寻常痤疮患者DNA异常甲基化位点的筛查

发布时间：2020-10-22 16:39

　　 研究目的寻常痤疮是青少年中最常见的炎症性毛囊皮脂腺单位疾病,严重者导致损容,致郁,甚至自杀倾向。DNA甲基化参与慢性炎症性疾病的发病,国内外尚未见到有关痤疮患者DNA甲基化的研究报道。通过对中重度痤疮患者全基因组DNA异常甲基化筛查,初步明确异常DNA甲基化位点及甲基化程度,为进一步构建痤疮患者甲基化图谱奠定基础,为阐明痤疮的遗传学机制积累资料。研究方法1、选取4例南方医科大学深圳医院门诊就诊且具有家族史的中重度寻常痤疮患者的背部皮损组织与外周血,以2例健康人背部皮肤组织为对照,将患者皮损组织、外周血与健康对照者皮肤标本进行配对。2、采用DNA提取试剂盒提取皮肤组织及外周血样本全基因组DNA。用紫外分光光度仪检测DNA浓度及纯度,1.25%琼脂凝胶电泳检测DNA完整性(OD260/OD280在1.7~2.0之间,总量1μg,浓度50 ng/μL,DNA条带清晰,无弥散杂带,为合格DNA),-80℃保存备用。3、重亚硫酸氢盐处理:使用EpiTect Bisulfite Kit重亚硫酸盐转换试剂盒,对DNA样本进行重亚硫酸盐处理,修饰DNA CpG岛。每个样品DNA处理总量为1μg,最多可以满足200个候选区域片段测序检测。4、全基因组扩增、杂交、扫描:对经过重亚硫酸盐处理后的样本进行全基因组的扩增和杂交;用PCR纯化试剂盒对处理后的样本进行纯化。5、全基因组DNA甲基化位点筛选:应用Il umina Infinium Methylation EPIC BeadChip芯片技术获得DNA甲基化信号。应用聚类分析、GO分析、KEGG分析进行信号采集与芯片结果分析。将得到的DNA甲基化比例背景数值与甲基化芯片内置的标准对照位点对比并矫正。研究结果病例组与皮肤对照组共计67984个CpG位点在甲基化水平上存在差异,甲基化水平增高的位点共30621个,甲基化水平降低的位点共37363个。与差异甲基化位点相对应的基因数目共4635个,甲基化水平增高的基因有2284个,甲基化水平降低的基因共2351个,GO功能富集分析分别列出位于前10的基因功能类别条目。KEGG通路富集分析显示差异甲基化基因主要富集于炎症、性激素、癌症等信号通路。研究结论AV患者的皮肤组织存在DNA异常甲基化特异基因,DNA异常甲基化可能是AV发病中的原因之一,是表观遗传学调控痤疮发病的主要方式;本研究使用Ilumina Infinium Methylation EPIC BeadChip芯片技术初步建立了AV皮肤组织基因组DNA甲基化图谱,并初步了解了这些基因的功能和信号通路,为寻常痤疮的表观遗传发病机制及治疗、预防奠定基础。
【学位单位】：甘肃中医药大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2019
【中图分类】：R758.733
【部分图文】：

寻常痤疮患者 DN 异常甲基化位点的筛查检测非甲基化位点（T）。M 型微珠末尾为 G，用以检测甲基化位点（C）。通过型与 U 型微珠荧光信号的结果计算甲基化值，见图 2。Infinium II 设计采用 1 种，微珠末端为 C，在杂交后的单碱基延伸步骤中确定甲基化状态，见图 3。

编号 96 位置 样品名称（ng/uL）A260/280 A260/230 体积(uL) 总量(ug) 质检结果1 A01 C1D 102.3 1.92 2.22 55 5.6 合格2 A02 C2D 151.5 1.9 2.22 55 8.3 合格3 A03 P1D 300.3 1.89 2.27 55 16.5 合格4 A04 P2D 171.9 1.92 2.31 55 9.5 合格5 A05 P3D 187.9 1.9 2.33 55 10.3 合格6 A06 P4D 779.1 1.88 2.35 40 31.2 合格7 A07 P1B 77.7 1.79 1.68 55 4.3 合格8 A08 P2B 149.1 1.77 1.6 55 8.2 合格注：1-2 为正常皮肤对照组；3-6 为病例组；7-8 为外周血对照组2.1.2 琼脂糖凝胶电泳法质量检测结果（图 4）

色信号代表 G 碱基，紫色信号代表 T 碱基，根据甲基化原理，当绿色和蓝色显示为高信号时表示合格（信号值>5000）[23]，见图 8 所示。以上独立样本质控结果均合格，实验流程正常，芯片状态正常。图 5 染色质控图图 6 杂交质控图
【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 潘祥林，江继发，朱平，王正起，王应福;骨髓增生异常综合征患者降钙素基因异常甲基化的研究[J];山东医科大学学报;1994年04期

2 张钰;CpG岛的异常甲基化具有非随机的和肿瘤类型特异性模式[J];国外医学.遗传学分册;2001年06期

3 张春叶;李江;;DNA异常甲基化与恶性肿瘤的侵袭和转移[J];口腔颌面外科杂志;2005年04期

4 黄毕林;胡世莲;;抑癌基因异常甲基化的逆转在胃癌治疗中的研究进展[J];安徽医科大学学报;2012年02期

5 姜彦枫;马劼;赵卫华;彭志刚;姚奕斌;邓东红;杜立花;;骨髓增生异常综合征患者p15启动子区域异常甲基化的临床研究[J];广西医科大学学报;2015年04期

6 吴亮;王建明;;乳腺癌相关基因异常甲基化研究进展及其临床应用[J];医学研究杂志;2014年02期

7 雷毅雄;易菲;陈家;吴中亮;;肺癌组织基因组DNA异常甲基化的检测与分析[J];癌变.畸变.突变;2006年05期

8 傅四东，沈岩，范钰，柴精华，秦学斌，施惠平，林田，吴冠芸;脆性X综合征中不稳定的DNA序列和异常甲基化研究[J];中华医学杂志;1994年10期

9 黄植;费扬;冼惠芳;路若楠;杜红延;;抑癌基因ECRG4的功能以及其异常甲基化与癌症关系的研究进展[J];分子诊断与治疗杂志;2012年05期

10 李红凌;赵春华;;肿瘤中INK4a/ARF和ASPP基因异常甲基化的研究进展[J];基础医学与临床;2010年01期

相关博士学位论文 前8条

1 李永生;恶性肿瘤表观分子标记的识别和致病机制的探讨[D];哈尔滨医科大学;2014年

2 陈虹;人肺癌RASGRF2和FBN2基因异常甲基化的研究[D];重庆医科大学;2005年

3 段勇;Ⅰ型钙黏蛋白表达及其基因异常甲基化与肺癌的相关性研究[D];昆明医学院;2008年

4 张军航;肺癌组织中p16基因mRNA和蛋白表达及基因异常甲基化的研究[D];中国医科大学;2002年

5 符德元;乳腺癌相关基因异常甲基化的临床实验研究[D];复旦大学;2009年

6 胡晓霞;肝细胞癌WNT/β-catenin信号通路相关基因异常甲基化的研究[D];吉林大学;2013年

7 薛燕宁;皮肤黑素瘤细胞IGFBP7基因启动子区CpG岛异常甲基化的研究[D];中国协和医科大学;2010年

8 王永琦;H.pylori通过IL-1β诱导胃癌相关基因异常甲基化的研究[D];兰州大学;2013年

相关硕士学位论文 前10条

1 肖斌;寻常痤疮患者DNA异常甲基化位点的筛查[D];甘肃中医药大学;2019年

2 黄颖;维吾尔族饲鸽者肺DNA异常甲基化基因的筛选[D];新疆医科大学;2018年

3 杨志慧;肺癌中脆性组胺酸三联体基因异常甲基化和蛋白表达及后者与多药耐药1的关系[D];第二军医大学;2007年

4 李胜云;多基因异常甲基化与不同分子亚型乳腺癌关系的初步研究[D];中南大学;2014年

5 康毅;头颈肿瘤患者外周血中循环DNAP16基因异常甲基化的临床意义[D];山西医科大学;2007年

6 姜彦枫;骨髓增生异常综合征患者p15与SOCS-1基因异常甲基化的临床研究[D];广西医科大学;2016年

7 李磊;新疆哈萨克族食管鳞癌DNA异常甲基化基因的筛选[D];新疆医科大学;2012年

8 贺振新;多发性骨髓瘤中细胞因子信号转导抑制因子1基因异常甲基化的研究[D];昆明医科大学;2012年

9 彭威;MEST/PEG1异常甲基化在自然流产中的研究[D];重庆医科大学;2016年

10 王卡娜;TSLC1基因异常甲基化及其与HPV的关系在子宫颈癌发生发展中的意义[D];兰州大学;2009年

本文编号：2851843