卡波西肉瘤环状RNA表达谱的差异分析

发布时间：2023-04-15 06:59

　　目的:以基因芯片技术筛查卡波西肉瘤患者肿瘤组织和瘤旁组织中的circRNA差异性,进行差异性circRNA的生物学功能富集及预测,讨论差异性circRNA可能具备的生物学功能及价值;为进一步研究卡波西肉瘤在非编码RNA领域的调控机制及治疗靶点、提供理论支持。方法:选取冷冻保存的卡波西肉瘤患者肿瘤及瘤旁组织标本五组(男:女=2:3),检验标本质量后提取总RNA之后反转录为cDNA,使用circRNA芯片杂交后进一步扫描筛选出差异性circRNA(筛选标准:差异倍数≥1.5倍,P<0.05);通过计算P值筛选出circRNA,将差异性circRNA导入circBase数据库,及circNet,circ2Trait数据库,查找其转录本、母基因、来源染色体及区域,预测差异性circRNA的miRNA结合位点,并构建circRNA-miRNA-gene_symbol(来源母基因)表达网络,预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系,构建了相互作用网络,对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因运用基因本体论(Gene...

【文章页数】：84 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
中英文缩略词对照表
前言
1 材料与方法
    1.1 材料和试剂
        1.1.1 主要试剂
        1.1.2 主要仪器
    1.2 研究对象和临床标本的选择
    1.3 实验方法
        1.3.1 对采集的标本进行实验前处理
        1.3.2 对RNA样品的检测
    1.4 统计学处理
        1.4.1 环状RNA芯片初筛
2 数据分析
    2.1 原始数据的归一化处理
    2.2 原始数据的扁平化处理
    2.3 差异性circRNA数据进一步分析
        2.3.1 差异基因层级聚类
        2.3.2 差异表达的基因进行注释及GO及KEGG富集分析
        2.3.3 circRNA吸附miRNA预测、circRNA-miRNA网络关联分析
3 qRT-PCR验证候选环状RNA
    3.1 引物设计
    3.2 提取总RNA
    3.3 反转录合成cDNA
    3.4 实时荧光定量PCR反应
    3.5 统计学分析
4 结果
    4.1 质量检测结果
        4.1.1 总RNA质量鉴定
    4.2 circRNA表达谱分布情况
        4.2.1 差异表达的circRNA
        4.2.2 分层聚类分析
        4.2.3 生物信息学分析
        4.2.4 差异表达的circRNA的qRT-PCR验证
5 讨论
    5.1 卡波西肉瘤国际及新疆流行现状及特征
    5.2 卡波西肉瘤病毒特异性及其传播途径
    5.3 卡波西肉瘤病理特点与组织来源
    5.4 卡波西肉瘤与非编码RNA
        5.4.1 卡波西肉瘤与miRNA
        5.4.2 环状RNA与卡波西肉瘤
    5.5 Gene Ontology功能显著性富集分析
    5.6 KEGG通路富集circRNA分析
    5.7 Y染色体来源的差异性circRNA:hsa_circ₀092207 及其余特征性circRNA分析
结论
参考文献
文献综述
    参考文献
附录
致谢
作者简介
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本文编号：3790966