转录组测序技术筛选糖尿病足差异表达的RNA及可能ceRNA机制的初步研究

发布时间：2021-05-20 06:49

　　背景:糖尿病足（Diabetic foot,DF）是指糖尿病（Diabetic mellitus,DM）患者由于合并神经病变及各种不同程度末梢血管病变而导致下肢感染、溃疡形成和（或）深部组织的破坏,其具有较高的患病率、致残率和死亡率,然而目前DF的发病机制仍不明确。随着转录组测序（RNA Sequencing,RNA-Seq）技术的不断发展,越来越多疾病的发病机制逐渐被发现,测序技术也逐渐成为热点。RNA-Seq技术可以全面快速的获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本,包括编码RNA（messenger RNA,mRNA）和非编码RNA（non-coding RNA,ncRNA）。ncRNA不编码蛋白质,在RNA水平上即可发挥各种生物学功能的RNA,而竞争性内源RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）作为一种假说揭示了RNA间相互作用的新机制。近年来,也有研究表明ceRNA调控机制揭示了疾病发病机制及治疗的新方向。RNA-seq技术在多种疾病的分子病因学研究中取得了一系列的成果,但是在DF中相关研究尚缺乏。因此有望通过RNA-Seq技术分析... 

【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校

【文章页数】：60 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
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第1章 引言
    1.1 糖尿病足的概述
    1.2 转录组测序的概述
    1.3 ceRNA的概述
第2章 材料与方法
    2.1 编码RNA建库及测序流程
        2.1.1 研究材料
        2.1.2 建库实验步骤
        2.1.3 上机测序
        2.1.4 mRNA建库及测序实验流程
    2.2 非编码RNA建库及测序流程
        2.2.1 标本采集、总RNA的提取、质量检测
        2.2.2 离子打断
        2.2.3 cDNA的合成
        2.2.4 文库质检、文库的稀释与混合
        2.2.5 利用Hiseq平台上机测序
    2.3 测序结果按照如下流程进行生物信息分析
第3章 结果
    3.1 编码RNA测序结果
        3.1.1 研究对象的临床特征
        3.1.2 质量评估
        3.1.3 基因差异表达分析
        3.1.4 差异表达基因GO功能分析
        3.1.5 差异表达基因KEGG功能分析
    3.2 非编码RNA测序结果
        3.2.1 测序质量评估
        3.2.2 miRNA表达量
        3.2.3 lncRNA的筛选情况
        3.2.4 miRNA、lncRNA差异表达分析
        3.2.5 miRNA、lncRNA靶基因预测
        3.2.6 miRNA、lncRNA靶基因GO功能分析
        3.2.7 miRNA、lncRNA靶基因KEGG功能分析
        3.2.8 microRNA结合位点分析
    3.3 糖尿病足发病机制可能的ce RNA机制
        3.3.1 lncRNA差异表达分析
        3.3.2 miRNA差异表达分析
        3.3.3 mRNA差异表达分析
        3.3.4 对lnc RNA-mi RNA-m RNA做WGCNA共表达分析,寻找其网络关系
    3.4 MMP9 抑制糖尿病足的发生发展
第4章 讨论
第5章 结论
第6章 展望与不足
    6.1 创新性
    6.2 不足
致谢
参考文献
攻读学位期间的研究成果
综述
    参考文献



本文编号：3197299