C1型尼曼-匹克病小鼠海马神经炎症的miRNA调控网络构建
发布时间：2021-01-30 06:51
背景神经炎症是导致C1型尼曼-匹克病（Nieman-Pick disease type C1,NPC1）神经系统受损的重要因素之一,在NPC1的发生和发展中扮演着重要的角色。在NPC1患者和Npc1-/-小鼠脑内均观察到小胶质细胞和星形胶质细胞的激活,激活后的胶质细胞分泌并释放大量的炎症因子参与神经炎症的发生发展,最终引起神经元损伤。现已知miRNA可以通过调控炎症相关基因的表达参与神经炎症的调控,然而,miRNA在NPC1的神经炎症中是否发挥调控作用尚不清楚。目的分析Npc1-/-小鼠海马中神经炎症因子及miRNA表达的变化,构建miRNA-mRNA的调控网络,探讨miRNA对神经炎症的调控作用,为深入阐明NPC1致病、免疫机理和寻找药物治疗靶点提供理论依据。方法联合应用蛋白芯片（RayBiotech,QM-INF-1-1）和Small RNA测序分析P40的Npc1-/-小鼠（n=3）和Npc1+/+小鼠（n=3）的海马组织,筛选Npc1-/-小鼠差异表达的炎症因子,通过m...
【文章来源】：新乡医学院河南省
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
标准品梯度稀释
新乡医学院硕士学位论文13换用1×洗液II通道进行清洗，每孔加入250μl，清洗6次，每次10s，去离子水稀释；4）检测抗体混合物小管中加入1.4ml的样品稀释液，混合均匀后快速离心。接着将检测抗体每个孔加入80μL，摇床上37°C2小时；5）每孔加250μl1×洗液I放置洗板机中，清洗10次，每次10s，去离子水稀释后，换用1×洗液II通道进行清洗，每孔加入250μl，清洗6次，每次10s，去离子水稀释；6）在Cy3-链霉亲和素小管中加入1.4ml的样品稀释液，混合均匀后离心。接着将Cy3-链霉亲和素每个孔加入80μL，添加80μl的到每个孔中，避光摇床上37°C孵育1h；7）每孔加250μl1×洗液I放置洗板机中，清洗10次，每次10s，去离子水稀释后，换用1×洗液II通道进行清洗，每孔加入250μl，清洗6次，每次10s，去离子水稀释；1.2.2神经炎症因子的蛋白芯片数据提取及差异分析（1）荧光检测。拆掉玻片框架后，通过InnoScan300激光扫描仪扫描，选择Cy3通道（激发频率=532nm），扫描参数为WaveLengh：532nm、Resolution：10μm。（2）上述方法扫描得到数据后以|log2(foldchange)|≥1及P<0.05作为筛选条件，使用linmma在R语言中筛选差异表达的神经炎症因子，所得上调差异表达因子或下调差异表达因子的表达水平，在有统计学意义的条件下均是对照组的4倍。（3）蛋白芯片上各蛋白片段的分布本研究所用蛋白芯片检测过程中的阵列如图2所示。图2.蛋白芯片阵列Fig.2.Proteinchiparray
新乡医学院硕士学位论文15列reads进行质量控制等生物信息学分析。图3SmallRNA文库制备Fig.3ThepreparationoflibraryforsmallRNA1.3.2测序数据的质量评估（1）通过illuminaHiSeqTM2500测序平台进行高通量测序得到的原始序列（RawReads）需要经碱基识别（BaseCalling）分析转化为测序序列（SequencedReads），以FASTQ格式存储。测序得到的rawreads，里面含有带接头的、低质量的reads，接着对rawreads进行处理，步骤如下：1）去除低质量reads；2）去除无法确定碱基信息的比例大于10%的reads；3）去除有5’接头污染的reads；4）去除没有3’接头序列和插入片段的reads；5）剔除掉3’接头序列；6）去除polyA/T/G/C的reads（2）数据处理后得到纯净序列（cleanreads），筛选长度区间为18-35nt的cleanreads
【参考文献】：
期刊论文
[1]MiRNA-146a通过NF-κB依赖的途径促进血管平滑肌细胞增殖[J]. 熊玮,董少红,袁建辉,李江华,刘建军,徐新云. 南方医科大学学报. 2012(02)
本文编号：3008462
【文章来源】：新乡医学院河南省
【文章页数】：81 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
标准品梯度稀释
新乡医学院硕士学位论文13换用1×洗液II通道进行清洗，每孔加入250μl，清洗6次，每次10s，去离子水稀释；4）检测抗体混合物小管中加入1.4ml的样品稀释液，混合均匀后快速离心。接着将检测抗体每个孔加入80μL，摇床上37°C2小时；5）每孔加250μl1×洗液I放置洗板机中，清洗10次，每次10s，去离子水稀释后，换用1×洗液II通道进行清洗，每孔加入250μl，清洗6次，每次10s，去离子水稀释；6）在Cy3-链霉亲和素小管中加入1.4ml的样品稀释液，混合均匀后离心。接着将Cy3-链霉亲和素每个孔加入80μL，添加80μl的到每个孔中，避光摇床上37°C孵育1h；7）每孔加250μl1×洗液I放置洗板机中，清洗10次，每次10s，去离子水稀释后，换用1×洗液II通道进行清洗，每孔加入250μl，清洗6次，每次10s，去离子水稀释；1.2.2神经炎症因子的蛋白芯片数据提取及差异分析（1）荧光检测。拆掉玻片框架后，通过InnoScan300激光扫描仪扫描，选择Cy3通道（激发频率=532nm），扫描参数为WaveLengh：532nm、Resolution：10μm。（2）上述方法扫描得到数据后以|log2(foldchange)|≥1及P<0.05作为筛选条件，使用linmma在R语言中筛选差异表达的神经炎症因子，所得上调差异表达因子或下调差异表达因子的表达水平，在有统计学意义的条件下均是对照组的4倍。（3）蛋白芯片上各蛋白片段的分布本研究所用蛋白芯片检测过程中的阵列如图2所示。图2.蛋白芯片阵列Fig.2.Proteinchiparray
新乡医学院硕士学位论文15列reads进行质量控制等生物信息学分析。图3SmallRNA文库制备Fig.3ThepreparationoflibraryforsmallRNA1.3.2测序数据的质量评估（1）通过illuminaHiSeqTM2500测序平台进行高通量测序得到的原始序列（RawReads）需要经碱基识别（BaseCalling）分析转化为测序序列（SequencedReads），以FASTQ格式存储。测序得到的rawreads，里面含有带接头的、低质量的reads，接着对rawreads进行处理，步骤如下：1）去除低质量reads；2）去除无法确定碱基信息的比例大于10%的reads；3）去除有5’接头污染的reads；4）去除没有3’接头序列和插入片段的reads；5）剔除掉3’接头序列；6）去除polyA/T/G/C的reads（2）数据处理后得到纯净序列（cleanreads），筛选长度区间为18-35nt的cleanreads
【参考文献】：
期刊论文
[1]MiRNA-146a通过NF-κB依赖的途径促进血管平滑肌细胞增殖[J]. 熊玮,董少红,袁建辉,李江华,刘建军,徐新云. 南方医科大学学报. 2012(02)
本文编号：3008462
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/shenjingyixue/3008462.html
最近更新
教材专著
