前列腺癌甲基化相关基因生物信息筛选和候选基因VWA1甲基化与前列腺癌关系研究

发布时间：2017-05-28 18:08

  本文关键词：前列腺癌甲基化相关基因生物信息筛选和候选基因VWA1甲基化与前列腺癌关系研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的：本研究旨在通过生物信息学方法挖掘与前列腺癌甲基化相关的基因并探讨候选基因VWA1的甲基化状态与前列腺癌的关系。方法：本研究采用生物信息学数据挖掘的方法对NCBI/GEO公共数据库的数据集进行分析并找到与原位前列腺癌甲基化和转移性前列腺癌甲基化相关的候选基因,并对TCGA数据库的前列腺甲基化数据分析以验证候选基因；用良性前列腺增生和前列腺癌的血液标本提取DNA进行甲基化位点测序检测实验(BSP),检测各样本中VWA1的甲基化比例,并在相同样本的血液样本提取RNA,逆转录为cDNA后进行基因表达实时荧光定量PCR实验,检测VWA1基因的表达量,我们通过定量计算以相对表达量((2-△△Ct)的平均值±标准偏差)来表示基因的表达情况。比较VWA1在同一个样本中启动子序列甲基化与该基因表达的关系,试图在血液中找到新的前列腺癌标记物。使用Excel进行数据存储,R语言3.0.1、SPSS 16.0 for windows软件进行统计分析。结果：1.生物信息学分析结果(1)经筛选7套数据集符合纳入排除标准,被我们纳入研究范围。(2)经过倍数变数法计算和表达数据校正后,与原位前列腺癌相关的候选基因有7个：CELSR2、DNTTIP2、IL12RB2、OMA1、OXCT2、PHC2和VWA1；与转移性前列腺癌相关的候选基因共6个：MYCBP、OMA1、PPT1、PRKACB、ST7L、TMEM39B。上述基因均存在有显著统计学意义的倍数变化值和P值。(3)经表观遗传学数据库对上述13个基因筛选后未进行表观遗传学研究的基因有九个：MYCBP、PPT1、PRKACB、ST7L、TMEM39B. CELSR2、IL12RB2、PHC2和VWA1,经甲基化位点预测发现,PPT1基因潜在甲基化位点有1个,CELSR2基因潜在甲基化位点有5个,IL12RB2基因潜在甲基化位点有1个,VWA1基因潜在甲基化位点有2个。综上所述,经筛选校正和预测后我们发现PPT1与转移性前列腺癌有关,CELSR2, IL12RB2和VWA1与原位前列腺癌有关。2. TCGA数据库验证结果候选基因VWAl甲基化水平具有显著性差异,P值为1.65E-11；对374个原发前列腺癌组织样本和52个前列腺正常组织样本的mRNA表达数据进行差异分析,结果显示VWA1基因的表达量有显著差异,P值为0.032。3.实验验证结果(1)甲基化位点测序实验结果VWA1基因长度为503bp,包含82个CG位点。我们总共对12个样本进行了分析,前列腺癌血液样本中VWAl基因甲基化所占比例较高(均超过50%),良性前列腺增生血液样本中VWAl基因均较低(最高为40.4%)；经t检验分析前列腺癌组与良性前列腺增生组的甲基化比例有统计学差异(P=0.002)。(2)基因表达荧光实时定量PCR实验结果良性前列腺增生组织样本中基因VWAl的表达量均较高,而前列腺癌组织样本中的表达量相对较低；经t检验分析前列腺癌组与良性前列腺增生组基因VWA1的表达有统计学差异(P=0.014)。综合上述两实验结果可知,基因VWAl甲基化所占比例高的样本中该基因表达量相对较低,而VWA1甲基化所占比例低的样本中该基因表达量相对较高；经SPSS软件线性相关分析,VWA1的甲基化状态与该基因的表达量呈负相关,相关系数(Pearson Correlation)为：-0.684(P值为0.014)。因此,从统计学上说VWA1基因的甲基化状态与前列腺癌相关。结论：PPT1与转移性前列腺癌有关,CELSR2, IL12RB2和VWA1与原位前列腺癌有关。VWA1的甲基化状态可能与前列腺癌密切相关。
【关键词】：前列腺癌 甲基化 全基因组 VMA1
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R737.25
【目录】：

• 个人简历3-6
• 中文摘要6-9
• 英文摘要9-12
• 前言12-18
• 第一部分 前列腺癌甲基化相关基因生物信息筛选18-26
• 1 研究对象和研究方法18-20
• 1.1 数据集获取18-19
• 1.2 数据分析19
• 1.3 数据校正19-20
• 2 结果20-23
• 2.1 纳入数据集结果20-21
• 2.2 芯片数据分析及数据库筛选21-22
• 2.3 候选基因与癌症关系研究结果22-23
• 2.4 候选基因启动子甲基化位点预测23
• 3 讨论23-25
• 4 结论25-26
• 第二部分 候选基因VWA1甲基化与前列腺癌关系验证26-28
• 1 研究对象和研究方法26-27
• 1.1 研究对象26
• 1.2 研究方法26-27
• 2 结果27
• 3 结论27-28
• 第三部分 候选基因VWA1甲基化与前列腺癌关系的研究28-52
• 1 研究对象和研究方法28-44
• 1.1 研究对象28-29
• 1.2 样本DNA提取29-33
• 1.3 RNA提取及逆转录33-36
• 1.4 样本收集、DNA/RNA提取质量控制36
• 1.5 甲基化位点测序实验36-43
• 1.6 荧光实时定量PCR实验43-44
• 2 结果44-47
• 2.1 甲基化位点测序实验结果44-45
• 2.2 荧光实时定量PCR实验结果45-46
• 2.3 基因甲基化状态与表达量关系结果46-47
• 3 讨论47-49
• 4 小结49-52
• 4.1 本研究的结论49
• 4.2 本研究的创新性49-50
• 4.3 本研究的局限与展望50-52
• 参考文献52-60
• 综述60-72
• 参考文献66-72
• 致谢72-73
• 攻读硕士学位期间发表学术论文情况73-74
• 资金资助情况74

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前5条

1 林昀;黄健;韩泽广;;表遗传学与肿瘤[J];国际遗传学杂志;2006年03期

2 徐培杰;;生物信息学研究现状[J];科技信息;2013年10期

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4 姚青,张建民;前列腺癌与相关基因DNA甲基化[J];实用癌症杂志;2004年05期

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本文编号：403177