云南省玉溪市50岁及以上HIV阳性人群分子流行病学研究

发布时间：2017-08-29 08:18

  本文关键词：云南省玉溪市50岁及以上HIV阳性人群分子流行病学研究

  更多相关文章： 玉溪市 50岁及以上人群 HIV 分子流行病学 基因型

【摘要】：[目的]了解云南省玉溪市50岁及以上HIV阳性人群HIV基因型、基因亚型的分布和特征,在此基础上进一步探索和分析该市HIV在50岁及以上人群中的传播规律以及HIV生物学特性,为遏制HIV在50岁及以上人群中的流行提供参考依据。[方法]本研究采用横段面调查方法,对截至2014年8月31日玉溪市存活的50岁及以后感染HIV的感染者/AIDS患者进行流行病学调查。采集血样,分离血浆后使用RNA核酸提取试剂盒提取核酸并进行RT-PCR和巢式PCR扩增HIV-1 gag和env基因片段；对目的基因片段进行序列测定后使用SeqMan软件进行序列拼接和处理；使用MEGA软件进行系统进化树构建以及遗传距离的分析；使用SimPlot软件对可能发生重组的毒株基因序列进行重组分析；利用R5/X4-pred在线服务软件对HIV细胞辅助受体进行预测。使用SPSS软件对玉溪市50岁及以上HIV阳性人群流行病学特征和分子流行病学资料进行分析。利用Epi Info和GeoDa软件制作流行病学地图和进行空间分布分析。[结果]本次研究共调查玉溪市50岁以上HIV阳性173人,其中男性108人(62.4%),女性65人(37.6%),平均年龄为57.6±7.9岁,HIV感染年龄主要集中在50岁～(112人,占64.7%),职业以农民为主(66.7%),民族以汉族为主(75.1%),文化程度以小学文化程度为主(45.1%),接触史以非婚异性性行为为主(71.1%),其次为配偶/固定性伴阳性(23.1%)；感染途径以异性传播感染为主(93.1%)。配偶HIV阳性66人(38.2%)。感染后首次平均CD4细胞计数为373.8±236.8/mm3,CD4细胞计数以300/mm3～及以下水平为主(58.9%),127人(73.4%)已接受抗病毒治疗。玉溪市所辖9县区共计有48个乡镇均有50岁及以上HIV感染者/AIDS患者分布；其中50岁及以上HIV感染者/AIDS患者人数排名前5的分别是元江县、通海县、新平县、红塔区和华宁县。2009年以前玉溪市各县区50岁及以上HIV感染者AIDS患者数量较少且分布较为分散,2009年以后各县区报告的50岁及以上HIV/AIDS病例逐年增加。空间自相关分析后发现,2012年以后50岁及以上HIV感染者AIDS患者在乡镇级的空间分布上存在负相关聚集性,即HIV/AIDS分布总体上为离散分布,局部地区为聚集分布。截至2014年9月,局部空间自相关Gi*热点地图显示,玉溪市50岁及以上HIV感染者/AIDS患者在乡镇分布上有9个热点乡镇,主要集中在玉溪市西南部的元江和新平县。本次研究共有100份样本获得有效HIV-1目的基因序列,HIV核酸提取和扩增成功率为57.8%；获得的100分序列样本在流行病病学特征和样本地区来源上与173例纳入研究的样本基本一致,能代表和反应玉溪市50岁及以上HIV阳性人群分子流行病学特征。100例HIV核酸阳性样本中共检出CRF08_BC型50例(50.0%), CRF07_BC型37例(37%),C型6例(6.0%),CRF01_AE型3例(4.0%)和CRF_01B型2例(2.0%)。CRF08_BC型是玉溪市50岁及以上HIV阳性人群中主要的流行毒株；彝族和傣族阳性人群则以CRF07_BC型为第一流行株,不同基因型毒株在不同民族人群中的分布差异有统计学意义(x2=66.982, Fisher's P=0.048)。CRF08_BC型毒株主要流行于玉溪市东部地区,CRF07_BC型毒株主要流行于玉溪市西南地区的。遗传距离分析结果推测CRF07_BC、 CRF08_BC和C型毒株进入玉溪市的时间较晚,在玉溪市流行的时间较短。根据系统进化树上CRF07_BC、CRF08_BC亚型不同传播簇遗传距离的不同,推测CRF07_BC型毒株可能最早在新平县50岁以上人群中流行并逐渐向其他县区传播和蔓延。CRF08_BC型毒株可能最早在通海县50岁以上人群中流行并逐渐向县区传播和蔓延。在生物学特性方面,83例(89.2%)样本使用CCR5辅助受体侵染细胞,10例(10.8%)样本使用CXCR4辅助受体侵染细胞。不同基因型HIV-1样本的细胞辅助受体类型差异有统计学意义(x2=23.805, Fisher's P值0.001); CRF07_BC、 CRF08 BC和C型毒株感染的样本基本上多数使用CCR5型细胞辅助受体,而CRF01_AE和CRF_01B亚型毒株感染的样本细胞辅助受体大多数为CXCR4型。[结论]近年来玉溪市50岁及以上人群中HIV疫情逐年上升,HIV在玉溪市50岁及以上人群中的流行具有一定程度的时间和空间特征,HIV感染者/AIDS患者主要分布在玉溪市经济水平相对发达的县区和乡镇。50岁及以上人群HIV传播模式基本为经异性性接触传播同时还存在一定数量的婚内性接触传播。大多数感染者在确证HIV感染时CD4细胞计数水平已处于较低的水平,部分感染者在确证HIV感染时已进入AIDS期。研究发现CRF08_BC亚型毒株是玉溪市50岁及以上HIV阳性人群中的第一流行毒株,不同基因型毒株在不同地区和不同民族人群中的分布不同。CRF07_BC和CRF08_BC亚型流行株在玉溪市50岁及以上人群中流行的时间不同,CRF08 BC亚型毒株开始流行的时间较晚、流行时间较短。玉溪市50岁及以上HIV阳性人群中HIV-1基因型丰富,应强化和重视对该人群艾滋病的干预工作,也要注重多HIV阳性人群的干预,避免HIV在该人群和其他人群中的流行以及不同基因型毒株在流行传播过程中重组形成新的重组型毒株。
【关键词】：玉溪市 50岁及以上人群 HIV 分子流行病学 基因型
【学位授予单位】：昆明医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R512.91
【目录】：

• 缩略词表8-9
• 中文摘要9-12
• 英文摘要12-78
• 1 前言16-25
• 1.1 国内外50岁及以上人群HIV感染现状16-18
• 1.1.1 国外50岁及以上人群HIV感染现状16-17
• 1.1.2 中国50岁及以上人群HIV感染现状17
• 1.1.3 云南省和玉溪市50岁及以上人群HIV感染现状17-18
• 1.2 HIV-1基因型分布概况18-22
• 1.2.1 世界HIV-1基因型分布概况18-19
• 1.2.2 亚洲部分地区HIV-1基因型分布19
• 1.2.3 中国HIV-1基因型分布19-21
• 1.2.4 云南省HIV-1基因型的分布21-22
• 1.3 HIV-1的基因结构和生物学特性22-24
• 1.4 HIV-1进化分析与流行传播24-25
• 1.5 本研究的意义25
• 1.6 本研究目的25
• 2 材料与方法25-35
• 2.1 研究对象25
• 2.1.1 对象来源25
• 2.1.2 对象纳入标准25
• 2.2 研究内容25-26
• 2.3 研究方法26-31
• 2.3.1 文献研究26
• 2.3.2 流行病学调查26
• 2.3.3 基因检测26-31
• 2.4 统计分析31-32
• 2.5 质量控制32-33
• 2.6 技术路线33-35
• 3 结果35-70
• 3.1 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群流行病学特征35-40
• 3.1.1 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群基本情况35-37
• 3.1.2 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群感染HIV的时间分布37
• 3.1.3 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群空间分布37-40
• 3.2 HIV核酸阳性样本流行病学特征40-45
• 3.2.1 核酸阳性样本基本特征41-43
• 3.2.2 核酸阳性样本HIV感染的时间分布43
• 3.2.3 核酸阳性样本的空间分布43-45
• 3.3 HIV核酸阳性样本构成特征的拟合优度检验45-47
• 3.4 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群HIV-1基因型分布47-57
• 3.4.1 核酸提取扩增及目的基因序列获得情况47-48
• 3.4.2 HIV-1基因型判定48-49
• 3.4.3 HIV-1基因型分布49-57
• 3.4.3.1 HIV-1基因型在不同人群中的分布49-52
• 3.4.3.2 HIV-1基因型在不同接触史和感染途径人群中的分布52-53
• 3.4.3.3 HIV-1基因型的时间分布53
• 3.4.3.4 HIV-1基因型的空间分布53-57
• 3.5 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群基因序列的系统进化树分析57-62
• 3.6 基于env基因片段系统进化树的传播簇分析62-65
• 3.7 遗传距离分析65-67
• 3.8 重组分析67-69
• 3.8.1 gag基因片段重组分析67-68
• 3.8.2 env基因片段重组分析68-69
• 3.9 细胞辅助受体预测69-70
• 4 讨论70-76
• 4.1 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群流行病学特征70-71
• 4.2 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群时空分布和聚集性特征.71-73
• 4.3 玉溪市50岁及以上HIV阳性人群HIV-1基因型特征73-76
• 4.4 细胞辅助受体76
• 5 结论76-78
• 6 下一步研究方向78
• 参考文献78-91
• 附录91-95
• 玉溪市老年人AIDS调查表91-95
• HIV-1基因型及分子流行病学研究综述95-118
• 参考文献109-118
• 攻读学位期间获得的学术成果118-119
• 致谢119

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 陈坤;分子流行病学概况[J];浙江预防医学;2001年04期

2 俞顺章;分子流行病学发展中的几个新问题[J];上海预防医学杂志;2005年01期

3 涂宜强;;分子流行病学及其应用的研究进展[J];温州农业科技;2007年01期

4 莫美仪;分子流行病学[J];广东卫生防疫;1995年01期

5 潘赛贻;分子流行病学常用实验方法及其应用[J];广东卫生防疫;1995年02期

6 吴亚平;分子流行病学进展[J];医学信息;1995年06期

7 吴亚平;分子流行病学的发展方兴未艾[J];中华医学信息导报;1995年05期

8 郭存三,郭立征;分子流行病学在疾病研究中的作用[J];中华预防医学杂志;1999年06期

9 ;我国专家开始建设中国人“健康数据库”[J];心血管病防治知识;2008年02期

10 薛开先;肿瘤分子流行病学的回顾与展望[J];中国肿瘤;2001年09期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 李卫民;王u&民;端木宏谨;刘宇红;李传友;姜广路;丁北川;;2000年中国结核病流行病学抽样调查菌株分子流行病学特征[A];中国防痨杂志2003第25卷增刊——2003年中国防痨协会全国学术会议论文集[C];2003年

2 张天民;;结核病分子流行病学的概况和进展[A];中华医学会第六届全国结核病学术大会论文汇编[C];2000年

3 刘丁;;医院感染分子流行病学的分析方法[A];中国医院协会第十六届全国医院感染管理学术年会资料汇编[C];2009年

4 吴霞;严秀峰;王爱敏;何磊燕;王传清;糜祖煌;俞蕙;;儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染临床及分子流行病学特征研究[A];中华医学会第十七次全国儿科学术大会论文汇编（上册）[C];2012年

5 吴霞;严秀峰;俞蕙;王爱敏;何磊燕;王传清;糜祖煌;;儿童耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染临床及分子流行病学特征研究[A];2012年江浙沪儿科学术年会暨浙江省医学会儿科学分会学术年会、儿内科疾病诊治新进展国家级学习班论文汇编[C];2012年

6 屈勇刚;金宁一;程安春;金扩世;朱光泽;孙中锋;夏咸柱;;动物戊型肝炎病毒血清流行病学及分子流行病学初步研究[A];中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第十二次学术研讨会论文集[C];2007年

7 季剑苹;陆敏;张泓;;儿童耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌的分子流行病学及耐药性分析[A];中华医学会第十七次全国儿科学术大会论文汇编（下册）[C];2012年

8 季剑苹;陆敏;张泓;;儿童耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌的分子流行病学及耐药性分析[A];2012年江浙沪儿科学术年会暨浙江省医学会儿科学分会学术年会、儿内科疾病诊治新进展国家级学习班论文汇编[C];2012年

9 吕雪莲;M.J.NAJAFZADEH;冉玉平;沈永年;C.KLAASSEN;李春阳;李若瑜;席丽艳;郝飞;章强强;吕桂霞;胡志敏;占城;宋顺鹏;刘维达;J.F.G.M.MEIS;S.de HOOG;;不规则毛霉(多变根毛霉)生物学与分子流行病学特征分析[A];中国菌物学会第五届会员代表大会暨2011年学术年会论文摘要集[C];2011年

10 瞿佳;;Leber病的基础和临床研究[A];中华医学会第十二届全国眼科学术大会论文汇编[C];2007年

中国重要报纸全文数据库 前2条

1 记者 高加平邋通讯员 卢大成;泰州建设中国人“健康数据库”[N];泰州日报;2007年

2 记者 朱敏丽　实习生 朱艳萍;泰州建成10万人份“健康数据库”[N];泰州日报;2009年

中国博士学位论文全文数据库 前2条

1 苏擘;华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究[D];武汉大学;2005年

2 杨东靖;天津地区汉坦病毒的分子流行病学分析及其GP多表位抗原基因的构建与表达的研究[D];天津医科大学;2009年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 李颖婷;2009～2014年福建省甲型H1N1流感病毒分子流行病学特征研究[D];福建医科大学;2015年

2 常晓博;我国部分地区PRRS分子流行病学及病毒遗传变异研究[D];吉林农业大学;2016年

3 郑尔达;云南省玉溪市50岁及以上HIV阳性人群分子流行病学研究[D];昆明医科大学;2016年

4 林冬玲;耐亚胺培南铜绿假单胞菌耐药表型、基因型和分子流行病学的研究[D];广州中医药大学;2011年

5 舒敏;住院小儿金黄色葡萄球菌感染的临床特征和分子流行病学分析[D];四川大学;2007年

6 张树敬;青霉素耐药肺炎链球菌的分子流行病学与适应性研究[D];复旦大学;2012年

7 王颜歌;2009年深圳地区杯状病毒感染的分子流行病学特征[D];南方医科大学;2011年

8 熊祝嘉;我国多中心耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的分子流行病学及耐药性研究[D];北京协和医学院;2012年

9 金东;我国部分地区志贺和小肠结肠炎耶尔森菌分离株的分子流行病学分析[D];大连医科大学;2005年

10 梁明辉;河南省啮齿类动物流行性出血热病毒的分子流行病学研究[D];山东大学;2005年

，

本文编号：752253