PINK1基因多态性与云南玉溪地区麻风人群的遗传易感性研究

发布时间：2017-10-15 09:08

  本文关键词：PINK1基因多态性与云南玉溪地区麻风人群的遗传易感性研究

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【摘要】：麻风（leprosy）是一种由麻风分枝杆菌（Mycobacterium leprae）入侵引起的慢性肉芽肿感染。麻风分枝杆菌主要寄生于人体施旺细胞和巨噬细胞，入侵皮肤和外周神经系统，严重可致畸致残。麻风历史悠久且影响深远，各国科学家对该病进行了大量遗传研究，发现10p13，6q25-26，6p21等区域以及TLR1，NOD2，VDR等基因先后被报道与麻风遗传易感相关。我国科学家于2009年首次对国内麻风人群进行了全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS），报道了7个与麻风遗传易感相关的区域和位点。因此，麻风发病与宿主的遗传背景息息相关。 由于麻风分枝杆菌基因组具有大量的与代谢途径相关功能基因的假基因化，使得麻风分枝杆菌在寄生过程中严重依赖宿主的能量和代谢产物。迄今为止，该菌仍无法在体外培养成活。最近，本实验室研究发现，作为“能量工厂”的线粒体，其拷贝数的差异能可能影响宿主对麻风分枝杆菌的易感性及临床发病。由于线粒体在先天免疫过程中具有重要作用，我们推测维持线粒体或相关基因可能影响麻风易感性。 PTEN induced putative kinase1（PINK1）是一个由核基因编码，蛋白定位于线粒体外膜，是维持线粒体稳态的重要基因。PINK1在帕金森疾病中被广泛报道，认为该基因的突变会导致帕金森病的易感性。本文采用病例—对照的研究方法，通过对云南玉溪地区的527例麻风患者和583例对照样本进行了PINK14个tag SNP位点（rs1043424，rs10916840，rs10916832，，rs650616）的基因分型。统计结果显示，这4个SNP位点均未能达到统计学显著性水平（rs1043424, P=0.940; OR,0.990[95%CI,0.809-1.235]; rs10916840, P=0.402; OR,0.930[95%CI,0.741-1.167]; rs10916832, P=0.624; OR,0.915[95%CI,0.740-1.132]; rs650616; P=0.623; OR,0.969[95%CI,0.788-1.190]）。同时，基于这4个SNP位点所构建的单倍型分析也未能显示出与该疾病具有统计相关性。 我们的研究结果并没有发现PINK1基因变异与麻风易感性相关的证据，提示线粒体相关基因PINK1虽然在线粒体稳态的维持等多方面有重要功能，但可能并不影响麻风的发病。
【关键词】：麻风 线粒体 PINK1 遗传易感性
【学位授予单位】：辽宁师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R755
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 1 绪论7-15
• 1.1 麻风简介7-9
• 1.1.1 麻风流行现状及检验标准7-8
• 1.1.2 麻风分枝杆菌的特点8
• 1.1.3 麻风的两种主要分类法8-9
• 1.2 麻风遗传易感性研究9-11
• 1.2.1 麻风连锁分析10
• 1.2.2 麻风候选基因关联分析10-11
• 1.2.3 麻风全基因组关联分析（GWAS）11
• 1.3 线粒体与麻风11-12
• 1.4 PINK1 与麻风12-13
• 1.5 展望13-15
• 2 材料和方法15-33
• 2.1. 材料15-16
• 2.1.1 样本采集15
• 2.1.2 所需试剂15
• 2.1.3 主要仪器15
• 2.1.4 分析软件15-16
• 2.2. 方法16-33
• 2.2.1 基因组 DNA 制备16
• 2.2.2 SNP 位点选择标准16-18
• 2.2.3 SNaPshot 技术简介18-27
• 2.2.4 哈迪—温伯格平衡（Hardy-Weinberg）及统计功效（Statistic Power）27-28
• 2.2.5 卡方检验和逻辑回归分析28
• 2.2.6 单倍型频率分析28-30
• 2.2.7 连锁不平衡分析30-33
• 3 结果和讨论33-39
• 3.1 结果33-37
• 3.1.1 哈迪—温伯格平衡（Hardy-Weinberg equilibrium, HWE）及统计功效（Statistic Power）33
• 3.1.2 基因分型结果33-35
• 3.1.3 PINK1 基因各 SNP 位点的连锁不平衡分析35-36
• 3.1.4 PINK1 基因单倍型与麻风易感性的相关性分析36-37
• 3.2 讨论37-39
• 参考文献39-42
• 附录 A SNaPshot 注意事项42-43
• 攻读硕士学位期间发表学术论文情况43-44
• 致谢44

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本文编号：1036264