Hsa-miR-26b-5p在硬皮病中的生物信息学分析和功能研究

发布时间：2022-02-12 13:09

　　【目的】通过生物信息学分析,筛选与硬皮病相关的差异表达基因,并找到调控它们的mi RNAs,通过实验研究调控硬皮病关键基因的mi RNAs在硬皮病发病机制中的作用,为探索硬皮病发病的分子机制提供新线索。【方法】从GEO数据库中下载微阵列数据GSE95065,使用GEO2R在线软件对该数据库进行分析。随后,使用DAVID数据库进行功能和通路富集分析,并使用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。最后,Omics Net在线工具用于预测与筛选出的硬皮病差异表达的关键基因相关的mi RNAs。基于上述生物信息学分析,用hsa-mi R-26b-5p抑制剂转染人皮肤成纤维细胞探索其在硬皮病发病机制中的作用。【结果】（1）对正常组织和硬皮病皮肤组织样本进行分析,发现硬皮病皮肤组织与正常组织相比,共有770个差异表达基因。对这770个差异表达基因进行分析,其中,142个基因表达上调,628个基因表达下调。（2）通过DAVID在线数据工具对差异表达基因进行功能和通路富集分析:GO功能注释发现,表达上调的基因主要参与免疫反应,表达下调的基因主要参与信号转导过程;KEGG通路分析发现,上调... 

【文章来源】：华中科技大学湖北省211工程院校985工程院校教育部直属院校

【文章页数】：50 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

GSE95065详细信息2差异表达基因的筛选

华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文结 果1硬皮病差异表达基因的筛选在 GEO2R 软件中对微阵列数据 GSE95065 进行分析，筛选硬皮病差异表达基因，筛选标准为 adj.P< 0.05、 logFC ≥ 1。结果显示硬皮病皮肤组织与正常组织相比，共有 770 个差异表达基因。其中，142 个基因表达上调，628 个基因表达下调。用 R 语言绘制硬皮病差异表达基因火山图（图 2A）。前 100 个硬皮病差异表达基因采用NetworkAnalyst 工具绘制成热图（图 2B）。

华 中 科 技 大 学 硕 士 学 位 论 文KEGG_PATHWAY hsa04620 Toll-like receptor signaling pathway 6 4.23 3.08E-03KEGG_PATHWAY hsa04151 PI3K-Akt signaling pathway 10 7.04 4.67E-03DownregulatedKEGG_PATHWAY hsa04080 Neuroactive ligand-receptor interaction 23 0.03 4.31E-03KEGG_PATHWAY hsa05414 Dilated cardiomyopathy 10 0.01 1.02E-02KEGG_PATHWAY hsa05412 Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) 9 0.01 1.13E-02KEGG_PATHWAY hsa04730 Long-term depression 8 0.01 1.46E-02KEGG_PATHWAY hsa05410 Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) 9 0.01 1.93E-02图 4.硬皮病差异表达基因 KEGG 通路分析3硬皮病差异表达基因的蛋白互作网络图及关键基因的筛选将 770 个硬皮病差异表达基因上传至 STRING 数据库，去除孤立节点和连接节点后，共筛选出 309 个差异表达基因编码的蛋白产物之间存在相互作得分＞0.9），它们共同构成多中心结构复杂的差异表达基因的蛋白互作网络图

【参考文献】：
期刊论文
[1]MicroRNAs:New therapeutic targets for intestinal barrier dysfunction[J]. Lin Zhang,Jian Cheng,Xiao-Ming Fan.  World Journal of Gastroenterology. 2014(19)



本文编号：3621778