风险性增强子相互作用位点进行基因的注释,选取启动子元件位于相互作用位点上下游2 kb范围内基因,作为为该风险性增强子直接调控的候选基因.采用RT-q PCR检测发现,多个候选基因在双敲细胞中表达水平下调(图3B),如DOCK8(9p24.3),BCAS1(20q13.2,距风险性增强子10 mb),PMEPA1(20q13.31,距风险性增强子6 mb),SRC(20q11.23,距风险性增强子26 mb)等,其中IKZF3(17q12-q21.1)基因的表达下调最明显.图3 与风险性增强子相互作用的染色体座位以及候选靶基因在增强子敲除细胞系中的表达

与风险性增强子相互作用的染色体座位以及候选靶基因在增强子敲除细胞系中的表达


本文编号：3296236