LncRNA在前列腺增生性炎性萎缩向前列腺癌恶性转化过程中差异表达的初步研究

发布时间：2017-05-18 11:14

  本文关键词：LncRNA在前列腺增生性炎性萎缩向前列腺癌恶性转化过程中差异表达的初步研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的:利用微阵列基因芯片技术检测前列腺癌(PCa)、前列腺增生性炎性萎缩(PIA)和癌旁非癌组织中差异表达的m RNA和lnc RNA。观察前列腺恶性转化过程中基因表达的动态变化,进而发现可能存在的前列腺非可控性炎症至恶性癌变过程中的特征分子网络,为PIA→PCa发病模式提供分子层面的新证据,以期为临床前列腺癌的预防、诊疗,以及发病机制提供新理论及新方案。方法:收集2013年8月至2014年8月我院前列腺切除术后临床组织标本共20例,通过改进标本获取方式,运输途径,破碎方法三方面因素,建立从离体组织标本提取高质量总RNA的方法。随后在此方法基础上,通过冰冻切片结合手工显微切割技术在同一前列腺组织标本中分离出PCa、PIA及癌旁非癌组织各区域的纯净细胞群。采用lnc RNA+m RNA表达谱芯片分析三者间的基因表达差异(生物学重复3次),通过生物信息学的方法筛选出具有显著表达差异的m RNA和lnc RNA,并对结果进行Pathway分析等初步的生物信息学分析,反向Cis-预测lnc RNA的靶基因,在发生显著变化的炎症和/或癌症通路上建立lnc RNA与靶基因的基因网络图。结果:1.前列腺癌根治术后获取的离体组织标本,在30min内放入液氮冻存,经液氮研磨或冰冻切片均可以提取到高质量的总RNA(RIN7.5)。2.手工显微切割获取的组织,可通过Trizol法提取到满足高通量微阵列技术要求的高质量RNA,但HE染色会降低RNA的完整性。3.基因表达谱芯片的结果显示:人前列腺癌组织与癌旁非癌组织对照相比,有2610个m RNA表达有差异,其中上调689个,下调1921个;同时有2176个lnc RNA表达有差异,其中上调688个,下调1488个。人前列腺增生性炎性萎缩组织与癌旁非癌组织相比,有592个m RNA表达有差异,其中上调183个,下调409个;同时有575个lnc RNA表达有差异,其中上调160个,下调415个。人前列腺癌组织与前列腺增生性炎性萎缩组织相比,有1007个m RNA表达有差异,其中上调115个,下调892个;有773个lnc RNA表达有差异,其中上调105个,下调668个。在3种组织类型的共同比较中,有113个m RNA的表达存在显著线性差异,其中上调8个,下调105个;有106个lnc RNA的表达也存在显著线性差异,其中上调11个,下调95个。4.Pathway分析显示,差异基因显著富集在了22条信号通路上,其中有9条通路与炎症和/或癌症密切相关,这些通路在疾病的进展中发生了显著的变化。结论:1.冰冻切片并HE染色结合“排除法”手工显微切割技术,可经济、有效地鉴定分离出目的细胞亚群,且通过Trizol法提取的总RNA能够满足高通量微阵列技术的质量要求。2.基因表达谱芯片是一种高通量筛选m RNA和lnc RNA表达差异的理想的技术手段。3.人前列腺癌组织,前列腺增生性炎性萎缩组织与癌旁非癌组织,三者在基因表达层面均存在显著差异。众多的差异分子发生交互作用,并与多种炎症和/或癌症相关的信号转导通路紧密相连,预示着lnc RNA很可能在非可控性炎症介导的恶性转化中起着重要作用。lnc RNA可能成为前列腺癌全新的肿瘤标记物和潜在的治疗靶点。
【关键词】：前列腺癌 前列腺增生性炎性萎缩 炎症 基因芯片 长链非编码RNA
【学位授予单位】：南昌大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R737.25
【目录】：

• 摘要3-5
• ABSTRACT5-11
• 第1章 引言11-14
• 第2章 材料和方法14-23
• 2.1 实验材料14
• 2.1.1 组织标本14
• 2.2 主要仪器和试剂14-16
• 2.2.1 主要仪器14-15
• 2.2.2 主要试剂15-16
• 2.3 研究方法16-22
• 2.3.1 高质量总RNA的提取16-17
• 2.3.1.1 实验分组16
• 2.3.1.2 实验器皿及试剂准备16
• 2.3.1.3 前列腺组织标本的取材16
• 2.3.1.4 总RNA提取16-17
• 2.3.1.5 RNA浓度、纯度及完整性检测17
• 2.3.2 PCa/PIA的鉴定及分离17-20
• 2.3.2.1 冰冻切片并H&E染色17-18
• 2.3.2.2 标本的病理观察及PCa/PIA的诊断18-19
• 2.3.2.3 手工显微切割分离PIA/PCa及癌旁非癌组织19
• 2.3.2.4 提取均一的总RNA19-20
• 2.3.3 基因表达分析20-22
• 2.3.3.1 芯片制备20-21
• 2.3.3.2 芯片数据分析21-22
• 2.4 统计分析22-23
• 第3章 结果23-37
• 3.1 RNA质量控制23-26
• 3.1.1 大体观察结果23
• 3.1.2 紫外分光光度计扫描结果23
• 3.1.3 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳结果23-24
• 3.1.4 Agilent 2100样品质检结果24-26
• 3.2 镜下组织学表现26-29
• 3.2.1 正常前列腺上皮的镜下表现26-27
• 3.2.2 PIA组织的病理表现27-28
• 3.2.3 PCa组织的病理表现28-29
• 3.3 芯片结果29-37
• 3.3.1 基因表达谱杂交图29-30
• 3.3.2 基因表达谱散点图30-31
• 3.3.3 基因表达差异31-32
• 3.3.4 聚类分析32
• 3.3.5 KEGG分析32-34
• 3.3.6 以m RNA为入口的反向lnc RNA预测34-36
• 3.3.7 选取基因36-37
• 第4章 讨论37-42
• 4.1 炎症、PIA和PCa三者间的关系37-38
• 4.2 高通量微阵列技术的应用38-39
• 4.3 芯片结果和肿瘤的关系39-42
• 第5章 结论42-43
• 致谢43-44
• 参考文献44-49
• 攻读学位期间的研究成果49-50
• 综述50-56
• 参考文献54-56

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 YANG Li;WEI Gang;TANG Kun;NARDINI Christine;HAN Jing-Dong J.;;Understanding human diseases with high-throughput quantitative measurement and analysis of molecular signatures[J];Science China(Life Sciences);2013年03期

2 韩苏军;张思维;陈万青;李长岭;;中国前列腺癌死亡现状及流行趋势分析[J];中华泌尿外科杂志;2012年11期

3 孙颖浩;;前列腺癌诊治进展[J];上海医学;2011年07期

中国硕士学位论文全文数据库 前1条

1 吕骥;PlncRNA-1通过与雄激素受体相互作用调节前列腺癌细胞增殖和凋亡[D];第二军医大学;2012年

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本文编号：375912