HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学研究

发布时间：2017-07-07 13:11

  本文关键词：HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学研究

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【摘要】：研究背景与目的：目前我国HIV感染者中流行的HIV-1亚型种类复杂、多样,且流行分布具有明显的时间、地点和人群分布差异。研究表明,HIV-1亚型与艾滋病病程及其耐药突变具有一定的关联。随着我国艾滋病流行模式的转变和抗病毒治疗规模的不断扩大,有必要开展系统全面的HIV-1亚型及其耐药突变的分子流行病学调查,从分子水平揭示HIV-1的流行信息和流行趋势。目前性传播已成为我国HIV的主要传播途径,本研究通过Meta分析,在系统全面地了解我国HIV经性传播人群中HIV-1亚型流行分布特征的基础上,开展本次的分子流行病学调查研究,以初步了解无锡市HIV-1亚型及耐药突变的流行分布情况,并结合常规工作中关于HIV/AIDS的流调、随访、治疗等信息,以初步探讨HIV-1感染病程和耐药的可能影响因素,旨在为该市艾滋病的防治工作提供有价值的信息。研究方法：1. Meta分析：检索PubMed、Web of Science、CNKI、CBM、万方等数据库,收集公开发表的有关中国HIV-1亚型的研究文献。按纳入与排除标准进行文献的筛选和数据提取,运用Freeman-Tukey双反正弦变换法对不同病毒亚型的流行率进行合并计算,并从研究时间、研究地点和研究人群三个方面进行亚组分析。Meta分析软件包括R 3.2.1和SAS 9.3。2.HIV-1亚型分析：以无锡市疾控中心2012～2013年常规CD4监测随访队列中的343例HIV/AIDS患者为研究对象,在知情同意的基础上进行流行病学个案调查和静脉血采集,并采用巢式PCR扩增env和pol区的部分基因片段后送至生物公司测序,根据env和pol的部分基因序列进行病毒亚型分析。3.HIV-1耐药突变分析：将279例研究对象的pol基因序列(覆盖pol区的蛋白酶基因全长及反转录酶1-280位左右的密码子序列)提交至美国斯坦福大学HIV耐药数据库,进行耐药基因突变分析。4.统计学分析：建立Excel数据库,使用SAS 9.3或SPSS 19.0软件进行统计学分析。定性资料采用率或构成比描述,用χ2检验或Fisher确切概率法或Kruskal-Wallis法进行统计学分析,P0.05为差异具有统计学意义；定量资料采用均数士标准差(x±s)描述。采用重复测量资料的方差分析进行CD4+T淋巴细胞计数变化差异的分析,采用非条件Logistic回归或生存分析进行HIV病程和耐药的影响因素分析。研究结果：1. Meta分析共纳入130篇文献,包括18725例成功分型的样本。CRF01_AE、B、 CRF07_BC、CRF08_BC和C亚型的合并流行率分别为44.54%(95%CI:40.81-48.30)、 18.31%(95%CI:14.71-22.17)、16.45%(95%CI:13.82-19.25)、2.55%(95%CI:1.56-3.73)、 0.37%(95%CI:0.11-0.72)。分层分析发现,B亚型在性传播感染人群中的流行率呈下降趋势,而CRF01_AE、CRF07_BC在性传播感染人群中和CRF08_BC在异性传播感染人群中的流行率呈上升趋势,且不同地区的HIV-1亚型分布呈现明显差异。2.最终有313例研究对象成功进行HIV-1分型,其中CRF01_AE所占比例最高,达49.4%(155/313),其他亚型及流行比例分别为CRF07_BC 16.9%(53/313)、B 12.8% (40/313)、CRF08_BC 9.3%(29/313)、CRF67_01B 3.8%(12/313)、CRF68_01B 1.9% (6/313)、CRF02 AG 0.3%(1/313)、CRF59 01B 0.3%(1/313)、C 0.3%(1/313)和URFs 4.8%(15/313),不同性别、年龄和传播途径间的病毒亚型分布存在统计学差异(P0.01)。3.279例研究对象中,共发现36例存在耐药基因突变，耐药率为5.0%(14/279)其中床用药人群的耐药率为1.8%(4/220),用药人群的耐药率为16.9%(10/59)，，二者存在统计学差异。耐药突变主要包括D30N、L90M、K65R、M184IV、K103N和Y181C等点突变所引起的不同类型抗病毒药物的高度或中度耐药,而其他耐药突变则引起低度或潜在低度耐药。4.病程的影响因素分析发现,HIV-1 CRF07/08_BC毒株感染相对B亚型,病程进展缓慢(OR=0.312,95%CI:0.134～0.728),然而CRF07/08_BC毒株感染者合并耐药突变较B业型毒株感染者合并耐药突变的病程进展更快(OR=12.276,95%CI:2.255～ 66.830);耐药的影响因素分析发现,HIV确诊时年龄是产生耐药的保护因素(OR=0.930, 95%CI:0.909～0.987),即HIV确诊时年龄越小越易发生耐药。研究结论：1.中国HIV-1经性传播人群的亚型分布存在较大的时间变异性和地区差异性,HIV-1的高度变异性给艾滋病的监测、预防和控制带来了极大挑战。2.目前无锡市流行的HIV-1毒株种类复杂多样,为有效控制新的重组毒株的产生与流行,应进一步加强不同高危人群的健康教育和行为干预,并严密监测HIV-1亚型的流行动态。3.相对B亚型,non-B亚型中的CRF07/08_BC感染后病程进展缓慢,然而CRF07/08_BC感染合并耐药突变较B亚型感染合并耐药突变的病程进展更快,其作用机制需给予进一步的探讨。4.该地区HIV-1耐药株的传播尚处于低流行态势,耐药突变主要由已有抗病毒药物的使用所诱发,然而药物间的交叉耐药及耐药株的传播警示该地区应加强HIV-1/AIDS人群的耐药监测。
【关键词】：人类免疫缺陷病毒Ⅰ型 亚型 耐药 基因突变
【学位授予单位】：东南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R512.91
【目录】：

• 摘要5-8
• Abstract8-14
• 缩略词中英文对照14-15
• 前言15-19
• 第一章 中国HIV-1经性传播人群中不同亚型毒株流行率的Meta分析19-31
• 1.1 材料与方法20-21
• 1.1.1 文献检索20
• 1.1.2 纳入与排除标准20
• 1.1.3 数据提取20-21
• 1.1.4 统计分析21
• 1.2 结果21-28
• 1.2.1 文献检索21-22
• 1.2.2 纳入文献基本特征22
• 1.2.3 不同HIV-1亚型流行率22
• 1.2.4 亚组分析22-23
• 1.2.5 发表偏倚评估23-28
• 1.3 讨论28-31
• 第二章 无锡市HIV-1亚型及其与疾病进程间的关联研究31-57
• 2.1 研究对象与方法31-37
• 2.1.1 研究对象31
• 2.1.2 个案调查31
• 2.1.3 静脉血采集31
• 2.1.4 CD4+T淋巴细胞绝对计数31-32
• 2.1.5 基因扩增及测序32-35
• 2.1.6 病毒亚型判定35
• 2.1.7 病程进展分组35
• 2.1.8 实验质量控制35-36
• 2.1.9 伦理学审查36
• 2.1.10 统计与分析方法36-37
• 2.2 结果37-52
• 2.2.1 研究对象基本特征37-38
• 2.2.2 nest-PCR扩增与测序38
• 2.2.3 系统进化树绘制38-40
• 2.2.4 基因离散率40-43
• 2.2.5 HIV-1基因分型结果43
• 2.2.6 不同流行病学特征的亚型分布43-45
• 2.2.7 HIV-1亚型与病程间的关联分析45-52
• 2.3 讨论52-57
• 第三章 无锡市HIV-1毒株耐药基因变异研究57-69
• 3.1 研究对象与方法57-58
• 3.1.1 研究对象57
• 3.1.2 序列分析57-58
• 3.1.3 伦理学审查58
• 3.1.4 统计分析方法58
• 3.2 结果58-66
• 3.2.1 研究对象基本特征58-60
• 3.2.2 HIV-1耐药分布60
• 3.2.3 耐药基因突变位点60-63
• 3.2.4 HIV-1亚型与耐药63-64
• 3.2.5 HIV-1耐药影响因素分析64-66
• 3.3 讨论66-69
• 小结69-71
• 参考文献71-79
• 附录79-85
• 综述：HIV-1基因型的分子流行病学研究进展85-99
• 参考文献92-99
• 致谢99-101
• 作者简介101

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3 张s

本文编号：530322