GWGS芯片整合分析识别外周血细胞中与骨质疏松症相关的枢纽基因

发布时间：2022-02-04 17:57

　　为了对骨质疏松症基因芯片数据集进行整合分析并识别出外周血细胞中与骨质疏松症相关的枢纽基因,通过检索GEO和ArrayExpress数据库获得骨质疏松症相关的表达谱芯片数据集;运用GWGS （genome-wide global significance）方法对纳入的数据集进行整合分析,筛选出差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）;然后,运用GO （gene ontology）富集分析和KEGG （kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路富集分析对差异表达基因进行功能注释,并建立蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络,筛选出骨质疏松症相关的枢纽基因。公共数据库检索得到3个符合纳入排除标准的研究集, GWGS整合分析筛选出排序前200的DEGs,这些基因主要富集的GO条目为脂多糖的细胞反应、凋亡过程和炎症反应,与骨质疏松症相关的KEGG富集通路为破骨细胞分化等。PPI分析进一步检测到与骨质疏松症相关的10个枢纽基因,其中9个基因已有研究报道和骨质疏松... 

【文章来源】：生命科学研究. 2020,24(02)CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 基因表达数据集的筛选
    1.2 数据预处理及差异表达基因的获得
    1.3 GWGS整合分析
    1.4 基因功能注释和蛋白质相互作用网络的构建
2 结果
    2.1 纳入研究的基本情况
    2.2 GWGS整合分析
    2.3 功能注释和PPI分析
3 讨论
4 结论



本文编号：3613671