男同性恋者HIV感染相关基因SNP多态性及DEFB1 rs11362功能验证研究

发布时间：2017-08-19 23:11

  本文关键词：男同性恋者HIV感染相关基因SNP多态性及DEFB1 rs11362功能验证研究

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【摘要】：背景:男同性恋人群因其生理结构及其高危性行为特点,致其成为HIV(Human Immunodeficiency Virus)的高暴露、高感染群体,然而个体的HIV感染存在一定的差异。宿主的遗传差异,如单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)在HIV感染的个体差异中发挥重要作用。目前,男同性恋人群HIV感染相关基因SNP的筛查已逐渐引起研究者的关注。目的:在男同性恋人群中筛查与HIV感染相关的基因及SNP,构建含易感基因相关SNP位点序列的表达载体,验证部分SNP不同基因型对基因功能的影响。方法:1.采用成组病例-对照研究设计,方便抽样方法抽取研究对象,其中病例组为HIV+,对照组为HIV-;2.从HIV感染相关的候选基因中,根据SNP的MAF(Minor Allele Frequency)值、功能意义等选择SNP位点,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF-MS),对研究对象进行基因分型检测;3.以pGL3-Basic载体,构建目的基因启动子-pGL3-Basic重组质粒,将重组质粒转染至真核细胞中,测定细胞表达活力。结果:1.病例组与对照组人群社会人口学特征和HIV暴露风险没有显著性差异;2.在176例HIV+和207例HIV-男同性恋样本中共扫描检测24个SNPs位点,其中19个符合H-W平衡(Hardy-Weinberg Equilibrium),TLR3基因编码区rs3775291位点等位基因和基因型频率在病例组和对照组中的分布具有显著性差异(等位基因:??=8.105,P=0.004;基因型:??=9.410,P=0.009),其中T等位基因分布频率在对照组中高于病例组(38.2%vs.28.4%),提示T可能作为保护性因素降低HIV易感性(OR=0.643,95%CI0.474-0.872),T可能以隐性模型(TT vs.CC+CT)方式降低HIV感染风险(OR=0.372,95%CI 0.186-0.744,P=0.004),本研究还发现细胞防御素基因DEFB1启动子区域多态性位点rs11362的等位基因分布频率在病例组和对照组中有显著性差异(??=4.707,P=0.03),其中,G等位基因在病例组中分布频率高于对照组(65%vs.58%),G可能使宿主HIV感染风险升高(OR=1.384,95%CI 1.031-1.857),G可能以隐性模型(AA+AG vs.GG)方式影响HIV易感性(OR=1.629,95%CI 1.076-2.465,P=0.021);3.本研究成功构建了DEFB1启动子-pGL3-Basic-重组质粒,DEFB1基因启动子能够高效地启动下游基因表达,转染rs11362-G型质粒的的酶活性比rs11362-A型质粒强(P0.01)。结论:1.本研究成功筛选24个HIV感染相关SNPs,19个SNPs符合H-W平衡;2.TLR3基因rs3775291多态性和DEFB1基因启动子多态性位点rs11362与HIV易感性之间可能存在关联,rs3775291位点T等位基因可能降低宿主的HIV易感性;3.DEFB1基因启动子能高效地启动下游基因表达,DEFB1基因的启动子rs11362多态性可能对基因表达有调控作用,G等位基因可能使DEFB1启动子活性增强。
【关键词】：男同性恋 HIV 单核苷酸多态性 启动子
【学位授予单位】：深圳大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R512.91
【目录】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第1章 绪论9-21
• 1.1 HIV9-10
• 1.1.1 HIV基本特征9
• 1.1.2 HIV流行现状及危害9
• 1.1.3 HIV致病机制9-10
• 1.2 宿主遗传差异性与HIV感染的关联性10
• 1.2.1 HIV感染与发病的个体差异性10
• 1.2.2 宿主基因单核苷酸多态性与HIV易感性的关联10
• 1.3 HIV感染相关宿主基因多态性早期研究10-12
• 1.3.1 HIV侵染相关受体及配体基因多态性11-12
• 1.3.2 调节宿主对HIV感染的免疫应答的HLA基因12
• 1.4 影响HIV感染的宿主基因多态性研究新进展12-16
• 1.4.1 基于全基因组扫描的研究12-13
• 1.4.2 基于候选基因研究的新进展13-16
• 1.5 男同性恋人群HIV感染相关基因多态性的研究16-17
• 1.6 研究内容和研究意义17-21
• 第2章 材料与方法21-37
• 2.1 研究设计21
• 2.2 研究对象21
• 2.3 样本采集与保存21
• 2.4 核酸提取与保存21
• 2.5 候选基因SNP位点的选择与确认21-22
• 2.6 实验过程22-36
• 2.6.1 试剂耗材22-24
• 2.6.2 实验流程24-25
• 2.6.3 基因分型检测25-30
• 2.6.4 rs11362功能验证30-36
• 2.7 统计分析36-37
• 第3章 结果分析37-52
• 3.1 病例对照人群社会人口学特征和HIV暴露风险分析37-38
• 3.2 SNP位点多态性分析38-47
• 3.2.1 DNA样本质量检测分析38-39
• 3.2.2 SNP位点多态性检测结果分析39-47
• 3.3 rs11362功能验证结果47-52
• 3.3.1 质粒构建47-49
• 3.3.2 质粒质量检测结果49-50
• 3.3.3 双荧光报告实验结果50-52
• 第4章 讨论52-56
• 4.1 病例组与对照组人群社会人口学特征和HIV暴露风险52
• 4.2 SNP位点多态性与HIV易感性相关分析52-54
• 4.3 DEFB1基因rs11362功能验证分析54-56
• 第5章 结论56-57
• 参考文献57-62
• 致谢62-63
• 攻读硕士学位期间的研究成果63

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本文编号：703434