特应性皮炎新发现易感位点与中国汉族人群相关性研究

发布时间：2020-03-26 09:39

【摘要】：研究背景特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)是一种常见的慢性、复发性、炎症性皮肤病,发病机制涉及遗传环境等多种因素。AD的发病率在近些年呈逐渐上升趋势,在发达国家儿童发病率可达17%。易感基因是AD发病的一个重要致病因素。近年来,在欧洲、中国、日本和韩国人群中分别进行了大规模AD全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)。目前共发现了三十多个易感位点达到全基因组显著性水平,这些位点主要参与皮肤屏障功能障碍和免疫异常调节。2012年,本课题组在中国汉族人群中进行了首次AD-GWAS研究,发现了2个新的易感区域:5q22.1和20q13.33。2015年国际早期遗传学生命历程流行病学(鹰)学会(EAGLE)组织了一项多国参与的国际性AD易感基因搜寻合作项目。该项目对26个独立研究包括21399例AD患者和95464例正常对照的多种族人群进行了meta分析,发现了27个易感位点,其中有11个是首次发现。这些位点大多涉及免疫调节,强调了免疫机制在AD发病中的重要作用。研究目的探寻这11个新发现的易感位点与中国汉族人群的相关性,搜寻中国汉族人群的AD新的易感基因。研究方法利用前期AD-GWAS数据查找这11个位点上下250kp的基因型信息,利用IMPUTE v2.2.2软件对这11个位点进行基因型填补。利用GWAS数据和基因分型数据获取这11个位点及其强连锁位点(r2≥0.8)的信息。按照P0.05、PHWE0.0001、MAF≥1%的原则进行筛选出验证位点。在大样本独立中国汉族人群(4619例患者和10789例对照)中,利用Sequnom平台对挑选出的具有提示信号的位点进行基因分型验证。利用PLINK 1.07软件对验证结果进行关联分析;利用METAL软件对前期AD-GWAS数据与验证数据进行Meta分析;利用生物学功能分析预测可能的易感基因。研究结果在这11个SNP中,4个通过质控并纳入验证实验。其中rs2038255利用Sequenom平台设计引物失败,最后共有3个SNP在4,619 AD病人和10,789正常对照中进行基因分型验证。经关联分析提示,rs112111458与中国汉族人群AD发病关联显著(P=7.37×10 7,OR=0.86);利用Meta分析整合GWAS数据和验证数据,发现后该位点的关联性仍显著(Pmeta=8.18×10 8,OR=0.69)。rs112111458位于2p13.3区域CD207基因上游。进一步利用Haplo Reg进行生物功能预测,发现在皮肤组织中CD207基因在该区域有转录调节功能。研究结论本项研究验证了一个已报道的AD易感位点与中国汉族人群的相关性,提示CD207基因可能为中国汉族AD新的易感基因,强调了免疫应答在AD发病机制中的重要作用。
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R758.2

【参考文献】