骨质疏松症miRNA和基因差异表达分析及miRNA-mRNA调控网络的构建

发布时间：2022-01-06 00:16

　　目的 miRNA在骨质疏松症的发生发展过程中发挥重要作用。文中旨在筛选与骨质疏松症密切相关的miRNA和基因,完成骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络的构建。方法通过GEO数据库查找骨质疏松症的基因芯片表达谱,采用GEO2R进行分析并筛选差异表达基因（DEGs）和差异表达miRNA,采用火山图对差异基因和miRNA进行展示,然后通过David在线数据库完成GO和KEGG通路分析,String在线数据库用于完成PPI蛋白网络分析。采用TargetScan、miRTarBase和miRDB预测靶基因,最后通过Cytoscape软件进行PPI和miRNA-mRNA调控网络可视化。结果通过筛选得到15个差异miRNA和174个差异表达基因。通过GO和KEGG通路分析得到25条GO功能注释,生物过程包括对药物的反应、血管生成、离子迁移、GTPase介导的信号转导的调控、适应性免疫反应等,KEGG富集分析得到NF-κB信号通路、HIF-1信号通路和谷胱甘肽代谢。通过cytohubba插件得到10个hub基因,分别为:CDH2、POLR2A、KLF4、CCND1、SOX4、NCBP2、VEGFA、... 

【文章来源】：医学研究生学报. 2020,33(03)北大核心

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

骨质疏松症中的差异miRNA及基因火山图

蛋白质-蛋白质相互作用网络得到88个节点、100条边,通过cytohubba插件得到10个hub基因,分别为:CDH2、POLR2A、KLF4、CCND1、SOX4、NCBP2、VEGFA、PKLR、EP300、HNRNPL。hub基因网络得到10个节点、22条边。见图3。2.4 miRNA靶基因和交集基因

通过cytoscape软件对miRNA-mRNA调控网络进行构建,可以发现hsa-miR-4768-3p关联的靶基因最多,hsa-miR-18b-5p关联的靶基因最少。hsa-miR-194-5p的靶基因多为表达上调,hsa-miR-4269靶基因多为表达下调。见图5。图5 骨质疏松症miRNA-mRNA调控网络

【参考文献】：
期刊论文
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[2]血管内皮生长因子防治骨质疏松的研究进展[J]. 谢兴文,李建国,黄晋,何勇,苏积亮.  中国骨质疏松杂志. 2019(07)
[3]雌激素相关受体α对沉默重组腺病毒载体转染MG63细胞和骨相关蛋白的影响[J]. 刘少津,万雷,乔荣勤,黄宏兴,柴爽.  医学研究生学报. 2018(09)
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本文编号：3571326