急性点滴型银屑病皮损生态微生物研究

发布时间：2020-03-25 02:58

【摘要】：背景:银屑病是一种常见的慢性炎症性皮肤病。其病因和发病机制不清。目前考虑其发病主要原因与感染、环境、遗传等具有一定相关性。目前作为银屑病可能病因之一的体表微生物的相关研究较少,并且其研究对象多以寻常型银屑病为主,而针对具有上呼吸道感染史的急性点滴型银屑病患者皮损表面微生物的研究则是空白。目的:收集急性点滴型银屑病患者皮肤表面微生物样本,进行16SrDNA基因二代测序分析。通过测序分析结果观察其皮损表面微生物与健康人皮肤表面微生物多样性、微生物群落结构差异及两组间差异物种,并进一步评价此差异与急性点滴型银屑病发病的相关性。方法:临床病例取材为天津市中医药研究院附属医院门诊确诊的急性点滴型银屑病患者11例,对照组选择与患者组年龄相近,性别一致的外观正常的健康人11例,使用无菌棉拭子分别对患者组与对照组相一致的部位进行取材,每个部位加压取材不少于30s,并收集到无菌离心管中,置于低温冰箱备用。随后进行DNA抽提、质检,PCR扩增,扩增产物的混样及提纯,构建文库、上机测序,对样本进行生物注释。最后采用Alpha多样性分析物种复杂度、Beta多样性分析样本间物种结构差异性,t检验及LEfSe分析组间差异物种。结果:(1)OTU聚类结果表明样本间分布均匀,两组各样本在门水平上组成相似,无差异,以变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)为主。(2)Alpha多样性分析样品复杂度结果表示两组无显著差异,多样性指数经统计分析,p=0.592。Beta多样性分析两组间微生物群落结构结果表示两组无显著差异,β多样性指数统计分析,p=0.556。各样本微生物群落结构相似性分析表示两组在微生物群落结构上存在差异趋势。(3)两组间发现不动杆菌属(Acinetobacter)为差异物种,并且在患者组中起主要作用,经t检验筛选属水平具有显著差异的物种,不动杆菌属为丰度最高的具有显著差异的物种,p=0.047,此外,蓝藻菌门未命名的叶绿体属在两组对比中存在统计学差异,p=0.037。结论:初发或者复发的具有上呼吸道感染史的急性点滴型银屑病病例,其皮损表面微生物可能正在由一个稳定状态发展到另一个稳定状态,这种改变可能与疾病的发展程度有关,而不动杆菌属可能在此变化中起到一定作用。但不动杆菌属与具有上呼吸道感染史的急性点滴型银屑病发病的因果关系有待确定。一定丰度的蓝藻菌门叶绿体纲及以下水平的物种可能参与维持正常皮肤的生态微生物的稳定。
【图文】：

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图 1a.1-19 二次实验样本的 DNA 琼脂糖凝胶电泳图图 1b.35-44 预实验样本 DNA 琼脂糖凝胶电泳图注：图 1a，b，中标为标准品，上样 5μL(10ng/μL)；M-1 为 Trans 2k plus，上样 2μL；M-2 为 Trans15k plus，上样 2μL；白色数字为样本序列号，原液上样 5μL。

实验样本,DNA琼脂糖凝胶电泳,样本,等级

12图 1b.35-44 预实验样本 DNA 琼脂糖凝胶电泳图注：图 1a，b，中标为标准品，上样 5μL(10ng/μL)；M-1 为 Trans 2k plus，上样 2μL；M-2 为 Trans15k plus，上样 2μL；白色数字为样本序列号，原液上样 5μL。序列号由 1 到 19 为后期正式实验结果，序列号由 35 到 44 的 10 个条带为前期 6 例样本的预实验结果（部分样本包含多个序号）。从图中可看出样本有轻微的弥散和杂带，无其他颜色，无杂质或 RNA 污染。根据 DNA 抽提质量（m）与以上 DNA 琼脂糖凝胶电泳显示条带情况综合分析，m 不小于 200ng 为 A 等级，m 不足 200ng 为 B 等级，，m 小于 100ng 为 C等级。A 等级表示样本产物目的条带大小正确，总量满足 2 次或者 2 次以上建库，样本可进行后续实验；B 等级表示样本产物目的条带大小正确，总量满足 1次但不足 2 次建库需要，可尝试进行后续实验或启用备份样本；C 等级表示样本
【学位授予单位】：天津医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R758.63

【参考文献】