中国汉族人群重型痤疮的全基因组关联研究

发布时间：2017-10-24 21:25

  本文关键词：中国汉族人群重型痤疮的全基因组关联研究

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【摘要】：重型痤疮是一种常见的慢性炎症性皮肤病,表现为颜面、前胸及后背部的囊肿、结节,易形成瘢痕,损害重、病程长、遗留的瘢痕临床疗效不佳。虽然皮肤疾病很少危及生命,重型痤疮对患者外观的损容、毁容所引起的心理影响不容低估,疾病可使患者产生如焦虑、抑郁等心理疾病,对青少年这一疾病高发群体的社交、就业及婚育产生严重负面影响。 目前痤疮相关基因的研究仅限于雄激素代谢相关通路及炎症和免疫反应相关基因,而雄激素的分泌和代谢还受肾上腺皮质激素等多种其它信号或代谢通路的影响。鉴于痤疮是一种多基因疾病,是由多个基因的共同作用而导致的,候选基因研究策略的局限性限制了对细胞内其它多种复杂的代谢通路及信号传导通路是否与痤疮相关的研究,而明确致病易感基因是早期控制该病的重要前提。我们通过3个方面的研究：全基因组关联研究(GWAS)、易感基因与临床表型关系的研究、基因通路研究,寻找重型痤疮的易感基因及相关基因通路并研究他们与临床表型的关系。结果如下： (1)采取全基因组关联研究的方法,在中国汉族人(2,916个病例和4,716个健康对照)中寻找重型痤疮的易感基因。采取两阶段研究策略,初筛阶段包括1,056例重型痤疮病例和1,056例健康对照,使用HumanOmniZhongHua-8BeadChip基因芯片进行基因分型,每个样本可以检测900,015个SNPs位点。然后选取101个位点进行验证,包括初筛阶段最显著的86个SNPs位点以及来自于9个候选基因的15个SNPs位点。验证阶段包括1,860例病例和3,660例对照,采用的分型平台为Sequenom MassArray系统。最后将初筛和验证阶段的结果合并分析,最终发现2个易感基因座位与重型痤疮相关：11p11.2(DDB2,rs747650,P=4.41×10-9,OR=1.24,和rs1060573,P=1.28×10-8,OR=1.23)和1q24.2(SELL,rs7531806, P=1.20×10-8,OR=1.22)。这两个易感基因座位与雄激素代谢及炎症和瘢痕形成相关。本研究成功发现了与重型痤疮相关的新的遗传易感因素及其所属生物学通路。 (2)在重型痤疮GWAS的基础上,对重型痤疮的发病年龄、有无萎缩性瘢痕、有无增生性瘢痕以及有无家族史进行分层,探讨GWAS找到的易感基因座位1q24.2(SELL)和11p11.2(DDB2)与中国汉族重型痤疮4种临床表型的相关性,同时也探讨这4种临床表型之间的相关性,为进一步研究重型痤疮的发病机制奠定基础。研究方法主要使用卡方检验比较不同临床表型间3个SNPs(rs7531806、rs747650、 rs1060573)等位基因频率的差异,使用Spearman相关系数(rs)计算各临床表型之间的相关性。结果发现11p11.2(DDB2)与疾病家族史显著相关(P0.05)。发现增生性瘢痕和萎缩性瘢痕正相关(rs=0.315)。本研究揭示了llpll.2(DDB2)与痤疮疾病家族史这一临床表型相关,而与重型痤疮其它临床表型不相关,同时还发现几个临床表型间存在着关联性。上述结果使我们进一步理解了11p11.2(DDB2)在重型痤疮发病中的作用,也加深了我们对疾病相关的临床表型之间关系的了解。 (3)我们将全基因组基因通路研究方法应用于重型痤疮GWAS数据(900,015个SNPs,1,056病例和1,056对照),期望能找到与重型痤疮发病相关基因通路。本研究主要采取了两种基因通路研究方法：VEGAS基因通路研究和Top-SNP基因通路研究。选择了2个常用的基因通路数据库(KEGG、BioCarta)。两种基因通路分析方法共发现了15个基因通路与重型痤疮相关(PEDR0.05)。其中的5条基因通路主要是参与了免疫应答和炎症反应,包括：“凝集素诱导补体途径”、“参与急性炎症反应的细胞和分子”、“细胞粘附分子”、“IL3信号通路”、“细胞因子与炎症反应”。这5条通路的发现与以前对于重型痤疮的认识是相符的,重型痤疮本身就是一个以炎症反应密切相关的疾病。同时,还发现了多条以前没有认识到的基因通路与重型痤疮显著相关,如通路“酪氨酸代谢”和“钙离子信号转导”。研究结果为我们揭示了与重型痤疮相关的新的生物信号通路,为推动对重型痤疮发病机制的认识,同时也为疾病的预测和治疗提供了潜在的治疗新靶点。同时这些新发现的基因通路也为以后进一步的验证和功能研究打下了基础。
【关键词】：重型痤疮 全基因组关联研究 临床表型 易感基因 基因通路
【学位授予单位】：云南大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R758.733
【目录】：

• 摘要3-5
• Abstract5-9
• 第一章 痤疮的研究现状及研究方法9-24
• 1 痤疮的研究现状9-13
• 2 痤疮的研究方法13-24
• 2.1 候选基因研究13-15
• 2.2 全基因组关联研究15-21
• 2.3 基因通路研究21-24
• 第二章 全基因组关联研究搜寻重型痤疮易感基因24-42
• 1 背景24
• 2 材料与方法24-33
• 3 结果33-39
• 4 讨论39-42
• 第三章 重型痤疮临床表型与基因型间相关性研究42-50
• 1 背景42
• 2 材料与方法42-44
• 3 结果44-48
• 4 讨论48-50
• 第四章 全基因组通路研究寻找重型痤疮的相关通路50-56
• 1 背景50
• 2 材料与方法50-52
• 3 结果52-53
• 4 讨论53-56
• 总结56-57
• 附表57-71
• 参考文献71-79
• 在学期间发表的论文及获奖情况79-80
• 致谢80-81

【参考文献】

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本文编号：1090610