胶质母细胞瘤差异表达基因的生物信息学分析

发布时间：2021-01-11 02:24

　　目的:应用生物信息学方法挖掘胶质母细胞瘤（GBM）的相关基因,进而探讨发病机制,为GBM临床诊断和靶向治疗提供理论依据。方法:从GEO（Gene Expression Omnibus）数据库下载基因芯片数据集GSE4290和GSE15824,应用GEO2R筛选GBM的差异表达基因（DEGs）。采用DAVID数据库进行GO富集和KEGG通路富集分析,分别应用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络和关键基因模块,筛选GBM靶基因。进一步运用ONCOMINE数据库验证临床组织样本中靶基因与GBM的关系。结果:共筛选出76个DEGs,富集分析结果显示DEGs在血管生成的正调节、抗原的呈递和处理、信号转导、调节自噬等方面存在显著富集。共挖掘出POSTN、TAGLN、CALD1、EPCAM 4个GBM靶基因,经证实均在临床GBM组织样本中存在显著上调且靶基因的上调与患者的不良预后密切相关。结论:通过生物信息学共挖掘出4个与GBM显著相关的靶基因,可能是未来GBM发病机制、临床诊断、治疗的重要研究靶点。 

【文章来源】：现代肿瘤医学. 2020,28(23)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

差异表达基因的韦恩图

本研究进一步采用CentiScaPe插件寻找与GBM关系最密切的靶基因,共筛选出4个节点度数显著较高的靶基因,靶基因的名称、缩写及其功能如表1所示。ONCOMINE数据库结果证实了在不同的临床胶质母细胞瘤的组织样本数据集中与正常脑组织样本相比靶基因均出现明显高表达,结果具有显著统计学差异(图5),且研究发现5年生存状况和总预后状况不良的患者中靶基因表达显著高于预后良好患者(图6),表明了靶基因的显著高表达对GBM患者的5年生存状况和总生存状况均具有不良影响,故4个靶基因是胶质母细胞瘤发生发展的关键分子,是胶质母细胞瘤诊断和治疗的重要靶点。图3 STRING构建的DEGs蛋白互作网络图

STRING构建的DEGs蛋白互作网络图

【参考文献】：
期刊论文
[1]骨膜蛋白在胶质瘤中的研究现状[J]. 杨明非,彭飞,王晓宇,赵世光.  中国民族医药杂志. 2016(06)
[2]负载肝癌细胞裂解物的树突状细胞Transgelin表达水平与其功能的关系[J]. 翁永强,袁祖荣,张益军,邱继刚,邱双健,汤钊猷.  中华肝脏病杂志. 2008 (07)



本文编号：2969886