中国汉族人白癜风易感区域AIS4内的候选基因研究

发布时间：2021-07-30 14:16

　　研究背景白癜风（Vitiligo, OMIM: #193200）是一种获得性色素脱失性皮肤病,主要表现为皮肤、粘膜及毛发的黑素细胞减少或消失导致的白斑、灰/白发。白癜风在各种族中均可发生,其患病率在各种族中从0.1%-2%不等。在部分病例中,常并发其他疾病如自身免疫性疾病。虽然针对白癜风的病因和发病机制,已提出过各种学说,包括自身免疫学说、遗传学说、黑素细胞自身破坏学说及神经学说等,但到目前为止,仍然不清楚白癜风发生的确切原因。近年来,国内外大量研究认为遗传因素是白癜风重要的发病因素,同时发现其他各种学说也存在遗传学的基础。目前认为,白癜风是一种具有高度遗传异质性的多基因疾病。虽然连锁分析和候选基因研究提出了一些基因的突变和多态与白癜风相关,但他们只能解释一部分患者的遗传现象。最近的连锁分析发现了几个主要白癜风易感位点,其中包括位于4q12-q21的汉族人易感位点（AIS4,OMIM: #%609400）,但该位点内的具体易感基因尚不明确。目的白癜风是一种复杂疾病,具有较强的种族差异和遗传异质性,为了进一步研究AIS4易感区域可能存在的中国人的白癜风易感基因,本实验通过候选基因的方法,... 

【文章来源】：安徽医科大学安徽省

【文章页数】：120 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

HumanBLATSearch界面

2.4.2.4.1 采用 Primer 3.0 进行引物设计引物设计采用的软件是网页界面的 Primer 3.0，为麻省理工生物医学白头研究所开发（http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3_www. cgi），见图 2-6根据基因 mRNA 序列与基因组序列的 Human BLAT Search 的结果，将含有外显子及外显子/交界序列的基因组序列输入 Primer3 软件中，根据序列长短、合适的起始及中止位置限定设计条件，从输出结果中挑选合适的引物。考虑到测序结果的准确性和测序仪机器的误差，以及外显子/内含子交界 50 个碱基以内序列可能影响mRNA 剪切，一般要超出目标序列边界 50~100bp 左右。我们引物设计主要是针对基因的编码区进行的，引物参数设定为：根据片段情况设定产物长度，引物最佳长度为 20bp，最佳变性温度为 60°C，引物浓度为 0.3μM。引物设计时应注意：设计的引物也作为测序引物，因此上下游引物包括的序列尽可能地避免多聚体（重复数 N 应小于或等于 8）。

图 2-7 Phredphrap-Polyphred-Consed 软件序列拼接和比较界面Fig. 2-7 Sequence aligning by use of Phredphrap-Polyphred-Consed software判断一个位点是否为突变点，至少应满足下列一些条件：1）显示杂合的碱两侧序列是可辨别的单峰，背景比较低；2）将杂合个体与纯合个体测序图进较，在杂合个体的图中，碱基峰有明显的下降趋势。对于有插入或缺失的片断很特征的测序图——在杂合个体里，测序峰形会从插入或缺失位置开始变得。通过对比纯合子序列可确定插入或缺失的是什么。图 2-7 显示的是序列拼接较界面，图 2-8 显示的是测序峰形界面。


本文编号：3311558