基于DIA/SWATH的质谱定量技术研究皮肤鳞状细胞癌患者的血清蛋白质组学

发布时间：2024-02-25 00:19

　　目的从分子水平研究皮肤鳞状细胞癌(CSCC)血清蛋白组学的变化,为该病的发生、发展机制研究及分子靶向药物的研发提供理论依据。方法基于高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集(Data Independent Acquisition,DIA)定量蛋白质组学技术,比较CSCC患者与正常人血清中蛋白种类和浓度的差异。而后根据这些差异蛋白进行生物信息分析:GO功能及富集分析、Pathway代谢通路富集和蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析。结果在待测血清样品中共检测到411个蛋白。通过对比6个CSCC和6个正常人血清样品的蛋白图谱特征,发现共有28个蛋白具有显著性差异。GO富集分析结果表明biological process (BP)、cellular component (CC)和molecular function (MF)三个本体中分别有533个、62个和57个显著性差异的条目(GO terms)。KEGG pathway分析提示这些差异蛋白显著地富集在pantothenate and co A biosynthesis、MAPK signaling pathway、propanoate met...

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【部分图文】：

图1基于差异蛋白的GO富集分析

为了进一步了解CSCC的发生和发展过程，基于差异表达蛋白我们进行了蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析。结果表明共有10条代谢通路和8个蛋白关联同一个PPI中，具体包括癌症相关的代谢途径glycolysis/gluconeogenesis、MAPKsignalingpathw....

图2基于差异蛋白的KEGGpathway富集分析

图1基于差异蛋白的GO富集分析3讨论

本文编号：3909779