基于单细胞测序及蛋白质组数据分析尿酸转运蛋白在肾脏的精细表达定位

发布时间：2021-02-18 15:59

　　目的利用单细胞测序、微量蛋白质组学及免疫组化三部分数据深入分析肾脏尿酸转运蛋白的细胞分布及表达丰度。方法利用2个成人健康肾脏的单细胞测序数据集（GSE131685）分析12个肾脏尿酸转运基因的细胞定位及表达丰度,进一步利用激光微切割联合质谱检测大鼠肾小管14个区段蛋白质数据集12个蛋白的定位和丰度,最后利用Protein Atlas数据库检索上述蛋白在肾脏中的免疫组化染色结果。结果单细胞测序数据集GSE131685中,12个尿酸转运蛋白集中表达于近端小管细胞,而在KIT数据集中,除了ABCG2、SLC22A12和SLC22A13外,其余都集中表达于近端肾小管S1,S2和S3段细胞。KEAT蛋白数据集的分析结果与KIT数据结果类似:ABCG2,SLC17A3,SLC22A12,SLC22A6和SLC22A8在近端小管S1,S2和S3段有显著的表达,尤其是SLC22A6仅富集在S2段肾小管,而ABCG2在S3段有较强的富集,其它的蛋白表达丰度相对较低。Protein Atlas的免疫组化数据显示出与单细胞测序及蛋白质组的结果有较大的差异:ABCC2、SLC17A4、SLC22A6、SLC2... 

【文章来源】：中华肾病研究电子杂志. 2020,9(04)

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

尿酸转运蛋白在人肾脏单细胞测序数据(GSE131685)中的表达情况

健康人肾脏单细胞核测序数据(KIT)中尿酸转运蛋白的表达

蛋白质数据库的检索结果缩小了核酸数据检索的范围，为更深入的了解这部分蛋白在人肾脏组织中的定位表达，我们再次检索了Protein Atlas数据。结果表明(如图4所示)，除了未检索到SLC17A3的免疫组化结果，其它11个基因都有相应的染色。其中ABCC2、SLC17A4,SLC22A6,SLC22A11、SLC22A12、SLC22A13及SLC2A9显示在近端小管比较特异的表达定位，其中ABCC2,SLC22A6和SLC22A11,SLC22A13信号较强。ABCC4,ABCG2和SLC16A9的表达丰度相对较低，特异性较差。免疫组化的结果显示出与单细胞测序及蛋白质组的结果有较大的差异。讨论

【参考文献】：
期刊论文
[1]人尿酸转运蛋白在肾小管上皮细胞的定位表达研究[J]. 洪权,吴镝,陈香美,侯剀,冯哲,傅博,许国双,丁瑞.  中华肾脏病杂志. 2005(09)



本文编号：3039774