2型糖尿病mRNA、miRNA及lncRNA差异表达谱及相关调控网络探索研究

发布时间：2023-10-02 06:12

　　目的:本研究通过高通量测序及生物信息学分析技术,构建2型糖尿病患者外周血mRNA、miRNA及lncRNA的差异表达谱,并根据lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA间的相关关系,构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,定位网络中的关键基因,明确上下游基因调控方式,为研究2型糖尿病的发生、诊断及治疗提供转录及转录后水平的理论依据。方法:本研究纳入于2017年8月至2018年6月就诊于吉林大学第二医院的3例新发的40-60岁男性2型糖尿病患者为病例组,3例年龄、性别匹配的健康体检者为对照组,空腹采集静脉血并收集临床资料及相关检查信息。测序采用Illumina Hiseq平台,使用PE150策略进行测序。根据差异倍数和显著水平筛选基因,其筛选条件为差异表达倍数>4并且P<0.05,并使用火山图和热图展示差异基因的分布情况。根据lncRNA、miRNA和mRNA间的相关关系构建lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,并使用Cytoscape3.7.0软件对调控网络进行可视化展示。对网络进行分析后,获得度中心性、接近中心性和中介中心性,以3个指标均大于或等于总体的...

【文章页数】：76 页

【学位级别】：硕士

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摘要
abstract
第1章 前言
    1.1 研究背景
    1.2 研究目的与意义
第2章 材料与方法
    2.1 研究对象
        2.1.1 病例组
        2.1.2 对照组
    2.2 试剂和仪器
        2.2.1 主要试剂
        2.2.2 主要仪器
    2.3 研究方法
        2.3.1 临床信息收集
        2.3.2 血样采集
        2.3.3 全血总RNA提取及质量检测
        2.3.4 lncRNA和 miRNA文库构建、质量控制以及高通量测序
        2.3.5 原始测序数据质量控制
        2.3.6 差异基因筛选
        2.3.7 lncRNA共表达m RNA
        2.3.8 GO和 KEGG富集分析
        2.3.9 调控网络的构建
        2.3.10 网络关键节点分析
        2.3.11 蛋白互作网络
    2.4 统计学分析
第3章 结果
    3.1 样本基本信息
    3.2 数据产出质量情况
    3.3 3种RNA差异表达情况
    3.4 lncRNA共表达基因的GO和 KEGG富集分析
    3.5 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络
    3.6 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络关键节点分析
    3.7 调控网络中基因的蛋白互作网络
第4章 讨论
    4.1 RNA差异表达谱
    4.2 lncRNA-miRNA-mRNA调控网络
        4.2.1 lnc RNA-miRNA-mRNA调控网络中mRNA的功能富集分析
    4.3 调控网络中的关键基因
    4.4 蛋白互作网络
第5章 结论
参考文献
作者简介及在学期间所取得的研究成果
致谢



本文编号：3850254