四川地区麻风杆菌基因GTA9位点初步研究
发布时间：2020-06-06 15:27
【摘要】： 目的:了解四川地区麻风杆菌基因GTA9位点基因型特征及地理分布。方法:选取四川省医学科学院·四川省人民医院皮肤性病研究所2006年至2008年麻风病人病理活检组织块,精选其中皮肤厚度或直径=0.5cm,脂肪组织较少的组织块,共56例,其中凉山州30例,甘孜阿坝5例,其他县市21例。所有病例均由有经验的病理医师核实诊断。利用QIAGEN试剂盒提取麻风杆菌DNA,参考国外学者文献合成引物,将麻风杆菌DNA进行PCR扩增反应,经过预变性,40个热循环及延伸后,在2!琼脂糖中进行电泳,每组实验设3组对照:空白对照、阴性对照和质控对照。在紫外线下观察扩增结果,然后应用双脱氧核糖核酸链末端终止法对GTA9位点可变的串联重复序列(variable number tandem repeat,VNTR)的PCR产物进行测序,利用Chromas软件阅读图谱,对序列进行判读确定其重复拷贝数。应用SAS9.13软件包,对结果进行卡方检验和秩和检验。结果:本研究结果显示麻风杆菌的56例麻风菌株在GTA9位点上表达比例为93.5%,而且等位基因拷贝数具有多样性,其拷贝数在8～53范围内变化,以15、19、21个拷贝数为主的等位基因型菌株分别占总菌株阳性的比例分别为15.7%、11.8%、9.8%,其中以14、20、30和33个拷贝数的等位基因位点只有凉山州有,其他县市GTA9等位基因位点的拷贝数均33;凉山州GTA9等位基因位点共13种,只在凉山州表达的有8种。四川地区总标本数n=5640,最小理论频数T=3.145,连续校正X2值, X2=0.27,按a=0.05水准,P0.05,差别无统计学意义,尚不能认为凉山州与四川其他地方GTA9阳性标本存在地区差异。麻风杆菌基因GTA9等位基因拷贝数和四川凉山、甘孜阿坝及其他县市的拷贝数地理分布,将拷贝数分成8～18,19～29,30～53三个区段,经统计学分析,利用成组设计频数表资料的多个样本的秩和检验计算H值,H=98.17,由于相同秩次较多,校正后Hc=116.87,自由度v=2,Hc近似服从v=2的X2分布,P0.005,按a=0.05水准,总体拷贝例数差别有统计学意义,进一步做成组设计两两比较的秩和检验,得到界值分别为10.79、15.26、18.93,按a=0.05水准,P0.05,差别无统计学意义,尚不能认为GTA9等位基因位点拷贝数在四川凉山、甘孜阿坝及其他县市分布存在差异。结论:1.四川地区麻风杆菌基因GTA9位点阳性表达率较高。2.四川地区麻风杆菌基因GTA9位点具有明显的多态性。3.四川地区麻风杆菌基因GTA9位点与地理分布无明显联系。4.麻风杆菌基因GTA9位点重复拷贝数大于33的等位基因位点是凉山州与四川其他地区等位基因的典型差别之一,可能为进一步的流行病学研究提供依据。
【图文】：
图2、图3和表1显示，四川56例麻风杆菌菌株在GTA9等位基因表达比例为93.5%，各位点拷贝数在8～53范围的GTA9等位基因共20种，等位基因的平均个数为2.45个，等位基因拷贝数具有多样性。图3、图4显示，其中以位点15、19、21拷贝数为主的等位基因型菌株分别占总菌株阳性的比例分别为15.7%、11.8%、9.8%，其中以14、20、30和＞33个拷贝数的等位基因位点只有凉山州有，其他县市GTA9等位基因位点的拷贝数均＜33；凉山州GTA9等位基因位点共13种，只在凉山州表达的有8种。凉山州GTA9等位基因的型别在所有51例的阳性标本中最丰富。图 2 基因 GTA9 位点来源地Figure2 GTA9 Genotype locus source terra攀枝花阿坝巴中达州广安资阳雅安眉山乐山自贡泸州广元绵阳凉山宜宾内江成都南充遂宁★德阳★8--18copy19--29 copy30--40copy＞40copy甘孜★★◆◆10
5.四川各地的麻风杆菌菌株GTA9等位基因拷贝例数地理分布如表4、图3、图4、图6显示麻风杆菌基因GTA9等位基因位点拷贝数和四川各地的位点拷贝数地理分布，经统计学分析，利用表5成组设计频数表资料的多个样本的秩和检验计算H值，H=98.17，由于相同秩次较多，校正后Hc=116.87,自由度v=2,Hc近似服从v=2的X2分布，P＜0.005，按a=0.05水准，差别有统计学意义，可以认为GTA9位点等位基因拷贝例数在四川分布不完全相同。以15、19、21个拷贝数为主的等位基因型菌株分别占总菌株阳性的比例分别为15.7%、11.8%、9.8%，除8、13、18、23、24、26、3314
【学位授予单位】：泸州医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2009
【分类号】：R755
本文编号：2699883
【图文】：
图2、图3和表1显示，四川56例麻风杆菌菌株在GTA9等位基因表达比例为93.5%，各位点拷贝数在8～53范围的GTA9等位基因共20种，等位基因的平均个数为2.45个，等位基因拷贝数具有多样性。图3、图4显示，其中以位点15、19、21拷贝数为主的等位基因型菌株分别占总菌株阳性的比例分别为15.7%、11.8%、9.8%，其中以14、20、30和＞33个拷贝数的等位基因位点只有凉山州有，其他县市GTA9等位基因位点的拷贝数均＜33；凉山州GTA9等位基因位点共13种，只在凉山州表达的有8种。凉山州GTA9等位基因的型别在所有51例的阳性标本中最丰富。图 2 基因 GTA9 位点来源地Figure2 GTA9 Genotype locus source terra攀枝花阿坝巴中达州广安资阳雅安眉山乐山自贡泸州广元绵阳凉山宜宾内江成都南充遂宁★德阳★8--18copy19--29 copy30--40copy＞40copy甘孜★★◆◆10
5.四川各地的麻风杆菌菌株GTA9等位基因拷贝例数地理分布如表4、图3、图4、图6显示麻风杆菌基因GTA9等位基因位点拷贝数和四川各地的位点拷贝数地理分布，经统计学分析，利用表5成组设计频数表资料的多个样本的秩和检验计算H值，H=98.17，由于相同秩次较多，校正后Hc=116.87,自由度v=2,Hc近似服从v=2的X2分布，P＜0.005，按a=0.05水准，差别有统计学意义，可以认为GTA9位点等位基因拷贝例数在四川分布不完全相同。以15、19、21个拷贝数为主的等位基因型菌株分别占总菌株阳性的比例分别为15.7%、11.8%、9.8%，除8、13、18、23、24、26、3314
【学位授予单位】：泸州医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2009
【分类号】：R755
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1 赵蓓;四川地区麻风杆菌基因GTA9位点初步研究[D];泸州医学院;2009年
，本文编号：2699883
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